使用SBC ToolBox 單細(xì)胞抖動(dòng)圖模塊美化差異marker基因

使用SBC ToolBox 單細(xì)胞抖動(dòng)圖模塊美化你的單細(xì)胞差異marker基因。
 

登錄scRNA Jitter 模塊的兩種方式

a)  直接登錄：

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/scvl/

b)  導(dǎo)航頁面登錄：

登錄SBC ToolBox 點(diǎn)擊側(cè)邊欄點(diǎn)圖組件，進(jìn)入 scRNA Jitter 模塊。
 

c) 單細(xì)胞抖動(dòng)圖主要功能區(qū)域介紹：

i.  數(shù)據(jù)輸入接口：上傳數(shù)據(jù)至此，只支持 .xlsx格式文件。

ii. 參數(shù)細(xì)節(jié)調(diào)整：調(diào)整可視化結(jié)果。

iii. 結(jié)果預(yù)覽展示區(qū)域：輸出結(jié)果可在此區(qū)域預(yù)覽。

 

上傳數(shù)據(jù)

a)下載demo數(shù)據(jù)，詳見主界面操作指南頁面。

b) 了解數(shù)據(jù)。

i. 輸入文件格式：.xlsx ，可以使用Excel進(jìn)行保存打開。

ii. 數(shù)據(jù)為差異基因表格整合而成，一共三列：

1. 第一列：GeneSymbol，基因的縮寫，可以用于標(biāo)記基因。

2. 第二列：log2FC，差異倍數(shù)取對數(shù)。

3. 第三列：Cluster信息，marker基因歸屬于哪一個(gè)Cluster。

 

上手實(shí)操

a) 小試牛刀，下載demo數(shù)據(jù)，上傳提交進(jìn)行簡單操作。

默認(rèn)輸出結(jié)果預(yù)覽如下：

b)參數(shù)調(diào)整

i. 調(diào)整上下調(diào)色階，默認(rèn)上調(diào)顏色為：#DC143C ，下調(diào)顏色：#1E90FF。點(diǎn)擊上下調(diào)顏色控制按鈕，選擇中意顏色，進(jìn)行上下調(diào)色彩調(diào)整。這里將下調(diào)調(diào)整為墨綠色調(diào)整操作如下：

上調(diào)操作模式與下調(diào)顏色調(diào)整操作一致。

ii.調(diào)整Jitter Plot點(diǎn)的大小及透明度。

調(diào)整以下兩個(gè)功能按鈕

操作如下：

iii. 可視化結(jié)果標(biāo)記基因及參數(shù)調(diào)整1. 打開上傳文件，選擇目標(biāo)基因，將基因復(fù)制粘貼至基因標(biāo)記文本框中，注意基因必須在提交的表格里，否則無法標(biāo)記展示：

2. 結(jié)果預(yù)覽：

黃色字體為添加到展示結(jié)果中的目標(biāo)基因

 

3. 操作如下：

iv. 主題調(diào)整，提供 Dark 、Classic、 Bw、 Void 四種ggplot2經(jīng)典主題，下拉菜單即可進(jìn)行調(diào)整：

1. 暗黑模式結(jié)果：

2. 操作如下：

v. Bar 調(diào)整，調(diào)整bar的高度，bar中字體的大小及色彩，主要調(diào)整bar顏色、bar字大小、bar高度三個(gè)功能鍵。

操作如下：

調(diào)整bar的展示順序，主要調(diào)整Cluster順序進(jìn)行調(diào)整。

vi. 坐標(biāo)軸添加名稱，直接在x軸名字和y軸名字進(jìn)行編輯修改：

操作如下：

vii. 圖例開關(guān)操作如下，主要用來展示、隱藏圖例信息：

viii. 坐標(biāo)軸旋轉(zhuǎn)，操作如下：

ix. 保存結(jié)果，默認(rèn)為.pdf格式結(jié)果�？墒褂肧BCToolBox  pdf2png模塊對pdf結(jié)果轉(zhuǎn)換為png格式文件。

c) 擴(kuò)展：多個(gè)兩兩比較結(jié)果，保留GeneSymbol、FC、及比較信息列按行合并，整理成輸入數(shù)據(jù)格式，提交分析即可進(jìn)行多組兩兩比較的JitterPlot展示。