借助454 測(cè)序系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)油棕櫚基因組高水準(zhǔn)從頭拼接

 

在馬來西亞吉隆坡召開的新聞發(fā)布會(huì)上，一組研究人員宣布完成了對(duì)油棕櫚基因組的完整測(cè)序、拼接和功能注釋，這為人們?cè)谔岣哌@一具有重要商業(yè)意義的植物的生產(chǎn)力和可持續(xù)性的道路上樹立了重要的里程碑。該研究倡議還分析了油棕櫚生長(zhǎng)過程中各個(gè)階段的基因表達(dá)，以便通過測(cè)序12個(gè)轉(zhuǎn)錄組來闡明棕櫚油的生物合成機(jī)制。本次發(fā)布會(huì)由馬來西亞總理納吉布·敦·拉扎克主持，在會(huì)上詳細(xì)介紹了 Sime Darby公司、Synamatix公司和羅氏旗下的454生命科學(xué)公司通過緊密合作充分鑒別出這一熱帶植物的基因組特征。

 

棕櫚油提煉自油棕櫚的果實(shí)，被廣泛用于食物、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑和化妝品中，目前也日益被用作生物燃料。在成功地揭示油棕櫚的基因組后，研究人員將最終能培育出油產(chǎn)量更高的更具可持續(xù)性的樹種。Sime Darby Plantations公司的總經(jīng)理 Dato Azhar Abdul Hamid解釋道：“我們致力于在油棕櫚生產(chǎn)中保持最高的可持續(xù)標(biāo)準(zhǔn)。為找出這一重復(fù)程度非常高的復(fù)雜基因組，我們向Synamatix尋求了幫助，并采用了領(lǐng)先的新一代測(cè)序技術(shù)454 測(cè)序系統(tǒng)。我們對(duì)該研究的結(jié)果非常滿意，目前我們正在努力將基因信息轉(zhuǎn)化為切實(shí)可行的農(nóng)業(yè)解決方案�！�

 

對(duì)17億個(gè)堿基對(duì)油棕櫚基因組完成測(cè)序與拼接是農(nóng)業(yè)上的一大重要發(fā)現(xiàn)，同時(shí)它也代表了大型的復(fù)雜植物基因組測(cè)序在技術(shù)方法上的根本性的轉(zhuǎn)變。研究人員僅采用 Genome Sequencer FLX Titanium 系統(tǒng)對(duì)基因組進(jìn)行測(cè)序，然后由總部位于馬來西亞的首屈一指的生物信息學(xué)公司Synamatix 進(jìn)行基因拼接和分析。值得關(guān)注的是，這是首次在未使用傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序數(shù)據(jù)的情況下，利用第二代測(cè)序技術(shù)獨(dú)立完成一種大型且高度復(fù)雜的植物從頭基因組拼接。這種快速且經(jīng)濟(jì)的新方法為了解各種具有重要經(jīng)濟(jì)意義的植物的基因組成開啟了新天地，彌補(bǔ)了這類植物的測(cè)序成本向來很高的缺點(diǎn)。

 

454生命科學(xué)公司的首席技術(shù)官兼研發(fā)副總裁Michael Egholm說：“我們?yōu)槟艹蔀檫@一重要的植物基因組研究項(xiàng)目的一員深感自豪。454測(cè)序系統(tǒng)有能力生成數(shù)百萬個(gè)長(zhǎng)片斷讀長(zhǎng)，是識(shí)別高度復(fù)雜植物基因組的理想工具。我們期望能與我們的生物信息學(xué)合作伙伴Synamatix 公司進(jìn)一步合作，對(duì)其它具有重要商業(yè)意義的植物進(jìn)行基因組測(cè)序和拼接�！�

 

【關(guān)于羅氏】
羅氏始創(chuàng)于1896年，總部位于瑞士巴塞爾，在制藥和診斷領(lǐng)域是世界領(lǐng)先的以研發(fā)為基礎(chǔ)的健康事業(yè)公司之一。作為世界上最大的生物科技公司，羅氏提供從早期發(fā)現(xiàn)、預(yù)防、診斷到治療的創(chuàng)新產(chǎn)品與服務(wù)，在諸多領(lǐng)域都做出了突出的貢獻(xiàn)，從而提高了人類的健康水準(zhǔn)和生活質(zhì)量。羅氏是體外診斷領(lǐng)域、抗腫瘤藥品和移植藥品的全球領(lǐng)先者，是病毒學(xué)領(lǐng)域的市場(chǎng)領(lǐng)導(dǎo)者。在其它關(guān)鍵疾病領(lǐng)域如自身免疫性疾病、炎癥、代謝和中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病等同樣表現(xiàn)活躍。2008年，藥品部的銷售額達(dá)360億瑞士法郎，診斷部的銷售額達(dá)97億瑞士法郎。2008年，羅氏在研發(fā)方面的投入超過了90億瑞士法郎，并與多個(gè)合作伙伴建立了研究與開發(fā)的業(yè)務(wù)聯(lián)盟，包括羅氏控股的基因泰克和中外制藥。羅氏集團(tuán)共擁有約8萬名員工。如需了解更詳細(xì)的信息，請(qǐng)?jiān)L問。

羅氏診斷產(chǎn)品（上海）有限公司

羅氏應(yīng)用科學(xué)部