挑選基因芯片的小技巧

上一期給大家聊了聊芯片vs RNA-seq哪個(gè)好（點(diǎn)我點(diǎn)我），但很多同學(xué)可能會(huì)發(fā)現(xiàn)，市場(chǎng)上的基因芯片有好多種啊，不知從何入手？今天就來(lái)818挑選基因芯片的小技巧。一句話(huà)—— 看研究目的。

先給大家科普兩個(gè)詞：

基因表達(dá)量：檢測(cè)基因表達(dá)量的芯片一般針對(duì)某個(gè)基因的的所有轉(zhuǎn)錄本設(shè)計(jì)探針，經(jīng)過(guò)對(duì)每個(gè)探針信號(hào)的算法，得到整個(gè)基因的表達(dá)量，經(jīng)常聽(tīng)到的表達(dá)譜芯片就屬于這一種。

轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量：針對(duì)每個(gè)基因不同轉(zhuǎn)錄本設(shè)計(jì)探針，除了分析基因表達(dá)量之外，還可以單獨(dú)分析每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量（那就可以用來(lái)研究大熱的可變剪接啦）。據(jù)小編所知，目前能做到這一點(diǎn)的，只有Affymetrix的HTA（新一代叫做Clariom）系列的芯片。

那么具體做研究的時(shí)候，有哪些選擇方案呢？

選擇1：大家是想找機(jī)制，還是找一個(gè)研究的靶標(biāo)？

機(jī)制簡(jiǎn)單說(shuō)來(lái)就是找變化的信號(hào)通路，而目前我們研究的信號(hào)通路基本都是由編碼基因組成的，因此選擇芯片的時(shí)候，只需要基因表達(dá)譜就可以了。

選擇2：找靶標(biāo)，那是編碼基因呢，還是非編碼呢？

編碼基因同上就好。上一篇文章也提到了，編碼基因一直都是研究的主流，因此芯片價(jià)格也相對(duì)較低，性?xún)r(jià)比非常高。

但發(fā)文章的熱點(diǎn)也是可以追一追的，說(shuō)不定就成了明星（CNS）同款了呢。非編碼的話(huà)，根據(jù)研究的對(duì)象主要分為兩種miRNA，lncRNA。miRNA因?yàn)槠�段短，�?huì)有專(zhuān)門(mén)的探針設(shè)計(jì)方法，常常是獨(dú)立成一款芯片的。而lncRNA，因?yàn)樗�的機(jī)制最終也歸結(jié)到調(diào)控編碼基因的表達(dá)，因此像Affymetrix之類(lèi)的生產(chǎn)商就將它和編碼RNA放在了一張芯片上，一次性就可以搞定兩種，還可以研究它們相互之間的表達(dá)調(diào)控關(guān)系，非常的方便。

lncRNA研究注意點(diǎn)：

人、大小鼠等模式生物，編碼基因基本都已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了，因此不同廠家的芯片檢測(cè)的基因是差不多的，就是那么20000多個(gè)。但LncRNA相對(duì)而言是新東西，近幾年成了熱點(diǎn)之后才有了一個(gè)大爆發(fā)，發(fā)現(xiàn)了很多新的lncRNA分子，因此選擇芯片的時(shí)候，一個(gè)很重要的問(wèn)題就是探針設(shè)計(jì)及注釋來(lái)源的數(shù)據(jù)庫(kù)新不新了，如果還是好幾年前的lncRNA芯片，那可能就會(huì)錯(cuò)失很多有意思的東西啦。

芯片選擇的技能點(diǎn)，大家get到了嗎？

長(zhǎng)按加關(guān)注