Xenium亞細(xì)胞空間原位分析技術(shù)之樣本制備及應(yīng)用方向的介紹

Xenium原位技術(shù)平臺可以提供的端對端完整解決方案，幫助用戶實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞分辨率的靶向基因和蛋白表達(dá)原位分析。該平臺可以將單分子RNA和蛋白檢測的功能與強(qiáng)大的光學(xué)元件、數(shù)據(jù)采集和精確解碼技術(shù)相結(jié)合，能夠以亞細(xì)胞分辨率在整張切片上快速檢測大量靶點(diǎn)的組織原位表達(dá)水平�？梢约嫒荻喾N樣品類型，包括新鮮冷凍（FF）組織和福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織。
 

樣本準(zhǔn)備
1. 新鮮樣本：需要OCT包埋，干冰法或者異戊烷法皆可。
2. 石蠟樣本：需要送石蠟塊。（與空轉(zhuǎn)V2版本不同，Xenium樣本只能貼在正式芯片上實(shí)驗(yàn)，而非貼在白片上進(jìn)行轉(zhuǎn)片，所以不能直送切片。）
3. 可貼片區(qū)域：10mm*22mm（大框區(qū)域12*24mm，邊上“+”定位點(diǎn)不能被切片覆蓋）。
4. 可多樣本拼片（但同一芯片選擇的panel必須相同）。
 

Xenium原位技術(shù) Panel列表

1. 人乳腺癌panel：280 genes，可再定制100 genes；
2. 小鼠腦panel：248 genes，可再定制100 genes；
3. 目前人和小鼠都有泛組織的panel；
4. 后續(xù)我司也會預(yù)定制panel：腫瘤、免疫、神經(jīng)方向等。

Xenium原位技術(shù)實(shí)驗(yàn)流程

1. Xenium的實(shí)驗(yàn)流程主要分四部分：組織切片、探針雜交與擴(kuò)增、上機(jī)測試、數(shù)據(jù)分析；
2. 從組織切片到數(shù)據(jù)下機(jī)所需時(shí)間為：6-8天（依樣本貼片大小而增減上機(jī)時(shí)間，樣本覆蓋面越大，上機(jī)時(shí)間越長）。

Xenium原位技術(shù)-下機(jī)數(shù)據(jù)

1. 網(wǎng)頁質(zhì)控：基礎(chǔ)信息、提示警告或者錯(cuò)誤信息；
2. 擬合的DAPI圖像：OME-TIFF（格式）；
3. 細(xì)胞切割和邊界信息：細(xì)胞核和細(xì)胞邊界坐標(biāo)；
4. 亞細(xì)胞分辨率轉(zhuǎn)錄本定位（基因表達(dá)）信息：轉(zhuǎn)錄本定位和細(xì)胞分配信息；
5. 細(xì)胞-分析物表達(dá)矩陣：HDF5 和 MTX（后續(xù)可以直接進(jìn)行分析）；
6. 后續(xù)分析：包含表達(dá)水平，細(xì)胞定位、分型，聚類，降維分析和差異表達(dá)。

Xenium原位技術(shù)應(yīng)用技術(shù)場景
1. 疾病組織異質(zhì)性的量化評價(jià)；
2. 組織微環(huán)境免疫細(xì)胞組學(xué)深度分析；
3. 伴隨診斷組織空間標(biāo)志物的篩選；
4. 藥物創(chuàng)新靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)和藥物輔助開發(fā)。

Xenium原位技術(shù)多組學(xué)聯(lián)合
1. Xenium獨(dú)立分析：探究關(guān)注基因集（panel）的空間表達(dá)特征，解析復(fù)雜組織中細(xì)胞組成及細(xì)胞間的互作，研究特定生理病理結(jié)構(gòu)區(qū)域下的基因表達(dá)信息。推薦腫瘤、免疫、神經(jīng)（神經(jīng)性疾病、或者做感知、認(rèn)知方向）等研究領(lǐng)域的客戶；
2. Xenium+單細(xì)胞聯(lián)合分析：解鎖各個(gè)細(xì)胞群的空間位置信息，更高靈敏度及特異性地挖掘細(xì)胞間互作及分子調(diào)控機(jī)制，對關(guān)注基因的表達(dá)及目標(biāo)細(xì)胞群（如新鑒定到的細(xì)胞亞群）進(jìn)行亞細(xì)胞定位研究；
3. Xenium原位雜交+空轉(zhuǎn)：解析亞細(xì)胞水平時(shí)空基因組學(xué)；
4. 單細(xì)胞+空轉(zhuǎn)+Xenium原位雜交：對多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域的細(xì)胞類型進(jìn)行精確定位。
 

在關(guān)注非典型導(dǎo)管增生區(qū)域（多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域）時(shí)可以清晰的定位八種細(xì)胞類型