微信學(xué)術(shù)交流群之靶標(biāo)預(yù)測
A:有什么簡單的方法可以通過化合物的結(jié)構(gòu)式預(yù)測該化合物可能的藥理毒理作用么，比如抗腫瘤，抗炎，抗神經(jīng)等等。
B:反向找靶。
A:那就復(fù)雜咯，想簡單點(diǎn)，然后去做細(xì)胞實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。想著是不是可以通過計(jì)算機(jī)來預(yù)測哈子。
C:反向?qū)印?/p>
D:直接做激酶譜不就行了。
E:多糖類藥物可以做這個激酶譜嗎?
F:激酶譜 一次2、3萬。
A:你這花費(fèi)也太高了，都不知道有啥作用呢。
E:那它出來的效果很好嗎?還是效果不一定好。
A:多糖類?我接觸到的客戶多糖類的，好像做炎癥的偏多。
G:多肽類的呢?
E:多糖類做炎癥的是很多。
G:多糖抗菌性唄。
H:不知道有啥用，為啥要合成呢。
I:他是不是先試試有沒有毒比較靠譜，如果毒性大直接放棄吧!
A:我聽說可以通過計(jì)算機(jī)分析出化合物的藥理與毒理，還有成藥性等。具體實(shí)驗(yàn)啥的，可以后面做嘛，先預(yù)測，后驗(yàn)證。
J:或者試試靶點(diǎn)預(yù)測。
K:先比較下結(jié)構(gòu)相似性，看看可能有啥活性。
C:先從成藥性考查一下?
H:我覺得結(jié)構(gòu)相似性這個方向可行。
E:結(jié)構(gòu)相似性怎么做啊?
C:我記得有些什么定律，能判斷一個化合物適不適合做藥。
L:藥物相似性和OB么?
M:類藥物五原則，分子相似度。
N:藥是沒有規(guī)律的，偉大的藥是上天的恩賜，有可能這話很難聽。但是做學(xué)術(shù)研究還是可以的。
C:也是，植物中稀奇古怪的次級代謝物有些都是活性很好的藥。
C:Swisstarget也行。
O:我自己靶標(biāo)預(yù)測的經(jīng)驗(yàn)，是多用幾個預(yù)測系統(tǒng)，選擇重復(fù)的靶標(biāo)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。
P:如果一個化合物或者兩種化合物，利用殷賦科技的AI計(jì)算技術(shù)，可以預(yù)測作用及靶點(diǎn)，非常有價値。
殷賦科技: 想不到這個問題這么多人關(guān)注哈。
O:大家都有化合物，不知道如何選擇靶標(biāo)吧，我也用了swisstarget。
Q:大神們，swissmodel建出來的模型也可以發(fā)sci的嗎?
殷賦科技:光建模嗎?
N:什么是靶點(diǎn)?
Q: 還有實(shí)驗(yàn)!但我感覺swissmodle也太不準(zhǔn)了吧。
殷賦科技:那就可以發(fā)啊。感覺不準(zhǔn)的依據(jù)是?
殷賦科技:同源性足夠高，覆蓋范圍足夠長，應(yīng)該還好吧。結(jié)合蛋白的功能以及相關(guān)實(shí)驗(yàn)信息(比如定點(diǎn)突變)的提示，選擇“正確”的模型。
分子對接常用軟件A:請教前輩們一個問題：DS、MOE、Autodock、schrodinger 這四個軟件，哪一個用來做分子對接接更好一點(diǎn)?
殷賦科技:薛定諤沒用過，我推薦用Dock6。
B:薛定諤挺準(zhǔn)的，不過操作不友好。
A:那發(fā)文章啥的，用哪個合適，感覺schrodinger界面更精致。
殷賦科技:你用什么軟件做計(jì)算，就用什么寫文章，不過要注意，商業(yè)軟件需要有版權(quán)。
A:那就貌似用autodock不用有版權(quán)吧。
C:我覺得花錢的好。
殷賦科技:autodock 引用文獻(xiàn)就好。
A:花錢是挺好，但是沒有錢呢!
殷賦科技:這些商業(yè)軟件當(dāng)然貴了，大多數(shù)功能模塊都是用不著的。你們還在糾結(jié)這個問題，用dock6啊，免費(fèi)又準(zhǔn)確。
虛擬篩選費(fèi)用E:這兩天用vina篩一個二十多萬的分子庫，費(fèi)了一個多星期，不知道算不算正常?
E:28核CPU。
殷賦科技 :正常
F:假設(shè)是22萬化合物，那么你的篩選速度相當(dāng)于每核心每化合物1.3分鐘。對vina來講正常了。但是，你可以租賃計(jì)算機(jī)，一臺機(jī)器一周7天大約500元。你用7個節(jié)點(diǎn)，500元一天搞定。14個節(jié)點(diǎn)，500元，半天搞定。
殷賦科技:求推薦。
F :廣州超算中心，就是貴一倍1000元也值。
E:這么計(jì)算，確實(shí)很值得，看來現(xiàn)如今計(jì)算資源才是王道啊。
殷賦科技:用起來吧!高效地發(fā)文章。
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