935K滿滿芯意
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項目周期:DNA質(zhì)控合格后標(biāo)準(zhǔn)生信分析結(jié)果發(fā)送,10個工作日;
交付結(jié)果:標(biāo)準(zhǔn)生信分析報告和原始數(shù)據(jù);
DNA要求:常規(guī)DNA總量≥1ug,濃度≥50ng/μl,OD260/280 在1.8左右;不得有其它個體或其它物種的DNA或RNA污染;溶解在H20或TE (pH 8.0),特殊樣本視具體情況實驗。
活動時間:2024年2月18日至5月31日
活動說明:1.活動時間為合同簽訂時間;2.單次送樣數(shù)目為8的倍數(shù);3.活動最終解釋權(quán)歸伯豪生物所有。
▪全面的基因組覆蓋范圍:檢測> 935,000個CpG位點,全面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區(qū)及增強(qiáng)子。
▪探針位點的全面優(yōu)化:在EPICv1.0-850K的基礎(chǔ)上去除了性能不佳的探針,新增186,000個CpG靶向增強(qiáng)子和超級增強(qiáng)子、更多CTCF結(jié)合位點、CNV檢測區(qū)域、EPIC v1.0覆蓋不足的CpG島以及常見癌癥驅(qū)動突變。
▪兼容多種樣本類型:包括FFPE、新鮮/冷凍組織、全血、口腔細(xì)胞、cfDNA、唾液和其他樣本類型。
▪高質(zhì)量的數(shù)據(jù):沿用了450K芯片的Infinium技術(shù),同時采用Infinium I及II探針設(shè)計,使檢測范圍最大化。
▪分辨率高:單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的準(zhǔn)確位點。
▪可重復(fù)性高:自身技術(shù)重復(fù)間的相關(guān)性以及與850K相同探針間的相關(guān)性R2>0.99。
▪注釋信息:人參考基因組版本更新到hg38,GenCode數(shù)據(jù)庫更新到v41版本。
935K與850K芯片數(shù)據(jù)相關(guān)性
935K甲基化芯片檢測能夠檢測到0.2的beta值差異,假陽性率低于1%,從而實現(xiàn)了較高的分析靈敏度,同時也具有極好的數(shù)據(jù)可重現(xiàn)性。如下圖(A)935K芯片技術(shù)重復(fù)相關(guān)性R2>0.99;(B)935K芯片和850K的交集探針間的相關(guān)性R2>0.99;(C)935K芯片數(shù)據(jù)與甲基化測序(100×測序深度)的相關(guān)性R2>96%。
935K芯片實測數(shù)據(jù)展示
嚴(yán)格按照Illumina Infinium® MethylationEPICv2 BeadChip(簡稱935K)操作手冊完成DNA抽提、轉(zhuǎn)化、擴(kuò)增、雜交洗脫等,質(zhì)控結(jié)果說明雜交實驗過程穩(wěn)定、轉(zhuǎn)化率高、熒光信號和結(jié)合狀況良好,綜合說明實驗操作穩(wěn)定,可以進(jìn)一步做甲基化的數(shù)據(jù)分析。
關(guān)于伯豪生物
伯豪生物已累計為客戶完成千余例表觀遺傳科研服務(wù)項目,涉及組織、細(xì)胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各種實驗樣本數(shù)萬例,涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個領(lǐng)域,伯豪生物客戶使用甲基化芯片、甲基化捕獲測序(MC-seq)、全基因組甲基化測序(WGBS)、m6A-seq和焦磷酸測序等甲基化研究技術(shù)分別在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊發(fā)表論文。