高效構(gòu)建60-120 bp 短片段 cfDNA 文庫的方法
簡介：從血漿中分離的cfDNA（游離DNA）能夠在創(chuàng)新式的非入侵條件下提供極具價值的基因組信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即纏繞一個核小體的DNA片段。越來越多的研究認(rèn)為更短的cfDNA片段（40-170bp）保留著關(guān)于胎兒、腫瘤相關(guān)拷貝數(shù)變異和細(xì)胞起源的基因組信息（Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016）。高通量測序技術(shù)（NGS）是一項(xiàng)非常靈敏和準(zhǔn)確的技術(shù)，通過該項(xiàng)技術(shù)，我們可以對液態(tài)活檢（LiquidBiopsy）中分離的cfDNA進(jìn)行測序和分析，目前在科研和精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域已經(jīng)有多項(xiàng)相關(guān)應(yīng)用。
在cfDNA文庫構(gòu)建前，我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀（美國Sage Science公司）將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分，并用小于1ng的篩選后片段構(gòu)建文庫（建庫試劑盒選用美國Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq）。作為對照，我們同時也用未分選片段大小的血漿cfDNA構(gòu)建ThruPLEX Plasma-Seq文庫。
結(jié)論：
根據(jù)我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以得出，使用Pippin Prep儀器分選小于170bp的cfDNA片段，能順利構(gòu)建插入片段集中于60-120bp的高度多樣化cfDNA文庫（108個單獨(dú)分子），這些在70-110bp的片段相互間隔約10bp。值得注意的是，通過對照實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，建庫前分選才可以顯著富集小cfDNA片段，建庫后分選并不能顯著富集小cfDNA片段。
得益于Pippin Prep 精準(zhǔn)片段分選技術(shù)和ThruPLEX Plasma-Seq 低于納克級文庫構(gòu)建技術(shù)的結(jié)合，我們可以富集<160bp的cfDNA片段并建庫。雖然小片段cfDNA的含量低于常規(guī)方法的檢測極限，但我們的方法有效的改善了小片段cfDNA的獲取。
更多詳細(xì)信息請聯(lián)系
環(huán)亞生物科技有限公司
地址：上海市閔行區(qū)友東路358號閔欣大廈1號樓212室
電話：021-54583565
網(wǎng)址：www.apgbio.com
郵箱：info@apgbio.com
在cfDNA文庫構(gòu)建前，我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀（美國Sage Science公司）將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分，并用小于1ng的篩選后片段構(gòu)建文庫（建庫試劑盒選用美國Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq）。作為對照，我們同時也用未分選片段大小的血漿cfDNA構(gòu)建ThruPLEX Plasma-Seq文庫。
結(jié)論：
根據(jù)我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以得出，使用Pippin Prep儀器分選小于170bp的cfDNA片段，能順利構(gòu)建插入片段集中于60-120bp的高度多樣化cfDNA文庫（108個單獨(dú)分子），這些在70-110bp的片段相互間隔約10bp。值得注意的是，通過對照實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，建庫前分選才可以顯著富集小cfDNA片段，建庫后分選并不能顯著富集小cfDNA片段。
得益于Pippin Prep 精準(zhǔn)片段分選技術(shù)和ThruPLEX Plasma-Seq 低于納克級文庫構(gòu)建技術(shù)的結(jié)合，我們可以富集<160bp的cfDNA片段并建庫。雖然小片段cfDNA的含量低于常規(guī)方法的檢測極限，但我們的方法有效的改善了小片段cfDNA的獲取。
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cfDNA
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