E.coli基因文庫的分類和選擇

自 1995 年成立以來，Dharmacon 在生物信息學(xué)，RNA 生物學(xué)和合成化學(xué)方面的專長 , 使我們能夠開發(fā)出一整套研究基因功能的產(chǎn)品。

Dharmacon 公司是 RNA 干擾新發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的早期參與者，并且在若干重要的科學(xué)發(fā)現(xiàn)中，以及確保沉默效率的 siRNA 試劑的商業(yè)化過程中做出了重大貢獻(xiàn)。Dharmacon 公司保持技術(shù)進(jìn)步，利用生物信息學(xué)和化學(xué)修飾提高產(chǎn)品性能。當(dāng)今，我們研究的領(lǐng)域和研究工具已經(jīng)擴(kuò)展到支持 RNA 干擾應(yīng)用的方方面面；如，siRNA，慢病毒shRNA，microRNA 研究工具，以及對基因，microRNA 和 lncodeRNA 進(jìn)行功能性篩選的全基因組文庫。同樣，在過表達(dá)研究應(yīng)用中，Dharmacon 公司收集了齊全的商業(yè)化 cDNA 和 ORF 文庫。

包括大腸桿菌Keio基因敲除文庫，監(jiān)測基因表達(dá)的啟動(dòng)子-GFP融合文庫，以及用于研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的標(biāo)記ORF。大腸桿菌一直是分子遺傳學(xué)的模式生物，第一批觀察細(xì)菌結(jié)合的實(shí)驗(yàn)發(fā)生在20世紀(jì)40年代。大腸桿菌產(chǎn)品包括有助于進(jìn)一步了解基因調(diào)控、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用和分析基因功能的突變效應(yīng)的集合。

 

文庫種類

Dharmacon 大腸桿菌資源庫包括大腸桿菌Keio基因敲除文庫，監(jiān)測基因表達(dá)的啟動(dòng)子-GFP融合文庫，以及用于研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的標(biāo)記ORF文庫。

大腸桿菌（E.coli）基因cDNA&ORF文庫 

（1）大腸桿菌Keio基因敲除文庫（E.coli Keio Knockout Collection）

大腸桿菌Keio基因敲除文庫包含一組大腸桿菌K-12中所有非必需基因的單基因敲除突變體。共計(jì)3985個(gè)基因，每個(gè)基因有兩個(gè)獨(dú)立的缺失菌株，共產(chǎn)生7970個(gè)菌株；每一個(gè)被刪除的基因被一個(gè)卡那霉素抗性盒所取代，該盒側(cè)翼帶有FRT位點(diǎn)可被FLP重組酶識(shí)別并切除。大腸桿菌Keio文庫不僅是系統(tǒng)功能基因組學(xué)的資源，而且可以作為一些反向遺傳學(xué)方法的工具。與突變體表型與相應(yīng)基因相關(guān)的正向遺傳方法相反，Keio文庫允許分析與基因功能完全喪失相關(guān)的后果。

（2）大腸桿菌啟動(dòng)子文庫（E.coli Promoter Collection）

Weizmann Institute of Science的研究人員建立了大腸桿菌菌株庫，能夠在活細(xì)胞中實(shí)時(shí)檢測基因表達(dá)。每個(gè)報(bào)告菌株都標(biāo)記了明亮的、快速折疊的綠色熒光蛋白（GFP），融合到低拷貝質(zhì)粒中大腸桿菌啟動(dòng)子的全長拷貝上。這個(gè)文庫包括大腸桿菌K12菌株MG1655的1900多個(gè)啟動(dòng)子（整個(gè)基因組有2500個(gè)啟動(dòng)子），并且能夠以高準(zhǔn)確度和重復(fù)性地實(shí)時(shí)檢測基因表達(dá)。使用FACS或延時(shí)熒光顯微鏡在多孔板中進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，測量單個(gè)細(xì)胞中的基因表達(dá)，靈敏度高。

（3）大腸桿菌標(biāo)記ORFs（E.coli Tagged ORF）

多倫多大學(xué)的Andrew Emili和Jack Greenblatt實(shí)驗(yàn)室發(fā)布的Dharmacon SPA-and-TAP標(biāo)記的大腸桿菌文庫，旨在促進(jìn)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的研究。共成功標(biāo)記了857個(gè)蛋白，包括198個(gè)必需蛋白和保守蛋白。超過四分之一的蛋白質(zhì)已被源實(shí)驗(yàn)室成功純化。

參考文獻(xiàn)：

1.  K.A. Datsenko, B.L. Wanner, One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products. PNAS. 97, 6640-6645 (2000).

2. S. Kalir et al., Ordering genes in a flagella pathway by analysis of expression kinetics from living bacteria. Science.292, 2080–2083 (2001).

3. A. Zaslaver et al., Just-in-time transcription program in metabolic pathways. Nature Genetics.36, 486–491 (2004).

4. G. Butland et al.,Interaction network containing conserved and essential protein complexes in Escherichia coli. Nature. 433, 531–537 (3 February 2005).

特別申明

Dharmacon提供一些由學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的克隆資源，其中許多資源滿足了其他商業(yè)實(shí)體沒有提供的特別研究領(lǐng)域的需要。為了提供這些作為公共資源，我們依靠提供資源的學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行質(zhì)量控制。

因此，這些文件按捐助機(jī)構(gòu)“原樣”提供的格式分發(fā)，沒有額外的產(chǎn)品驗(yàn)證或保證。我們不對任何錯(cuò)誤或性能問題負(fù)責(zé)。其他信息可以在產(chǎn)品手冊和相關(guān)的已發(fā)表文章（如果有的話）中找到�；蛘撸�可以直接聯(lián)系資源提供學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)進(jìn)行技術(shù)答疑。

如下鏈接可以查詢到所有E.coli相關(guān)產(chǎn)品的信息

https://horizondiscovery.com/products/gene-modulation/overexpression-reagents/non-mammalian/e-coli

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