功能分類(lèi)PCR芯片技術(shù)服務(wù)

功能分類(lèi)PCR芯片技術(shù)服務(wù)

    功能分類(lèi)基因芯片是生物學(xué)通路研究的重要工具。這種芯片將微列陣技術(shù)與特定生物學(xué)通路（specific biological pathways）的最新知識(shí)有機(jī)結(jié)合, 可以大大縮短發(fā)現(xiàn)診治各種疾病的生物學(xué)標(biāo)志物(biomarkers)的時(shí)間。芯片上的基因包括了那些與研究對(duì)象有確定關(guān)系的基因，或至少是與研究對(duì)象的關(guān)系有待考證的基因。如果研究對(duì)象是某一生物學(xué)通路的基因，則使用針對(duì)該類(lèi)基因的功能分類(lèi)基因芯片比使用高密度表達(dá)譜芯片更加有效便利。
   美國(guó)SABiosciences公司（原SuperArray公司）設(shè)計(jì)了超過(guò)100種功能分類(lèi)芯片，涵蓋生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域，在國(guó)際上處于領(lǐng)先地位。 其開(kāi)發(fā)的第二代功能分類(lèi)基因芯片（Real-time PCR芯片），可在一次實(shí)驗(yàn)中準(zhǔn)確檢測(cè)上百個(gè)基因的mRNA水平，并且將檢測(cè)精度提高到與實(shí)時(shí)定量PCR相當(dāng)?shù)乃�平。功能分�?lèi)PCR芯片：靈敏度高，樣品的使用量低，每張芯片使用的總RNA最少可為0.5ng；可觀(guān)察到的動(dòng)態(tài)線(xiàn)性范圍超過(guò)105，可以同時(shí)檢測(cè)表達(dá)量差異較大的基因；重復(fù)性高，Ct值的平均差異只有0.25個(gè)循環(huán)；分辨率高，可檢測(cè)超過(guò)兩倍的基因表達(dá)量變化；特異性好，PCR擴(kuò)增產(chǎn)物條帶單一。SABiosciences公司設(shè)計(jì)了超過(guò)100種功能分類(lèi)PCR芯片，涵蓋生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域，詳情請(qǐng)見(jiàn)后頁(yè)列表。
    SABioscienses還提供芯片定制服務(wù)（Custom PCR Arrays）。定制PCR芯片是根據(jù)不同研究需要量身定做的PCR芯片。定制PCR芯片被廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)譜結(jié)果驗(yàn)證及特定信號(hào)通路的研究等。同時(shí)，它還特別適合于大樣本的生物學(xué)標(biāo)記物研究，無(wú)論這些生物學(xué)標(biāo)志物是來(lái)自于研究者的前期研究成果、各種文獻(xiàn)報(bào)道、還是表達(dá)譜芯片篩選的結(jié)果，SA Biosciences都能夠靈活設(shè)計(jì)出符合需要的定制PCR芯片，獲得高精確性、高靈敏度，高重復(fù)性的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，縮短生物學(xué)標(biāo)志物篩選的進(jìn)程。
 

SABioscienses功能分類(lèi)PCR芯片優(yōu)點(diǎn)
※ 靈敏度高：樣品的使用量低，每張芯片使用的總RNA最少可為0.5ng；
※ 動(dòng)態(tài)線(xiàn)性范圍超過(guò)105：可以同時(shí)檢測(cè)表達(dá)量差異較大的基因；
※ 重復(fù)性高：Ct值的平均差異只有0.25個(gè)循環(huán)；
※ 分辨率高：可檢測(cè)超過(guò)兩倍的基因表達(dá)量變化；
※ 特異性好：PCR擴(kuò)增產(chǎn)物條帶單一。
※ 數(shù)據(jù)全面、可靠：芯片包含的基因來(lái)自公共權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)、權(quán)威綜述和相關(guān)文獻(xiàn)挖掘
※ 覆蓋度高：SABiosciences公司設(shè)計(jì)了超過(guò)200種功能分類(lèi)PCR芯片，涵蓋生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域（詳見(jiàn)列表）。
※ 對(duì)照全面：5個(gè)管家基因，1個(gè)基因組DNA對(duì)照（GDC），3個(gè)反轉(zhuǎn)錄對(duì)照（RTC）和3個(gè)PCR對(duì)照（PPC）

康成生物功能分類(lèi)PCR芯片主要實(shí)驗(yàn)流程
1.樣品RNA抽提
   a. 實(shí)驗(yàn)對(duì)象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
   b. 實(shí)驗(yàn)對(duì)象為細(xì)胞樣品，每份樣品取1×106～1×107細(xì)胞，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細(xì)胞，每10cm2培養(yǎng)皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。
2.DNase I 消化RNA樣品
   DNase I在 370溫育處理RNA樣品，去除RNA抽提過(guò)程中可能混入的的基因組DNA。
3.RNA純化
   RNeasy® MinElute™ 純化試劑盒（Qiagen）對(duì)DNase I處理的RNA樣品純化回收，已得到單純的RNA樣本。
4.RNA質(zhì)量檢測(cè)
   a)  使用Nanodrop測(cè)定RNA 在分光光度計(jì)260nm、280nm和230nm的吸收值，以計(jì)算濃度并評(píng)估純度。
   b) 用甲醛電泳試劑進(jìn)行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測(cè)RNA純度及完整性。
   c)  提供RNA QC報(bào)告。
5.cDNA合成
   按照逆轉(zhuǎn)錄酶（Invitrogen或Promega）使用說(shuō)明將樣品RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA (根據(jù)樣品RNA質(zhì)量選用oligo dT或隨機(jī)引物)。
6.實(shí)時(shí)定量PCR
    按照芯片說(shuō)明將cDNA模板適當(dāng)稀釋后加入到實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)混合液中，然后再含有基因特異性引物的96孔板各孔中加入等量反應(yīng)液，進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)。
7.數(shù)據(jù)分析
    利用配套軟件計(jì)算PCR芯片中的各個(gè)基因的Ct值，采用公認(rèn)的DDCt方法比較基因的表達(dá)變化。
    a. 計(jì)算每個(gè)處理組中的每個(gè)通路相關(guān)基因的ΔCt 。
    ΔCt(Ctrl) = average Ct – average of HK genes’ Ct for Ctrl array
    ΔCt (Exp) = average Ct – average of HK genes’ Ct for Exp array
    b. 計(jì)算2個(gè)PCR Array中每個(gè)基因的ΔΔCt。
    ΔΔCt = ΔCt (Exp) - ΔCt (Ctrl)
    c. 通過(guò)2-ΔΔCt計(jì)算Exp（實(shí)驗(yàn)組）與Ctrl（對(duì)照組）間基因的表達(dá)差異。
8.提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告
    Gene table（96孔板個(gè)基因列表）
    Excel芯片結(jié)果匯總表（包括芯片原始結(jié)果、數(shù)據(jù)分析和各種圖表）

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