靶向測序技術(shù)在兒童呼吸道病原體及耐藥基因檢測中的應(yīng)用

呼吸道感染是兒童發(fā)病率和死亡率最高的原因之一^[1]。病原體包括肺炎鏈球菌、結(jié)核分枝桿菌、百日咳博德特氏菌、大腸桿菌、肺炎支原體、肺炎克雷伯菌、呼吸道合胞病毒（RSV）、人偏肺病毒（hMPV）、人腺病毒（HAdV）和新型冠狀病毒 (SARS-CoV-2)^[2-6]。由于兒童免疫系統(tǒng)不發(fā)達(dá)，呼吸道感染的并發(fā)癥，包括支氣管炎、肺炎和鼻竇炎，會(huì)增加成年后慢性呼吸道疾病的發(fā)病率，導(dǎo)致永久性肺部病變^[7]。此外，兒童使用抗感染藥物的頻率比任何其他藥物都要高^[8]。過去幾十年來抗感染藥物過度使用導(dǎo)致耐藥菌株數(shù)量增加，嚴(yán)重影響公眾健康^[9]。因此，準(zhǔn)確識(shí)別呼吸道感染病原體及耐藥并進(jìn)行針對(duì)性治療至關(guān)重要。

近日，國內(nèi)研究者評(píng)估了靶向測序技術(shù) (targeted next generation sequencing, tNGS) （Respiratory Pathogen ID/AMR Panel, RPIP）在兒童呼吸道病原體及耐藥基因(ARG)檢測中的表現(xiàn)^[10]。

該研究使用傳統(tǒng)培養(yǎng)和抗菌藥物敏感性檢測 (AST) 作為金標(biāo)準(zhǔn)，在 47 份兒童支氣管肺泡灌洗液 (BALF) 樣本中進(jìn)行檢測。

在病原菌檢測方面，RPIP在檢測包括肺炎支原體在內(nèi)的難以培養(yǎng)的病原體方面表現(xiàn)出優(yōu)勢(圖1)。與培養(yǎng)結(jié)果相比，RPIP的敏感性和特異性分別為84.4%（置信區(qū)間70.5-93.5%）和97.7%（置信區(qū)間95.9-98.8%）。此外，RPIP結(jié)果顯示，47份BALF標(biāo)本中，有10份檢測出單一感染，34份檢測出多重感染，其中細(xì)菌/病毒雙重感染數(shù)量最多。
 

圖1. 培養(yǎng)和RPIP檢測出的病原體種類及頻次
 

此外，該研究還分析了含有肺炎鏈球菌的標(biāo)本的耐藥基因。47 份標(biāo)本中，有 25 份檢測到了肺炎鏈球菌。通過 RPIP 在 25 名患者中的 19 名中鑒定出總共 58 種與四環(huán)素、大環(huán)內(nèi)酯-林可酰胺-鏈陽霉素、β-內(nèi)酰胺、磺胺和氨基糖苷類相關(guān)的 ARG。以AST結(jié)果為標(biāo)準(zhǔn)，紅霉素、四環(huán)素、青霉素和磺胺類藥物的符合率分別為89.5%、79.0%、36.8%和42.1%。

這些結(jié)果證明了RPIP在病原菌檢測，特別是對(duì)多種和難以培養(yǎng)的病原菌檢測以及預(yù)測紅霉素和四環(huán)素耐藥性方面的優(yōu)越性，對(duì)于病原菌感染的準(zhǔn)確診斷和指導(dǎo)臨床治療具有重要意義。

參考文獻(xiàn)：
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