敏芯科技為您提供如下分析服務(wù)
一、項(xiàng)目目標(biāo)
MeDIP-seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing)采用甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù),通過5'-甲基胞嘧啶抗體特異性富集基因組上發(fā)生甲基化的DNA片段,然后進(jìn)行高通量測序。分析內(nèi)容:尋找基因組上的甲基化區(qū)域,從而比較不同細(xì)胞、組織、或疾病樣本間的DNA甲基化差異。
二、項(xiàng)目方案
2.1.測序數(shù)據(jù)預(yù)處理
我們對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制和預(yù)處理。去除接頭污染,并去除可信度低的序列。對符合質(zhì)量要求的數(shù)據(jù)進(jìn)行歸并與整理。
2.2. 序列比對與序列富集區(qū)域(peak)的預(yù)測
我們利用比對軟件將序列與參考基因組序列進(jìn)行比對。利用序列富集區(qū)域(peak)的預(yù)測算法預(yù)測peak位置。
2.3.序列富集區(qū)域(peak)與基因注釋
我們從public數(shù)據(jù)庫獲得最新的基因坐標(biāo)數(shù)據(jù),與我們預(yù)測的peak位置進(jìn)行比較。將peak區(qū)分為不同的類別,統(tǒng)計(jì)結(jié)果示例:
2.4. DMR(Differentially methylated region)差異甲基化區(qū)域篩選
對于分組的MeDIP-seq數(shù)據(jù),我們通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,如Fisher's exact test,篩選在不同組間存在顯著差異的peak。同時(shí)我們還將提供peak相關(guān)的基因注釋內(nèi)容。
2.5. 其他可選分析
甲基化結(jié)果可以與表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)整合分析。另外,甲基化也可以做轉(zhuǎn)錄可變剪切等方面的深入挖掘。
* 所有版權(quán)及解釋權(quán)歸上海敏芯信息科技有限公司所有;根據(jù)客戶的要求可以繼續(xù)進(jìn)行其他的深入分析,如有問題請聯(lián)系021-31523052
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上海敏芯信息科技有限公司
上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月,是國內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴(kuò)展,公司已經(jīng)發(fā)展成為國內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè),提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)檢測、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗(yàn)證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動計(jì)劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點(diǎn)企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認(rèn)證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項(xiàng)國家及省部級獎(jiǎng)勵(lì)。
具體業(yè)務(wù)包括:
-基因芯片:表達(dá)譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
- 高通量測序:miRNA測序、mRNA測序、基因組重測序、甲基化測序、ChIP-Seq等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
-蛋白質(zhì)組學(xué):蛋白質(zhì)芯片(SELDI)、細(xì)胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等
- 代謝組學(xué):液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)、氣質(zhì)聯(lián)用(GC-MS)及核磁共振(NMR)的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
- 文獻(xiàn)挖掘:提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)
- 生物信息培訓(xùn):定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班,并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班
u 專利代理:提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤色及專利申請服務(wù)
- 實(shí)驗(yàn)服務(wù):引物設(shè)計(jì)、RT-PCR、3730測序、Western Blot、2D-MS等
目前,公司國內(nèi)外客戶已超過500家,合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計(jì)超過100分),并參與多項(xiàng)國家科研項(xiàng)目的申請與實(shí)施。