云序客戶成果揭秘：三個(gè)月內(nèi)搞定5分m6A甲基化譜文章？

關(guān)于m6A修飾的研究在生物領(lǐng)域持續(xù)火熱，近年國自然立項(xiàng)和文章發(fā)表數(shù)目保持指數(shù)增長趨勢，2020年pubmed收錄文章已經(jīng)高達(dá)652篇。云序生物在m6A修飾測序領(lǐng)域具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，近期云序客戶又連發(fā)了5篇m6A甲基化測序研究的文章，下面小編就帶大家一起來分析下這幾篇發(fā)表文章的研究思路，給想短時(shí)間內(nèi)發(fā)表5分左右文章的老師提供一些借鑒。 發(fā)表雜志：Journal of Biomedical Science
影響因子：5.762
發(fā)表時(shí)間：20200509
文章鏈接：N6-methyladenosine methyltransferase METTL3 affects the phenotype of cerebral arteriovenous malformation via modulating Notch signaling pathway
文章摘要：腦動(dòng)靜脈畸形（AVM）是一種嚴(yán)重危及生命的先天性腦血管病。特定的解剖特征，如病灶大小、位置和靜脈引流，已經(jīng)被證實(shí)會(huì)影響治 療結(jié)果。直到近期，與解剖特征和治 療結(jié)果相關(guān)的分子生物學(xué)標(biāo)志物和相應(yīng)的分子機(jī)制仍然是未知的。本研究通過RNA-seq發(fā)現(xiàn)了甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3在不同病變大小組中差異表達(dá)，通過導(dǎo)管形成和傷口愈合實(shí)驗(yàn)，研究METTL3對(duì)血管生成的影響。此外，應(yīng)用m6A-MeRIP-seq篩選內(nèi)皮細(xì)胞METTL3的下游靶點(diǎn)，充分闡明影響腦AVM表型的分子機(jī)制。 發(fā)表雜志：Biomedicine & Pharmacotherapy
影響因子：4.545
發(fā)表時(shí)間：20200601
文章鏈接：Ling-gui-zhu-gan decoction alleviates hepatic steatosis through SOCS2 modification by N6-methyladenosine
文章摘要：苓桂術(shù)甘(LGZG) 湯是中醫(yī)經(jīng)典方藥，近期被證明對(duì)高脂飲食（HFD）引起的肝脂肪變性有抑 制作用。然而，這種治 療作用的機(jī)制仍不清楚。本研究對(duì)普通飲食、HFD喂養(yǎng)和HFD+LGZG喂養(yǎng)的三組大鼠的肝臟組織和血液樣本，測定了肝臟脂肪變性和血脂、轉(zhuǎn)氨酶等，用比色法檢測了N6甲基腺苷（m6A）水平，通過甲基化RNA免疫沉淀測序（m6A-MeRIP-seq）檢測和分析m6A甲基化，應(yīng)用qPCR和WB驗(yàn)證差異甲基化基因的表達(dá)水平。研究發(fā)現(xiàn)，LGZG湯能明顯減輕肝臟脂肪變性，降低m6A水平，揭示了編碼序列（CDS）域是m6A甲基化關(guān)鍵的修飾位點(diǎn)，其分子功能主要包括胰島素樣 生長因子受體結(jié)合和脂肪酸代謝與降解。此外，LGZG治 療可降低細(xì)胞因子信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)抑 制因子2（SOCS2）的m6A甲基化水平，以及SOCS2在mRNA和蛋白質(zhì)水平上的表達(dá)。因此，LGZG湯是治 療NAFLD的有效方劑，其作用機(jī)制可能與N6-甲基腺苷修飾藥物SOCS2有關(guān)。 發(fā)表雜志：Journal of Cellular Biochemistry
影響因子：4.237
發(fā)表時(shí)間：20200413
文章鏈接：Wilms' tumour 1-associating protein inhibits endothelial cell angiogenesis by m6A-dependent epigenetic silencing of desmoplakin in brain arteriovenous malformation
文章摘要：腦動(dòng)靜脈畸形（AVMs）是一種先天性的血管畸形，它的動(dòng)脈和靜脈直接相連，沒有中間的毛細(xì) 血管床。迄今為止，腦動(dòng)靜脈畸形的發(fā)病機(jī)制尚不清楚。本研究發(fā)現(xiàn)Wilms腫 瘤1-結(jié)合蛋白（WTAP）在腦AVM病變中下調(diào)，并且它被認(rèn)為是m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物的關(guān)鍵亞單位。為了篩選WTAP的下游靶點(diǎn)，本研究利用WTAP缺陷和對(duì)照內(nèi)皮細(xì)胞進(jìn)行RNA轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）和甲基化RNA免疫沉淀測序（m6A-MeRIP-seq）。確定WTAP通過m6A修飾來調(diào)節(jié)橋粒蛋白（DSP）的表達(dá)，從而影響內(nèi)皮細(xì)胞的血管生成。此外，WTAP缺乏引起的Wilms腫 瘤1（WT1）活性的增加導(dǎo)致β-catenin大量降解，這可能也抑 制了內(nèi)皮細(xì)胞的血管生成。研究結(jié)果揭示了WTAP在血管生成中的關(guān)鍵作用，為闡明腦動(dòng)靜脈畸形的發(fā)病機(jī)制奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。 發(fā)表雜志：Frontiers in Neuroscience
影響因子：3.707
發(fā)表時(shí)間：20200228
文章鏈接：Abnormality of m6A mRNA Methylation Is Involved in Alzheimer’s Disease
文章摘要：阿爾茨海默�。ˋD）是常見的癡呆癥，在老年人中非常普遍。然而AD的發(fā)病機(jī)制尚不清楚。本研究通過比色法對(duì)AD小鼠模型和對(duì)照小鼠進(jìn)行了m6A整體修飾水平檢測，發(fā)現(xiàn)AD模型小鼠的皮質(zhì)和海馬中m6A甲基化水平升高。然后又通過m6A-MeRIP-seq 研究了AD模型小鼠m6a mRNA圖譜，同時(shí)通過qPCR和WB驗(yàn)證了AD模型小鼠中甲基化酶METTL3的表達(dá)升高，m6A去甲基酶FTO的表達(dá)降低，結(jié)合GO功能分析和KEGG通路分析，預(yù)測了差異表達(dá)的m6A甲基化RNA在AD中的潛在作用。本研究結(jié)果表明，RNA的m6A甲基化促進(jìn)了AD的發(fā)展。 發(fā)表雜志：Investigative Ophthalmology & Visual Science
影響因子：3.47
發(fā)表時(shí)間：20200803
文章鏈接：Identification and Characterization of N6-Methyladenosine CircRNAs and Methyltransferases in the Lens Epithelium Cells From Age-Related Cataract
文章摘要：本文為研究老年性白內(nèi)障（ARC）患者晶狀體上皮細(xì)胞（LECs）病變中n6-甲基腺苷（m6a）修飾對(duì)circRNAs及相關(guān)甲基轉(zhuǎn)移酶的影響，針對(duì)正常人和皮質(zhì)型ARC患者的LEC，用m6a修飾的RNA免疫沉淀測序（m6A-MeRIP-seq）和RNA測序（RNA-seq）分析m6a標(biāo)記的circRNAs和circRNAs的表達(dá)。利用GO功能和KEGG通路富集分析預(yù)測m6a環(huán)可能的功能。用qPCR檢測m6a相關(guān)甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基轉(zhuǎn)移酶的表達(dá)。采用WB和免疫組化方法檢測m6a脫甲基轉(zhuǎn)移酶關(guān)鍵組分ALKBH5的表達(dá)和定位。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了circRNA上4646個(gè)差異m6a峰，與對(duì)照組相比，ARCCs的LECs中m6a豐度水平降低。結(jié)果還顯示，m6A標(biāo)記的circRNAs的表達(dá)大部分表達(dá)降低。另外，在5種主要的甲基轉(zhuǎn)移酶中，ALKBH5在ARCCs的LECs中顯 著上調(diào)。這些數(shù)據(jù)提供了有關(guān)ARC中circRNAs m6a修飾的新證據(jù), 提示了晶狀體組織中甲基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)的改變可能通過調(diào)控環(huán)RNA的基因選擇性地改變晶狀體基因組的表觀遺傳模式，從而提高對(duì)ARC的敏感性。這一結(jié)果可能對(duì)ARC發(fā)病的分子靶點(diǎn)提供新的認(rèn)識(shí)。