全自動DNA大片段回收儀助力乳腺癌ctDNA的研究

期刊：EMBO Molecular Medicine（IF： 11.1）
發(fā)表年份：2023
物種：人乳腺癌患者血漿樣本中ctDNA（ctDNA in plasma samples from breast cancer patients）
文庫類型：185 - 280 bp ctDNA（ctDNA）
ctDNA文庫富集和精準回收：Sage Science公司Pippin HT系列全自動 DNA片段回收儀
ctDNA測序：Illumina NovaSeq 6000二代測序儀

通過分析循環(huán)腫瘤DNA (ctDNA)來監(jiān)測癌癥動態(tài)和檢測微小殘留疾病，已成為腫瘤研究及篩查的主要技術手段之一。而關于ctDNA多種分析方法間的比較卻較少談及。本文中，作者使用乳腺癌患者血漿樣本，應用腫瘤知情和腫瘤不知情分析法，比較了多重PCR、雜交捕獲和不同深度的全基因組測序方法對ctDNA檢測的差異，如分析樣本結構變異（SVs）、單核苷酸變異（SNV）和/或體細胞拷貝數畸變（SCNAs）的差異。

結果表明，當使用不同的檢測方法分析相同的患者樣本時，動態(tài)ctDNA和等位基因分數 （AF） 高度一致。其中腫瘤知情分析在低濃度下檢測ctDNA的靈敏度最高；靶向 1,347 至 7,491 個腫瘤鑒定突變的深度混合捕獲測序是最靈敏的檢測方法，可檢測低至 0.00024%（百萬分之 2.4，ppm）的 AF 的 ctDNA。靶向每位患者 21-47 個腫瘤鑒定的 SV 的多重 PCR 可檢測到低至 0.00047% AF （4.7 ppm） 的 ctDNA，具有作為臨床檢測的潛力。

 

在ctDNA測序文庫構建步驟中，使用PippinHT系列全自動DNA片段回收儀回收185 – 280bp的DNA片段，最大程度上保留來自腫瘤源的ctDNA，靈活、高效去除接頭二聚體，從而獲得高質量的ctDNA測序數據。

原文

Santonja, Angela, et al. "Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer." EMBO molecular medicine (2023): e16505.

Sage Science是全球領先的研發(fā)制造Pippin系列全自動核酸電泳片段回收儀的生產廠家，擁有美國技術專利，各個型號產品可以高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準回收，廣泛用于二代測序、三代測序以及多種分子生物學相關領域。

 

2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自動核酸電泳回收分析系統，該系列在保留PippinHT高速高通量的特點之上，配置選擇上更加靈活，既可以為短片段回收的用戶提供更具性價比的產品，也可以通過模塊配置升級實現片段篩選回收、電泳圖譜分析、核酸濃度測定等更多更全面的功能。

環(huán)亞生物科技有限公司作為美國Sage Science公司在中國區(qū)的獨家代理商，自2011年以來將Sage Science的產品線引入國內，一直為國內用戶提供專業(yè)的全自動核酸片段回收儀的安裝測試、應用培訓，技術支持與售后維護工作，贏得客戶的一致好評與信任。環(huán)亞生物科技有限公司將一如既往的支持越來越多的Sage Science用戶。

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