STR鑒定報告看不懂，希爾博士來解憂

瀏覽次數(shù)：5943　發(fā)布日期：2019-12-5　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責任自負

STR是什么意思？

STR（Short Tandem Repeats，短串聯(lián)重復序列）分析已被國際細胞系鑒定協(xié)會（ICLAC：International Cell Line Authentication Committee )、ATCC、NIST（美國國家標準局）等權(quán)威機構(gòu)作為金標準應用于細胞鑒定。由于目前使用錯誤細胞情況非常嚴重，越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR鑒定報告。

今天就來分享STR的鑒定報告如何解讀？

1.STR檢測流程
首先了解下STR檢測流程，先提取細胞DNA, 然后進行PCR擴增及測序，最后進行結(jié)果分析。詳細檢測流程請看下圖：

▲圖1 STR檢測流程
* Dr.Cell 采用的細胞STR鑒定方法完全符合美國國家標準局（NIST）頒布的細胞鑒定標準-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中國CMA認證與司法鑒定許可的實驗室進行檢測。

2.STR位點基因分型結(jié)果
完整的細胞STR檢測報告請查閱（STR Report-Sample），報告上會列出受檢細胞系STR基因分型結(jié)果附表（圖2），表格中將列出所有實際檢測位點信息。第2列“Sample”為樣本檢測得到的STR位點信息, 該結(jié)果是根據(jù)實際PCR擴增后檢測到的片段長度得到的數(shù)據(jù)信息。第3列為ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中標準細胞STR位點信息。數(shù)據(jù)庫中常規(guī)提供9個位點信息，即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。

▲圖2 STR基因分型結(jié)果

STR位點基因分型結(jié)果峰圖：
在報告中會給出受檢細胞系的STR檢測結(jié)果峰圖（圖3），該峰圖是實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息。位點信息與表1（圖2）相同。

▲圖3 STR基因分型結(jié)果峰圖

*STR: 短串聯(lián)重復序列（short tandem repeats，STR）也稱微衛(wèi)星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因組中由1~6個堿基單元組成的一段DNA重復序列，由于核心單位重復數(shù)目在個體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富，構(gòu)成了STR基因座的遺傳多態(tài)性。

▲圖4 STR 短串聯(lián)重復序列

* 純合子：Homozygote，指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因相同。即顯示單個峰。

* 雜合子：Heterozygote，指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因不相同。即顯示2個峰。

▲圖5 STR位點峰圖

人源正常組織細胞其STR圖譜，一個基因位點僅出現(xiàn)一個或2個峰（更多信息請查閱短串聯(lián)重復序列 (STR, short tandem repeats) ）。如發(fā)生細胞交叉污染現(xiàn)象，基因位點會出現(xiàn)多等位基因，即一個基因位點出現(xiàn)3或4個峰（圖6）。當然，也不能排除可能為三倍體等多倍體突變現(xiàn)象。

▲圖6 多等位基因峰圖

3.STR位點基因分型結(jié)果比對
根據(jù)鑒定得到的細胞STR位點信息在ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中進行比對，進入ATCC STR數(shù)據(jù)庫頁面（https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx ）輸入檢測細胞的9個STR位點信息，與ATCC數(shù)據(jù)庫進行對比。

▲圖7 ATCC 數(shù)據(jù)庫比對

輸入信息后給出比對結(jié)果（圖8）

▲圖8 ATCC數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
同樣在DMSZ數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)比對，得到匹配結(jié)果。

▲圖9 DSMZ數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
比對結(jié)果中"%Match"（ATCC, 圖8）及 "EV" （DSMZ, 圖9）列是受檢細胞的9個STR位點基因分型數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫中細胞的匹配度。

人源細胞STR鑒定結(jié)果判定標準：

受檢細胞STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應的標準細胞系（其原始組織或衍生細胞系）STR基因分型數(shù)據(jù)進行比對：

1）若兩者的匹配度≥80%，則判定受檢細胞系為標準細胞系或為標準細胞系的衍生細胞系。

2）若兩者的匹配度在56%-80%之間，建議結(jié)合細胞系形態(tài)、細胞系特異性標記物等輔助分析進行綜合判斷。

3）若兩者的匹配度≤56%，則判定受檢細胞樣本與其對應的標準細胞系不相關(guān)。

參考文獻：

1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.

2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/）

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