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Illumina全基因組表達(dá)譜芯片
Illumina針對(duì)人、小鼠的完整RNA樣本開發(fā)了全基因組表達(dá)譜芯片產(chǎn)品(采用直接雜交的方法), Illumina全基因組表達(dá)譜微珠芯片使得在更高通量水平上的生物學(xué)研究成為可能,可以廣泛地應(yīng)用于高置信度靶位點(diǎn)發(fā)掘,疾病分子分型和分子通路分析等研究領(lǐng)域上。
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Illumina針對(duì)人、小鼠的完整RNA樣本開發(fā)了全基因組表達(dá)譜芯片產(chǎn)品(采用直接雜交的方法), Illumina全基因組表達(dá)譜微珠芯片使得在更高通量水平上的生物學(xué)研究成為可能,可以廣泛地應(yīng)用于高置信度靶位點(diǎn)發(fā)掘,疾病分子分型和分子通路分析等研究領(lǐng)域上。研究人員現(xiàn)在可以在一張芯片上獲取多個(gè)樣本的全基因組表達(dá)譜。
 
芯片名稱:Human HT-12 v4 Expression BeadChip
芯片信息:每張芯片可平行檢測12個(gè)樣本,含有共約48,000個(gè)基因轉(zhuǎn)錄本,信息來源除36,000個(gè)NCBI RefSeq外,還包含了從UniGene的12,000個(gè)轉(zhuǎn)錄本信息。
 
芯片名稱:Mouse WG-6 v2 Expression BeadChip
芯片信息:每張芯片可平行檢測 6 個(gè)樣本,包含有約 45,281 個(gè)來自 MEMBO-RefSeq及其補(bǔ)充序列,RIKEN補(bǔ)充序列的轉(zhuǎn)錄本信息。
 
技術(shù)路線
生物信息學(xué)分析
樣品要求
1) 樣品類型:細(xì)胞、新鮮組織或總RNA樣品。
2) 樣品量:細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片?俁NA樣品請(qǐng)?zhí)峁┛偭?μg以上。
3) 樣品質(zhì)量:RNA無明顯降解,OD260/280值在1.9和2.1之間,濃度≥ 100ng/μl;DNA應(yīng)該去除干凈。
4) 細(xì)胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5) 樣品運(yùn)輸:細(xì)胞或者組織樣品;或者總RNA樣本置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運(yùn)輸。
 
參考文獻(xiàn)
[1] Julie B. Sneddon, MalgorzataBorowiak& Douglas A. Melton.Self-renewal of embryonic-stem-cell-derived progenitors by organ-matched mesenchyme.Nature. 2012 Nov 29;491(7426):765-8. doi: 10.1038/nature11463. Epub 2012 Oct 7.
[2] Gillich A, Bao S, Grabole N, Hayashi K, Trotter MW, Pasque V, Magnúsdóttir E, Surani MA. Epiblast stem cell-based system reveals reprogramming synergy of germline factors.Cell Stem Cell. 2012 April 6; 10(4): 425–439.doi:  10.1016/j.stem.2012.01.020.
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