研究人員應(yīng)用454 Sequencing System 對(duì)禽流感進(jìn)行快速測(cè)序

德國(guó)Institute of Diagnostic Virology, Friedrich-Loeffler-Institute Insel Riems 的一組研究人員最近開發(fā)了一種簡(jiǎn)便快捷的用于Genome Sequencer FLX system 測(cè)序的人禽流感樣本制備方法。

H5N1 亞型高致病性禽流感病毒（HPAIV）作為一種潛在流行威脅已經(jīng)引起了全球的關(guān)注，該病毒已經(jīng)導(dǎo)致數(shù)百萬(wàn)禽類死亡，并且大量病例報(bào)道該病毒已經(jīng)引起致命的人類感染。病毒變異引起的致病性增強(qiáng)，意味著病毒對(duì)人類健康的威脅日益增加，這就要求發(fā)展出一種快速可靠的方法對(duì)病毒突變進(jìn)行深入詳盡的測(cè)序分析。Höper 及其他研究人員(1)設(shè)計(jì)了一種簡(jiǎn)便靈敏的方法用于從HPAIV H5N1 RNA 樣品中制備測(cè)序文庫(kù)用于Genome Sequencer FLX instrument 測(cè)序。該方法將高通量454 測(cè)序技術(shù)完美的整合進(jìn)分析過(guò)程，并且只需用到標(biāo)準(zhǔn)PCR 技術(shù)、制備Genome SequencerFLX 樣本及測(cè)序相關(guān)儀器，而無(wú)需其它儀器或分子生物學(xué)技術(shù)。

根據(jù)作者描述，該方法是第一種公開發(fā)布的使用Genome Sequencer FLX 對(duì)人源樣本的HPAIV H5N1 全基因組進(jìn)行測(cè)序的方法。使用GS FLX System 對(duì)鳥槍文庫(kù)進(jìn)行大量的平行測(cè)序能夠在一次檢測(cè)過(guò)程中生成多達(dá)500Mb 的原始序列數(shù)據(jù)。測(cè)序數(shù)據(jù)極大的覆蓋深度使得多個(gè)獨(dú)立讀數(shù)能夠代表每一個(gè)核苷酸。

Dirk Höper 談到 “該方法不僅毫不遜色于常規(guī)測(cè)序技術(shù)，而且勝過(guò)了先前對(duì)禽流感病毒紅血球凝集素基因診斷相關(guān)位點(diǎn)的Single-read 測(cè)序結(jié)果”�！拔覀兊姆椒�能夠?qū)�從常�?guī)樣品中獲取的HPAIV H5N1 全基因組進(jìn)行測(cè)序，既不用對(duì)病毒在蛋或細(xì)胞培養(yǎng)基中進(jìn)行培養(yǎng)，也無(wú)需克隆擴(kuò)增cDNA。該方法能夠在3 天之內(nèi)對(duì)多達(dá)8 個(gè)病毒全基因組進(jìn)行測(cè)序，而且測(cè)序方法的深度也保證了測(cè)序結(jié)果的可靠性。該方法具有與常規(guī)診斷方法相整合的潛能�！痹摲椒�能夠簡(jiǎn)便的用于不同HPAIV 亞類的檢測(cè)，能夠?qū)Σ《净�因組全長(zhǎng)進(jìn)行測(cè)序。

“高度準(zhǔn)確及快速檢測(cè)的特性使得454 測(cè)序技術(shù)成為醫(yī)學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域中理想的診斷手段。該項(xiàng)研究證明了我們的技術(shù)在未來(lái)的病毒學(xué)診斷應(yīng)用領(lǐng)域中的巨大潛力�！�454Life Science 主席及CEO Chris McLeod 說(shuō)到。

作為羅氏應(yīng)用科學(xué)卓越成員的454 Life Sciences 公司，研究發(fā)展了用于超高通量DNA 測(cè)序的創(chuàng)新454 測(cè)序系統(tǒng)并將其推向市場(chǎng)。其應(yīng)用領(lǐng)域包括對(duì)基因組進(jìn)行重測(cè)序及再測(cè)序，宏基因組學(xué)、RNA 分析以及目標(biāo)DNA 區(qū)域測(cè)序。454 測(cè)序系統(tǒng)的特點(diǎn)在于其簡(jiǎn)便一致的樣品制備方法，以及包括paired-end 讀取在內(nèi)的高度準(zhǔn)確的長(zhǎng)測(cè)序結(jié)果。454 測(cè)序系統(tǒng)能夠滿足不同領(lǐng)域的數(shù)百種同行評(píng)審研究需要，包括癌癥及感染疾病研究、藥物發(fā)現(xiàn)、海洋生物學(xué)、人類學(xué)、古生物學(xué)以及更多領(lǐng)域的研究。更多信息，請(qǐng)查看http:///。