全自動(dòng)DNA電泳回收儀助胞外miRNA測(cè)序—子癇前期的診斷和預(yù)后評(píng)估

Discovery and verification of extracellular microRNA biomarkers for diagnostic and prognostic assessment of preeclampsia at triage

子癇前期（Preeclampsia，PE）是妊娠期特有的一種多系統(tǒng)疾病，其特點(diǎn)是妊娠20周以后出現(xiàn)新發(fā)的高血壓和蛋白尿，會(huì)增加胎兒早產(chǎn)和產(chǎn)婦死亡的風(fēng)險(xiǎn)。目前，臨床對(duì)子癇前期無非常準(zhǔn)確的早期診斷或預(yù)后評(píng)估方法。來自加州大學(xué)圣地亞哥分校的科研團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，在母體血液樣本中的miRNA可以作為子癇前期診斷和后期干預(yù)效果評(píng)估的生物標(biāo)志物。相關(guān)論文于2023年12月發(fā)表于《Science Advances》期刊，題為“Discovery and verification of extracellular microRNA biomarkers for diagnostic and prognostic assessment of preeclampsia at triage”。

Abstract
We report on the identification of extracellular miRNA (ex-miRNA) biomarkers for early diagnosis and prognosis of preeclampsia (PE). Small RNA sequencing of maternal serum prospectively collected from participants undergoing evaluation for suspected PE revealed distinct patterns of ex-miRNA expression among different categories of hypertensive disorders in pregnancy. Applying an iterative machine learning method identified three bivariate miRNA biomarkers (miR-522-3p/miR-4732-5p, miR-516a-5p/miR-144-3p, and miR-27b-3p/let-7b-5p) that, when applied serially, distinguished between PE cases of different severity and differentiated cases from controls with a sensitivity of 93%, specificity of 79%, positive predictive value (PPV) of 55%, and negative predictive value (NPV) of 89%. In a small independent validation cohort, these ex-miRNA biomarkers had a sensitivity of 91% and specificity of 57%. Combining these ex-miRNA biomarkers with the established sFlt1:PlGF protein biomarker ratio performed better than either set of biomarkers alone (sensitivity of 89.4%, specificity of 91.3%, PPV of 95.5%, and NPV of 80.8%). 

研究人員從子癇前期檢查的參與者中收集母體血清，然后以血清為樣本進(jìn)行miRNA 測(cè)序。結(jié)合生物信息學(xué)分析，最終確定了三組雙變量 miRNA 生物標(biāo)志物（miR-522-3p/miR-4732-5p、miR-516a-5p/miR-144-3p 和 miR-27b-3p/let-7b-5p）。隨后，通過檢測(cè)miRNA生物標(biāo)志物的差異，用于區(qū)分不同嚴(yán)重程度的子癇前期病例。結(jié)果顯示檢測(cè)靈敏性為93%，特異性為 79%，陽性預(yù)測(cè)值 （PPV） 為 55%，陰性預(yù)測(cè)值 （NPV） 為 89%，指示效果十分顯著。同時(shí)小型獨(dú)立驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)的結(jié)果顯示，再次驗(yàn)證了這幾組生物標(biāo)志物在不同類型的病例中確有顯著差異。如果將發(fā)現(xiàn)的ex-miRNA生物標(biāo)志物與已建立的 sFlt1：PlGF 蛋白生物標(biāo)志物相結(jié)合，其效果更優(yōu)（靈敏性為 89.4%，特異性為 91.3%，PPV 為 95.5%，NPV 為 80.8%）。

期刊：SCIENCE ADVANCES（IF 15.4）
發(fā)表年份：2023
物種：人（Human）
文庫類型：120-135 非編碼小RNA文庫（Small non-coding RNA）
文庫富集和精準(zhǔn)回收：Sage Science公司Pippin Prep全自動(dòng)DNA電泳回收儀
測(cè)序：Illumina HiSeq 4000二代測(cè)序儀

細(xì)胞外miRNA（ex-miRNA）測(cè)序流程：1）Norgen的血漿/血清和外泌體 RNA 純化試劑盒分離樣品 ex-RNA；2）Agilent 的RNA 6000 Pico Kit對(duì)分離的ex-RNA 進(jìn)行質(zhì)量分析；3）NEB的Next Multiplex Small RNA Library Prep Set試劑盒構(gòu)建miRNA-seq文庫；4）Zymo Research的 DNA Clean & Concentrator-5試劑盒進(jìn)行文庫純化，并對(duì)純化的文庫進(jìn)行質(zhì)量分析；5）Sage Science的Pippin Prep及配套3%瓊脂糖凝膠試劑盒進(jìn)行文庫片段回收，回收范圍設(shè)置為120-135bp,只保留miRNA-seq文庫，徹底去除其他雜帶；6）在Illumina的HiSeq 4000儀器上測(cè)序。

原文
Robert Morey et al. ,Discovery and verification of extracellular microRNA biomarkers for diagnostic and prognostic assessment of preeclampsia at triage.Sci. Adv.9,eadg7545(2023).

美國Sage Science是全球領(lǐng)先的全自動(dòng)DNA脈沖場(chǎng)電泳回收儀的生產(chǎn)廠家，擁有美國技術(shù)專利，各個(gè)型號(hào)產(chǎn)品可以高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準(zhǔn)回收，廣泛用于二代測(cè)序、三代測(cè)序以及多種分子生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域。

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