空間轉錄組系列十月高分文獻速遞

文章標題：Spatial oncology: Translating contextual biology to the clinic
期刊：Cancer Cell
影響因子：48.8

文章摘要：在過去的兩個世紀里，細胞組織背景下的顯微鏡檢查一直是組織病理學診斷的推動力。最近，通過單細胞圖譜鑒定出的先進分子生物標記物的興起增加了我們對癌癥細胞異質性的了解，但尚未對臨床治療產生重大影響。將分子圖譜分析與微環(huán)境特征相結合的空間技術為了解細胞的相互作用和組織提供了重要的原位背景，有望彌補這一轉化差距。此文章中，作者回顧了空間轉錄組工具如何用于研究腫瘤生態(tài)系統(tǒng)及其臨床應用。詳細介紹了細胞-細胞相互作用、微環(huán)境組成以及組織重塑對免疫逃避和治療抵抗的影響。此外，作者還強調了多組學空間剖析在描述臨床相關特征（包括神經周圍侵襲、三級淋巴結構和腫瘤-基質界面）方面的新興作用。最后，作者探討了臨床整合策略及其對治療和診斷方法的增強作用。
 

高分文獻二 02
標題：Nature -產前皮膚圖譜揭示了人體皮膚形態(tài)發(fā)生的免疫調節(jié)

文章標題：A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：人類產前皮膚上有包括巨噬細胞在內的先天性免疫細胞，但這些細胞是只起免疫作用，還是在形態(tài)發(fā)生中具有其他功能，目前尚不清楚。在此，作者結合單細胞和空間轉錄組學數據，繪制了人類產前皮膚（孕后 7-17 周）多組學綜合參考圖譜，以描述皮膚微解剖組織的特征。該圖譜揭示了非免疫細胞和免疫細胞之間的串聯是毛囊形成的基礎，與無疤痕傷口愈合有關，并且對皮膚血管生成至關重要。作者將由人類胚胎干細胞和誘導多能干細胞衍生的生發(fā)皮膚類器官（SkO）模型與產前和成年皮膚進行了系統(tǒng)比較。SkO模型密切再現了毛囊發(fā)育過程中的體內皮膚表皮和真皮細胞類型，以及與遺傳性毛發(fā)和皮膚疾病發(fā)病機制有關的基因表達。然而，SkO 模型缺乏免疫細胞，內皮細胞的異質性和數量明顯減少。我們的體內產前皮膚細胞圖譜顯示，巨噬細胞和巨噬細胞衍生的生長因子在驅動內皮發(fā)育方面發(fā)揮作用。事實上，將誘導多功能干細胞衍生的自體巨噬細胞轉移到SkO培養(yǎng)物中后，血管網絡重塑得到了增強。因此，先天性免疫細胞是皮膚形態(tài)發(fā)生的關鍵角色，而非傳統(tǒng)的免疫角色，它們通過與非免疫細胞的串聯實現這一功能。
 

高分文獻三 03
標題：Cell-福爾馬林固定石蠟包埋中RNA的生物學空間探索-空轉新技術
 

文章標題：Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues
期刊：Cell
影響因子：45.5
文章摘要：對福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織中的 RNA 生物學進行空間探索的能力為組織病理學研究帶來了變革性的潛力。在這里，我們介紹了病理學組織兼容的確定性條形碼（Patho-DBiT），它結合了原位多聚腺苷酸化和空間全轉錄組測序的計算創(chuàng)新，專為探究臨床存檔 FFPE 樣品中的多種 RNA 而定制。它可以對基因表達和 RNA 處理進行空間協(xié)同分析，揭示特定區(qū)域的剪接異構體，并對保存 5 年的臨床腫瘤 FFPE 組織進行高靈敏度的轉錄組圖譜繪制。此外，還能捕獲全基因組單核苷酸 RNA 變異，以區(qū)分人類淋巴瘤中的惡性細胞和非惡性細胞。Patho-DBiT 還能繪制microRNA調控網和RNA剪接動態(tài)圖，解碼它們在空間腫瘤發(fā)生中的作用。單細胞水平的 Patho-DBiT 剖析了驅動腫瘤克隆結構和時空細胞動態(tài)進展。Patho-DBiT 是一個寶貴的平臺，可用于揭示 FFPE 組織中豐富的 RNA 生物學特性，幫助臨床病理學進行評估。

高分文獻四 04
標題：Molecular Cancer -解密 LGALS2 的作用：洞察乳腺癌患者的三級淋巴結構相關樹突狀細胞激活和免疫治療潛力
 

文章標題：Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients
期刊：Molecular Cancer
影響因子：27.7文章摘要：癌癥研究的最新進展突顯了三級淋巴結構（TLS）在調節(jié)免疫反應中的關鍵作用，尤其是在乳腺癌（BRCA）中。在這里，利用基于生物網絡的計算策略和機器學習（ML）方法對來自 6000 多個 BRCA 樣本的大量轉錄組數據進行了綜合分析，并確定 LGALS2 是 TLSs 中的一個關鍵標記。單細胞測序和空間轉錄組學揭示了LGALS2在TLS相關樹突狀細胞（DCs）刺激中的作用，并揭示了腫瘤微環(huán)境（TME）在宏觀和微觀層面的復雜性。LGALS2 表達的升高與生存期的延長有關，而生存期的延長與以多樣化免疫細胞浸潤和活躍的抗腫瘤通路為特征的強健免疫反應有關，這導致了 “熱 ”腫瘤微環(huán)境。蘇木精-伊紅（HE）、免疫組織化學（IHC）和體內驗證分析證實了LGALS2與TLS相關DC的共定位及其在BRCA免疫激活中的作用。將 LGALS2 鑒定為 BRCA 的一個關鍵因素，不僅凸顯了它在新型 TLS 引導的免疫療法中的治療潛力，還為患者分層和治療選擇開辟了新途徑，最終改善了臨床管理。