云序客戶再發(fā)高分文章，教你如何玩轉(zhuǎn)tRNA機(jī)制研究

文章導(dǎo)讀：
“忽如一夜春風(fēng)來，千樹萬樹梨花開！”自然界的花花草草在悄無聲息的感受著大自然的變化。隨著全球氣候的變化，環(huán)境溫度也在不斷的變化，那么什么是溫度感受器？AET1是tRNA上鳥苷轉(zhuǎn)移酶，它是水稻高溫條件下正常生長所必需的。本文研究結(jié)果表明，tRNAHis鳥苷轉(zhuǎn)移酶AET1在植物應(yīng)對高溫環(huán)境中發(fā)揮著重要作用。

發(fā)表期刊：MOLECULAR PLANT
影響因子：10.12
實(shí)驗(yàn)方法：tRNA測序、RIP、RIP qPCR、RNA pull down

1. AET1突變水稻熱敏性
AET1突變水稻在高溫環(huán)境下生長時主要呈矮小株，葉片狹窄卷曲，無法產(chǎn)生種子，相反在相對溫和環(huán)境下生長時沒有展現(xiàn)其他異常性狀。AET1基因的ORF區(qū)第1144個SNP（C突變?yōu)門）會引起第382個氨基酸從脯氨酸改變?yōu)榻z氨酸。預(yù)測AET1基因編碼tRNA鳥苷轉(zhuǎn)移酶，多物種比對結(jié)果顯示AET1基因在包含哺乳動物在內(nèi)的多種真核生物當(dāng)中都是高度保守的，而第382個氨基酸在大部分雙子葉和單子葉植物中也是高度保守的。遺傳互補(bǔ)分析（genetic complementation test）顯示互補(bǔ)品系以及過表達(dá)水稻株都能夠有效的逆轉(zhuǎn)高溫下AET1突變所造成的異常形狀。CRISPR/Cas9的基因編輯水稻株也可以造成明顯的生長缺陷�？刂谱兞繉�(shí)驗(yàn)表明溫度是造成這一現(xiàn)象的環(huán)境因素，并且AET1基因是水稻對非生物因素敏感的主要原因。進(jìn)一步觀察可以看到的是，盡管野生型和AET1突變水稻幼苗們沒有明顯的形態(tài)學(xué)改變，但是超微結(jié)構(gòu)已經(jīng)有巨大的改變，表明AET1基因?qū)τ诟邷貤l件下細(xì)胞的增值是必不可少的。所有的形態(tài)學(xué)觀察和表型實(shí)驗(yàn)都說明AET1在水稻的生長、發(fā)育過程中對高溫的應(yīng)答過程種起到重要作用。

圖1. AET1突變體是熱敏性的

2.AET1對tRNAHis成熟和tRNA表達(dá)穩(wěn)態(tài)起重要作用
體外酶活實(shí)驗(yàn)證明AET1編碼的AET1His可以結(jié)合到pre-tRNA（tRNAHis前體）并在pre-tRNAHis 5’端添加鳥嘌呤，然而發(fā)生了突變的AET1P382S沒有該功能，表明被突變的382位的脯氨酸對于tRNA的鳥嘌呤轉(zhuǎn)移酶活性是必不可少的。tRNA測序（云序生物提供）結(jié)果表明，野生型和AET1突變型水稻株在正常和高溫條件下成熟tRNA的表達(dá)水平改變。測序結(jié)果表明，正常溫度下AET1突變體和野生型當(dāng)中的tRNA異形體（isotype）含量相差不大，但是在高溫條件下AET1突變體當(dāng)中的含量要明顯的高于野生型水稻株，并且高溫條件下頭部5’帶有鳥嘌呤的tRNA在AET1突變體當(dāng)中有明顯的下降，這些現(xiàn)象都說明常溫下，AET1基因的酶活性在AET1突變體當(dāng)中沒有太大改變，但高溫下酶功能會明顯喪失。tRNA測序分析可以看到其他類型的tRNA，比如tRNAMet，在AET1突變株當(dāng)中的tRNAMet有明顯減少，由于tRNAMet和蛋白的翻譯效率相關(guān)，所以推測在高溫條件下AET1敲除水稻株的發(fā)育缺陷很有可能是因?yàn)榈鞍追�譯效率低下造成。AET1基因?qū)τ趖RNA豐度的維持必不可少，AET1的突變足以改變tRNA表達(dá)譜，在高溫環(huán)境下，AET1介導(dǎo)的tRNA修飾可以改變多個和蛋白翻譯效率相關(guān)的tRNA的表達(dá)水平。

圖2. AET1突變在體外消除了AET1的活性，并破壞了體內(nèi)tRNA表達(dá)譜

3.AET1、RACK1A、eIF3h在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上的相互作用
酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)說明兩個和核糖體相關(guān)的蛋白RACK1A以及eIF3h都和AET1相互作用。RNA pull down（云序生物可提供）也證明了AET1與RACK1A以及eIF3h結(jié)合。通過GST標(biāo)簽的RACK1A蛋白也能夠富集MBP融合eIF3H。這些結(jié)果都能夠進(jìn)一步證明AET1、RACK1A以及eIF3h三個蛋白能相互結(jié)合。生物分子熒光互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)證明RACK1A、eIF3h以及AET1三者能持續(xù)相互作用，這些結(jié)果都證明三個蛋白在體內(nèi)能直接相互作用。融合蛋白的熒光信號顯示，蛋白的熒光信號和ER（內(nèi)質(zhì)網(wǎng)）標(biāo)志蛋白重疊，暗示三者之間的相互作用發(fā)生在內(nèi)置網(wǎng)上與核糖體相關(guān)。GUS染色，qRT-PCR分析AET1，RACK1A以及eIF3h三個基因的mRNA表達(dá)量，三個基因在所有的組織當(dāng)中具有廣泛表達(dá)，證明三個蛋白相互作用和廣泛的蛋白合成相關(guān)。

    

圖3. AET1與ER中RACK1A和eIF3h相互作用

4.AET1而不是RACK1A以及eIF3h直接和OsARF mRNA結(jié)合
AET1與RACK1A以及eIF3h的結(jié)合是否和mRNA相關(guān)？RIP測序（云序生物提供）幫助研究者快速的明確哪些mRNA能夠和蛋白AET1結(jié)合，分析結(jié)果顯示高溫條件下545個mRNA分子只在野生型水稻株當(dāng)中和AET1結(jié)合，而僅僅208個mRNA分子只在AET1突變植物當(dāng)中和AET1蛋白結(jié)合，50個基因的mRNA分子在兩個樣本當(dāng)中均發(fā)生結(jié)合。KEGG結(jié)果顯示高溫條件下野生型水稻株當(dāng)中和AET1結(jié)合的mRNA的來源基因往往和光合作用以及代謝過程相關(guān)，而高溫條件下只在AET1突變株當(dāng)中結(jié)合的mRNA往往和氨基酸代謝通路相關(guān)。這些結(jié)果均顯示AET1的功能喪失可以通過tRNA的表達(dá)分布的失衡從而影響蛋白的合成。比較有趣的是，熱圖提示高溫條件下和植物生長素（auxin）相關(guān)的基因在野生型和突變型當(dāng)中有明顯的改變，OsARF基因發(fā)生了明顯富集，暗示AET1基因可能是通過改變植物生長素信號通路來應(yīng)對高溫產(chǎn)生應(yīng)答反應(yīng)。
對RIP-seq結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證，RIP qPCR（云序生物可提供）結(jié)果顯示OsARF19基因的上游開放閱讀框（uORF）和下游主要開放閱讀框（mORF）被明顯富集，高溫條件下的野生型和AET1突變型這兩者的富集程度有所區(qū)別。之前的報道顯示擬南芥當(dāng)中，許多OsARF mRNA包含可以依賴eIF3h而抑制翻譯的uORFs，作者推測在OsARFs基因當(dāng)中的uORFs對mORFs的抑制作用也存在，通過預(yù)測，RIP-qPCR的進(jìn)一步驗(yàn)證表明OsARF23 mRNA含有獨(dú)特的“start-stop”uORF結(jié)構(gòu)，AET1能夠在高溫環(huán)境下通過OsARF mRNA來調(diào)控auxin信號通路。最終結(jié)果證明，是AET1，而不是RACK1A或者eIF3h廣泛的結(jié)合OsARF mRNA來調(diào)控OsARF mRNA的翻譯過程。

圖4. AET1與生長素響應(yīng)因子的mRNA結(jié)合

5.AET1和RACK1A以及eIF3h共同調(diào)控OsARF mRNA的翻譯效率
高溫條件下OsARF19和OsARF23翻譯效率均下降，通過CRISPR/Cas9對RACK1A eIF3h基因進(jìn)行突變發(fā)現(xiàn)，相關(guān)基因有明顯下降，植物的生長出現(xiàn)明顯的缺陷，比如高度下降、種子產(chǎn)率低等等問題。AET1、eIF3h、RACK1A蛋白表達(dá)水平和mRNA轉(zhuǎn)錄水平保持一致，結(jié)果表明AET1蛋白可以明顯的降低OsARF23蛋白的翻譯效率，同時RACK1A以及eIF3h的敲除均能夠引起OsARF23的表達(dá)下降。AET1突變水稻株對于外源性的auxin并不敏感，并且AET1基因使水稻對于高溫有更好的適應(yīng)能力。

   

圖5. AET1與RACK1A和eIF3h一起調(diào)節(jié)OsARF mRNA的翻譯效率

總結(jié)：
植物是無梗生物，因此進(jìn)化出許多適應(yīng)環(huán)境溫度變化的策略。在本研究中，作者發(fā)現(xiàn)了一種名為AET1的鳥苷酰轉(zhuǎn)移酶，它可以結(jié)合ER(內(nèi)質(zhì)網(wǎng))中的RACK1A和elF3h蛋白，并與OsARF mRNAs緊密結(jié)合，從而調(diào)控相應(yīng)的蛋白的翻譯，使水稻對于高溫有更好的適應(yīng)能力。
 
全文鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1674205219301625
 

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