不容錯過的SSR分析技術(shù)
微衛(wèi)星標記（microsatellite），又稱為短串聯(lián)重復序列(short tandem repeats，STR)或簡單重復序列（simple sequence repeats，SSR），是均勻分布于真核生物基因組中的簡單重復序列，由2~6個核苷酸的串聯(lián)重復片段構(gòu)成。由于重復單位的重復次數(shù)在個體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富，因此微衛(wèi)星標記的應用非常廣泛。微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴增，擴增產(chǎn)物通過電泳分析，并根據(jù)大小分離等位基因進行檢測。
由于單個微衛(wèi)星位點重復單元在數(shù)量上的變異，個體的擴增產(chǎn)物在長度上的變化就產(chǎn)生長度的多態(tài)性，這一多態(tài)性稱為簡單序列重復長度多態(tài)性(SSLP)，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。由于SSR重復數(shù)目變化很大，所以SSR標記能揭示比RFLP（限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性）高得多的多態(tài)性，這就是SSR標記的原理。
技術(shù)特點
（1）數(shù)量豐富，覆蓋整個基因組，揭示的多態(tài)性高；
（2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高；
（3）以孟德爾方式遺傳，呈共顯性（如果雙親的性狀同時在F1個體上表現(xiàn)出來，即一對等位基因的兩個成員在雜合體中都表達的遺傳現(xiàn)象稱為共顯性），可鑒定出純合子和雜合子；
（4）實驗重復性好，結(jié)果可靠。每個位點由設計的引物順序決定，便于不同的實驗室相互交流合作開發(fā)引物。
應用范圍
- 遺傳雜交育種
- 繪制染色體遺傳圖譜
- DNA指紋和品種鑒定
- 種質(zhì)資源保存和利用
- 基因組關(guān)聯(lián)分析
經(jīng)典案例
案例一
題目：SSR linkage map construction and QTL identification for plant height and ear height in Maize（玉米SSR連鎖圖譜構(gòu)建與株高及穗位高QTL定位）
主要技術(shù)：SSR分型
技術(shù)流程：
文章摘要：用玉米自交系組合R15×掖478的F2群體構(gòu)建連鎖圖譜，并通過1年2點隨機區(qū)組試驗設計，考察玉米229個F2：4家系成株期的株高和穗位高。所建連鎖圖譜上共擬合146個SSR標記位點，覆蓋基因組1666cM，標記間平均距離為11．4cM。用復合區(qū)間作圖法進行QTL分析，共檢測到8個控制株高的QTL，分別位于第2、3、4．5和8染色體；3個控制穗位高的QTL位點，位于第4染色體。單個株高QTL的貢獻率變幅為6．67％-11．59％，單個穗位高QTL貢獻率變幅為10．46％-12．15％。
案例二
題目：利用SSR技術(shù)對黃瓜新品種津優(yōu)35號進行種子純度鑒定
主要技術(shù)：SSR分型
技術(shù)流程：
文章摘要：利用天津科潤公司建立并優(yōu)化了的黃瓜種子純度鑒定技術(shù)體系，篩選黃瓜新品種津優(yōu)35號特異分子標記。試驗選用80多對SSR引物中，有2對引物（85號和212號）在雜交種和親本間表現(xiàn)多態(tài)性，雜交種條帶為父母本的互補型，且特異性強，適合做雜交種純度鑒定。用這2對引物對津優(yōu)35號50粒種子進行了SSR鑒定。結(jié)果表明：這2對引物鑒定結(jié)果相同，且與田間鑒定結(jié)果吻合率高達96％以上，表明所篩選到的2個SSR標記可以作為津優(yōu)35的特異分子標記用于其種子純度的鑒定。
