10x FFPE樣本單細胞解決方案在癌癥研究中的應(yīng)用
胰腺上皮內(nèi)瘤變(PanIN) 是一種從福爾馬林固定和石蠟包埋(FFPE)標本診斷出的胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)前惡性腫瘤，限制了基于單細胞的研究。2022年7月16日，一篇發(fā)表在bioRxiv上題為“Spatial transcriptomics of FFPE pancreatic intraepithelial neoplasias reveals cellular and molecular alterations of progression to pancreatic ductal carcinoma”的預(yù)印本文章，通過將單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與10x Visium FFPE空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行結(jié)合，開發(fā)了一種新的FFPE樣本空間轉(zhuǎn)錄組分析方案，并輔以兩種新的轉(zhuǎn)移學(xué)習(xí)方法。第一種是將細胞類型分配到ST點并整合轉(zhuǎn)錄特征，表明PanINs被 PDAC癌相關(guān)成纖維細胞(CAFs)亞型包圍，包括罕見的抗原呈遞CAFs。第二種是將 ST PanIN數(shù)據(jù)與PDAC scRNA-seq數(shù)據(jù)整合，確定了隨著PanINs向PDAC的進展，炎癥和增殖信號之間的轉(zhuǎn)移。本研究首次確定了PanINs中類似的 CAF群體和相關(guān)的分子變化，它們可能是癌前轉(zhuǎn)化為PDAC的早期介質(zhì)。這種集成的實驗和計算方法提供了通過集成成像、ST和scRNA-seq數(shù)據(jù)集來開發(fā)PDAC發(fā)展和進展模型的方法。
上面這篇預(yù)印本文章中的研究人員提到，由于scRNA-seq方法對細胞活性有要求，該技術(shù)目前不兼容FFPE樣本，使他們無法直接進行PanINs分析。在此小編向大家透露一條好消息，F(xiàn)FPE樣本也可以做單細胞啦！10x Genomics近期推出了一種針對FFPE樣本做單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的解決方案，下面帶大家看一下10x測試的初步數(shù)據(jù)。
將一塊浸潤性導(dǎo)管癌組織進行切割后用手工解離和酶消化相結(jié)合的方法將其分離，然后使用10x今年推出的單細胞固定RNA分析試劑盒進行樣本固定后進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，通過對數(shù)據(jù)進行處理，得到了多種細胞類型，從圖中我們看出，從該FFPE樣本中可以檢測到很多免疫細胞。
乳腺癌是一個高度異質(zhì)性的疾病，為了指導(dǎo)預(yù)后，常常采用TNM分期、臨床病理指標，后來由于高通量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，多基因預(yù)測成為了一個新途徑。傳統(tǒng)方法通常是基于bulk水平根據(jù)signature對癌癥進行分類，現(xiàn)在將signature應(yīng)用于該數(shù)據(jù)集中的每個細胞群，將每個群與 PAM50 基因特征相關(guān)聯(lián)，結(jié)果顯示實際上只有一個細胞群17與癌癥亞型顯示出強相關(guān)性，而其他細胞群與正常特征相關(guān)。之前有文獻對新鮮樣品進行過此類分析，但在FFPE樣本的數(shù)據(jù)上發(fā)現(xiàn)這一點，可以使研究人員將其應(yīng)用于大量生物庫FFPE 樣本，解鎖更多存檔樣本。
FFPE方法是外科病理標本收集和保存的標準方法，這些樣本被病理學(xué)家用于確定FFPE切片上疾病的可視化特征，通常這些樣本可以與有價值的元數(shù)據(jù)聯(lián)系起來，如患者信息記錄、使用的藥物，甚至臨床結(jié)果。在這些縱向樣本上以單細胞分辨率觀察轉(zhuǎn)錄組基因表達的能力將為研究疾病進程增加一個全新的信息軸，相信10x推出的這種適用于FFPE樣本的單細胞解決方案可以解鎖更多臨床存檔樣本，帶來更多全新的研究發(fā)現(xiàn)！想要了解更多詳細信息，歡迎聯(lián)系我們！電話：010-84409661，郵箱：marketing@emtd.com.cn。
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