一分鐘讀懂單核苷酸多態(tài)性SNP

單核苷酸多態(tài)性，Single NucleotidePolymorphisms，是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異，包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失和插入，形成的遺傳標(biāo)記。從理論上來(lái)看每一個(gè)SNP位點(diǎn)都可以有4種不同的變異形式,但實(shí)際上發(fā)生的只有兩種，即轉(zhuǎn)換和顛換。轉(zhuǎn)換(transitions)是指嘌呤之間，或者嘧啶之間的替換；

顛換(transversions)是指嘌呤和嘧啶之間的替換。二者之比為2：1。SNP 在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多是C轉(zhuǎn)換為T ,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自發(fā)地脫氨成為胸腺嘧啶。

一般而言,SNP是指變異頻率大于1 %的單核苷酸變異。在人類基因組中大概每1000個(gè)堿基就有一個(gè)SNP ,人類基因組上的SNP 總量大概是3 ×10E6 個(gè)。因此,SNP成為第三代遺傳標(biāo)志,人體許多表型差異、對(duì)藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關(guān)。（from百度百科）

圖1. SNP轉(zhuǎn)換和顛換

SNP研究意義

1、SNP具有已知性、可遺傳性、可檢測(cè)性，可用于疾病基因的定位、克隆和鑒定，尋找疾病相關(guān)的突變位點(diǎn)。

2、SNP構(gòu)成的個(gè)體差異的遺傳基礎(chǔ)，可用于疾病易感性研究、個(gè)性化醫(yī)療等。

3、器官移植中供體/受體配對(duì)分析。預(yù)測(cè)啟動(dòng)子SNPs位點(diǎn)與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的編碼去SNPs對(duì)蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，生物功能的影響等。

SNP常見(jiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)

HapMap:International project involving scientistsand fundingagencies from Japan, the United Kingdom, Canada, China, Nigeria,and the UnitedStates. It is the reference database in many SNP studies

dbSNP:The largest SNP database and ishosted at the National Center for Biotechnology Information。

SNPSeek  : Has morethan 90000 coding genes in exons of known genes
SNP500Cancer : Dedicated to theidentification, validation and caracterization of polimorphism in cancerrelated genes

Ensembl:SNPView

SNPediahttp://www

SNP檢測(cè)方法

1、測(cè)序

通過(guò)全基因組或者外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組序列做比較，結(jié)合以后的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)信息，分析已有的SNPs，或者挖掘新的SNPs。測(cè)序技術(shù)能夠讓我們高效、全面的分析基因組多態(tài)性。

2、SNP芯片

根據(jù)以后的SNP信息，設(shè)計(jì)SNP探針，從而檢測(cè)基因組多態(tài)性。SNP芯片具有廉價(jià)、快速的優(yōu)點(diǎn)。同時(shí)其最大的缺點(diǎn)是覆蓋位點(diǎn)有限，并且只能檢測(cè)已知的多態(tài)性位點(diǎn)。