病原微生物檢測(cè)的自動(dòng)化解決方案

     感染性疾病是當(dāng)今世界嚴(yán)重威脅人類健康的重大疾病，快速、準(zhǔn)確的診斷是有效治療、病情監(jiān)測(cè)和控制疾病蔓延的重要前提。隨著分子檢測(cè)技術(shù)的不斷發(fā)展和完善，分子檢測(cè)在病原微生物感染診斷及治療監(jiān)測(cè)上的臨床應(yīng)用日益廣泛，已成為一些重要的感染性疾病的診斷和療效評(píng)價(jià)中不可缺少的重要工具。
隨著基礎(chǔ)研究的深入與技術(shù)的進(jìn)步，病原微生物的認(rèn)知程度和檢測(cè)市場(chǎng)也不斷增長(zhǎng)，為了適應(yīng)未來(lái)發(fā)展需求，AMTK推出了系列病原微生物分子檢測(cè)方向的自動(dòng)化解決方案，整個(gè)流程方便快速、自動(dòng)化程度高、結(jié)果精確、污染率低，很好的服務(wù)于血站、醫(yī)院、疾控中心、第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所等機(jī)構(gòu)。
       目前常用的病原微生物分子檢測(cè)方法主要包括：基于PCR的電泳法、實(shí)時(shí)熒光定量PCR（QPCR）、數(shù)字PCR、基因芯片技術(shù)、測(cè)序技術(shù)（Sanger測(cè)序技術(shù)、焦磷酸測(cè)序技術(shù)、高通量測(cè)序技術(shù)）等。今天給大家分享的AMTK病原微生物自動(dòng)化解決方案主要基于 QPCR和NGS檢測(cè)方法。       QPCR技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用于已知病原微生物的定性和定量檢測(cè)、基因分型、耐藥性基因檢測(cè)等方面，一方面用于個(gè)體病情評(píng)估、療效預(yù)測(cè)、預(yù)后判斷等，在感染性疾病的個(gè)體化治療中具有重要的臨床應(yīng)用價(jià)值；另一方面用于了解病毒的流行狀況, 監(jiān)測(cè)病毒的流行型別, 發(fā)現(xiàn)病毒傳染源, 對(duì)于制定有針對(duì)性病毒性傳染性疾病的防控策略和措施具有重要意義。
方案一：高通量QPCR檢測(cè)自動(dòng)化解決方案
該方案一次可完成96-192 個(gè)樣本的檢測(cè)
1、病原微生物QPCR檢測(cè)流程圖

2、工作站配置
配置說(shuō)明

3、案例分享
（1）EB病毒QPCR檢測(cè)
16個(gè)樣本分別人工和AMTK工作站進(jìn)行提取和QPCR體系構(gòu)建，其中工作站平行3次實(shí)驗(yàn)，數(shù)據(jù)對(duì)比如下：


結(jié)論：EB病毒的自動(dòng)化提取效果與人工提取無(wú)顯著差異，樣本濃度達(dá)到測(cè)試要求。
（2）HPV病毒QPCR檢測(cè)
2個(gè)樣本原液和梯度稀釋4次，分別人工和AMTK工作站進(jìn)行HPV提取，QPCR檢測(cè)結(jié)果如下：


結(jié)論：實(shí)驗(yàn)組AMTK和對(duì)照組人工的QPCR檢測(cè)結(jié)果無(wú)顯著差
方案二：原管上樣QPCR檢測(cè)自動(dòng)化一體機(jī)解決方案
該方案實(shí)現(xiàn)樣品處理全流程自動(dòng)化
1、QPCR檢測(cè)流程圖

2、主機(jī)配置

3、案例分享
（1）HPV核酸提取檢測(cè)數(shù)據(jù)
32個(gè)宮頸脫落細(xì)胞保存液原管上樣，AMTK LH-1808工作站進(jìn)行HPV核酸提取，提取后DNA的檢測(cè)結(jié)果如下：
結(jié)論：AMTK LH-1808原管上樣及核酸提取濃度均一性、濃度和純度在合格范圍內(nèi)。
  如今，NGS已經(jīng)迅速成為臨床實(shí)驗(yàn)室的重要檢測(cè)平臺(tái)，延展提高了經(jīng)典微生物方法的檢測(cè)能力。NGS技術(shù)在病原微生物檢測(cè)上的應(yīng)用，主要作用有：（1）病原體快速鑒定（特別是對(duì)未知或者無(wú)法培養(yǎng)的病原）；（2）通過(guò)病原體基因組變異，研究病原體隨時(shí)間的變異情況，有助于疫情起源追蹤與疫情監(jiān)測(cè)；（3）研究病原體的種屬信息、耐藥情況、毒力因子、與宿主的相互作用等，提供快速精準(zhǔn)診斷依據(jù)、輔助疾病治療與防控，促進(jìn)藥物的合理使用。
方案： NGS全流程檢測(cè)解決自動(dòng)化方案
該方案可完成1-32 個(gè)樣本的NGS檢測(cè)
1、病原微生物NGS檢測(cè)流程圖：



2、​工作站配置












3、案例分享
16個(gè)樣本分別人工和AMTK LH-1406工作站進(jìn)行核酸提取和文庫(kù)構(gòu)建，文庫(kù)QPCR定量結(jié)果如下：

數(shù)據(jù)顯示：AMTK LH-1406工作站與人工提取和文庫(kù)構(gòu)建后的QPCR結(jié)果無(wú)明顯差異。
 
    奧美泰克在病原微生物分子檢測(cè)方面提供了系列樣本前處理的自動(dòng)化解決方案，不僅節(jié)省人力成本，縮短檢測(cè)時(shí)間，而且保證樣本結(jié)果的均一性和準(zhǔn)確性。未來(lái)，奧美泰克隨著病原微生物檢測(cè)市場(chǎng)規(guī)模的不斷增長(zhǎng)，將整合更多智能化功能模塊，如離心、血漿分離、QPCR
分析系統(tǒng)等，將優(yōu)質(zhì)、高效、一體化的自動(dòng)化方案呈現(xiàn)給客戶。
 
 
參考資料

1. 感染性疾病相關(guān)個(gè)體化醫(yī)學(xué)分子檢測(cè)技術(shù)指南。

      2、華大王威博客—NGS與病原體生物鑒定。