單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列8-9月最新頂刊文獻(xiàn)速遞合集

文章標(biāo)題：Engineered T cell therapy for central nervous system injury
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：該研究分析了脊髓損傷小鼠的脊髓中的T細(xì)胞，并通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)鑒定這些T細(xì)胞的身份。為了提高免疫療法的安全性，他們將這些T細(xì)胞進(jìn)行了工程化修改，從而生成了工程化瞬時(shí)自身免疫T細(xì)胞。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，這些工程化T細(xì)胞在CNS損傷小鼠模型中顯示出顯著的神經(jīng)保護(hù)作用，這種保護(hù)作用部分通過(guò)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞來(lái)實(shí)現(xiàn)。
 

 2 高分文獻(xiàn)二：Science丨單細(xì)胞染色質(zhì)可及性揭示原發(fā)性癌癥中的惡性調(diào)控程序

文章標(biāo)題：Single-cell chromatin accessibility reveals malignant regulatory programs in primary human cancers
期刊：Science（IF：44.7）
文章摘要：該研究生成了八種腫瘤類(lèi)型的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性圖譜，以確定與癌癥相關(guān)的基因調(diào)控變化。腫瘤染色質(zhì)的可及性受到拷貝數(shù)改變的強(qiáng)烈影響，這些改變可以用于識(shí)別亞克隆，然而潛在的順式調(diào)控圖譜仍保留了特定癌癥類(lèi)型的特征。通過(guò)使用器官匹配的健康組織，研究人員確定了多種癌癥中的“最近健康”細(xì)胞類(lèi)型，顯示出基底樣亞型乳腺癌的染色質(zhì)特征最類(lèi)似于分泌型的腔型上皮細(xì)胞�？傮w而言，這些數(shù)據(jù)和可解釋的癌癥與健康組織基因調(diào)控模型，為理解癌癥特異性基因調(diào)控提供了框架。
 

3 高分文獻(xiàn)三：Cancer Cell丨十年來(lái)人類(lèi)腫瘤單細(xì)胞RNA測(cè)序的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)

文章標(biāo)題：Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：該研究回顧了人類(lèi)腫瘤中第一個(gè)十年的 scRNA-seq研究成果，系統(tǒng)總結(jié)了這十年來(lái)scRNA-seq技術(shù)在腫瘤研究中的應(yīng)用及其帶來(lái)的科學(xué)突破。過(guò)去十年，scRNA-seq技術(shù)的飛速發(fā)展，使得我們能夠從單細(xì)胞水平上解析這種復(fù)雜的生物學(xué)行為，揭示出腫瘤內(nèi)部的表達(dá)異質(zhì)性（eITH）。通過(guò)分析這些數(shù)據(jù)，研究人員不僅能夠定義腫瘤細(xì)胞的多樣性，還能識(shí)別出腫瘤中常見(jiàn)的表達(dá)模式和動(dòng)態(tài)過(guò)程。此外，隨著空間組學(xué)技術(shù)的發(fā)展，研究團(tuán)隊(duì)還討論了如何將單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)與腫瘤組織的空間信息相結(jié)合，以揭示腫瘤細(xì)胞狀態(tài)的空間分布及其與免疫細(xì)胞的相互作用。這種多層次的分析方法有助于更全面地理解腫瘤的異質(zhì)性和進(jìn)化過(guò)程。
 

文章標(biāo)題：Combination anti-PD-1 and anti-CTLA-4 therapy generates waves of clonal responses that include progenitor-exhausted CD8+ T cells
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：已有研究發(fā)現(xiàn)免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）聯(lián)合治療相比于任何單藥治療具有更好的腫瘤治療效果。該研究通過(guò)scRNA-seq、TCR-seq、流式以及開(kāi)發(fā)的Cyclone算法分析，揭示PD-1和CTLA-4抑制劑聯(lián)合治療誘導(dǎo)耗竭細(xì)胞的多輪克隆反應(yīng)，αCTLA-4主要調(diào)節(jié)祖細(xì)胞樣耗竭性T細(xì)胞的擴(kuò)增而αPD-1促進(jìn)耗竭性T細(xì)胞的分化，為ICIs的聯(lián)合應(yīng)用提供理論指導(dǎo)。
 

5 高分文獻(xiàn)五：Nature Medicine|整合人類(lèi)大腦區(qū)域單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的腦細(xì)胞圖譜

文章標(biāo)題：A brain cell atlas integrating single-cell transcriptomes across human brain regions
期刊：Nature Medicine（IF：58.7）
文章摘要：該研究通過(guò)整合來(lái)自 70 項(xiàng)人類(lèi)和 103 項(xiàng)小鼠大腦研究的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，涵蓋大腦各區(qū)域主要發(fā)育階段的數(shù)據(jù)，覆蓋了來(lái)自健康和和患病組織的超過(guò) 2630 萬(wàn)個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞核，展示了一個(gè)全面的腦細(xì)胞參考圖譜。使用基于機(jī)器學(xué)習(xí)的算法，腦細(xì)胞圖譜提供了一個(gè)一致的細(xì)胞類(lèi)型注釋?zhuān)�并展示了人腦中假定的神經(jīng)祖細(xì)胞和PCDH9 high小膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞亞群。研究證明了海馬和前額皮質(zhì)之間PCDH 9 high小膠質(zhì)細(xì)胞的基因調(diào)控差異，并闡明了細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)。腦細(xì)胞圖譜提供了圖譜級(jí)別的綜合資源，用于比較人類(lèi)細(xì)胞圖譜中不同環(huán)境和條件下的腦細(xì)胞。
 

6 高分文獻(xiàn)六：Nature|RAS改變衰老狀態(tài)并影響腫瘤的發(fā)生

文章標(biāo)題：Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：致癌RAS誘導(dǎo)的衰老（OIS）是一種與癌前病變相關(guān)的腫瘤抑制機(jī)制。這種表型通常需要高水平的致癌應(yīng)激，但較低致癌劑量引起的表型尚不清楚。該研究開(kāi)發(fā)了體外和體內(nèi)致癌RAS劑量遞增模型，，揭示了RAS劑量驅(qū)動(dòng)的下游表型的非線性連續(xù)體。單細(xì)胞RNA測(cè)序分析顯示，不同的肝細(xì)胞簇具有典型的OIS或祖細(xì)胞樣特征�？勺R(shí)別兩種不同的腫瘤類(lèi)型：早發(fā)性侵襲性未分化性和晚發(fā)性分化性肝細(xì)胞癌。每種小鼠腫瘤類(lèi)型的分子特征與不同的祖細(xì)胞特征相關(guān)，并在不同的人類(lèi)肝細(xì)胞癌亞類(lèi)中富集。總之，該研究結(jié)果證實(shí)了致癌劑量驅(qū)動(dòng)的OIS，協(xié)調(diào)了早期腫瘤發(fā)生中的衰老和腫瘤起始表型。
 

7 高分文獻(xiàn)七：Nat Methods丨FlowSig--揭示scRNA和ST細(xì)胞間流動(dòng)網(wǎng)絡(luò)新方法！

文章標(biāo)題：Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics
期刊：Nat Methods（IF：36.1）
文章摘要：該研究開(kāi)發(fā)了一種新方法FlowSig ，用于從單細(xì)胞 RNA 測(cè)序 (scRNA-seq) 和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué) (ST) 數(shù)據(jù)中由配體-受體相互作用描述的定向細(xì)胞間流動(dòng)，從而挖掘出驅(qū)動(dòng)組織規(guī)模的基因表達(dá)模式。無(wú)論是 scRNA-seq 還是 ST 數(shù)據(jù)，F(xiàn)lowSig 都會(huì)生成表示流入信號(hào)、細(xì)胞內(nèi)基因模塊 (GEMs) 和流出信號(hào)。此外，對(duì)于 scRNA-seq 數(shù)據(jù)，GEMs被用來(lái)表示與特定細(xì)胞類(lèi)型相關(guān)的基因表達(dá)模式；對(duì)于 ST 數(shù)據(jù)，GEMs 則包含了與空間位置相關(guān)的基因表達(dá)模式。通過(guò)分析這些 GEMs 在不同數(shù)據(jù)類(lèi)型中的關(guān)聯(lián)性，F(xiàn)lowSig 能夠識(shí)別出特定的調(diào)控因子和通信模式在空間和時(shí)間維度上的變化。
 

8 高分文獻(xiàn)八：Nat Genet丨人類(lèi)子宮內(nèi)膜單細(xì)胞參考圖譜
 

文章標(biāo)題：An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium
期刊：Nat Genet（IF：31.7）
文章摘要：該研究繪制了新的子宮內(nèi)膜細(xì)胞圖譜（HECA），發(fā)現(xiàn)了多種新的細(xì)胞類(lèi)型。這些細(xì)胞只存在于月經(jīng)周期的某些階段，取決于激素水平。細(xì)胞對(duì)激素水平的反應(yīng)對(duì)月經(jīng)周期的進(jìn)展和生育能力至關(guān)重要，這些細(xì)胞可能為與激素破壞有關(guān)的疾病(如生育狀況)提供有希望的治療靶點(diǎn)。研究還發(fā)現(xiàn)了免疫細(xì)胞巨噬細(xì)胞(一種被稱(chēng)為基質(zhì)細(xì)胞的結(jié)締組織細(xì)胞)和血管細(xì)胞之間在子宮內(nèi)膜無(wú)疤痕再生過(guò)程中的相互作用。了解這些途徑在常見(jiàn)的月經(jīng)狀況下是如何被破壞的，比如子宮內(nèi)膜繼續(xù)脫落的異常出血，可能有助于找到新的干預(yù)措施。