ChIP-seq-生物信息學(xué)服務(wù)

ChIP-seq

Chip-seq是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，將ChIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	2945
最后更新：	2015-8-19	半年訪問：	60
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服務(wù)商：晶能生物技術(shù)（上海）有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

簡(jiǎn)介：染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。

ChIP-Seq的原理: 首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息�；诖耍覀兺瞥鯟hIP-Seq的完整解決方案，協(xié)助您一起探索生物奧秘。

技術(shù)路線

生物信息學(xué)分析

樣品要求

1）DNA純度：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間;

2）DNA總量：每個(gè)樣品總量不少于15ng；

3）DNA的保存溶劑：H2O 或TE (pH 8.0)中；

4）樣品運(yùn)輸：冰袋運(yùn)輸，且在運(yùn)輸過程中請(qǐng)用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。

5）建議在條件允許情況下，提供可供兩次樣品制備的量，以確保實(shí)驗(yàn)質(zhì)量及延續(xù)性。

應(yīng)用案例

Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.

背景：

1. 控制大多數(shù)哺乳動(dòng)物發(fā)育的轉(zhuǎn)錄因子可以控制細(xì)胞類型特異性模式的基因表達(dá)，通過高通量測(cè)序技術(shù)，在哺乳動(dòng)物中鑒定出400,000至1.4 million個(gè)增強(qiáng)子，如：有特定的組蛋白修飾的增強(qiáng)子。

2. 建立和維持胚胎干細(xì)胞（ESCs）動(dòng)態(tài)的基因表達(dá)依賴于少數(shù)幾個(gè)主要轉(zhuǎn)錄因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，與中間物復(fù)合體一起可以結(jié)合增強(qiáng)子，易于捕獲RNA聚合酶II來作用靶基因的啟動(dòng)子區(qū)域。關(guān)于降低中間物水平可以模擬影響ESCs的Oct4水平的機(jī)制目前還不清楚。利用CHIP-seq技術(shù),發(fā)現(xiàn)超級(jí)增強(qiáng)子具有影響大多數(shù)哺乳動(dòng)物細(xì)胞類型中有識(shí)別作用基因表達(dá)的功能。

研究方法：

1. 小鼠基因組DNA提取。

2. 極小量的Oct4 啟動(dòng)子擴(kuò)增，熒光素酶表達(dá)構(gòu)建。

3. 利用illumina平臺(tái)，進(jìn)行ChIP-Seq測(cè)序。

4. 數(shù)據(jù)分析。

結(jié)果分析：

1. 發(fā)現(xiàn)ESCs大量基因組結(jié)構(gòu)域被主要的轉(zhuǎn)錄因子和中間物占據(jù)。如下圖：展示了8794個(gè)ESC增強(qiáng)子集合中，H3K27ac，H3K4me1，DNaseI hypersensitivity，OSN正常的ChIP-seq密度和信號(hào)分布圖。

2. 超級(jí)增強(qiáng)子通常與主要細(xì)胞識(shí)別基因有關(guān)。圖中顯示出轉(zhuǎn)錄因子ESCs的OSN; pro-B cells 的PU.1; 肌小管的MyoD; T-bet in Th（T helper）細(xì)胞; 巨噬細(xì)胞的C/EB Pa 分別在Esrrb, Inpp5d, Myod1, Tcf7, and Thbs-1的位置關(guān)系，以及統(tǒng)計(jì)3種細(xì)胞類型（ES,Pro-B (murine progenitor B)的典型增強(qiáng)子相關(guān)基因與超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)基因的韋恩圖。

參考文獻(xiàn)

[1] Mitchell JA, Clay I, Umlauf D, et al. Nuclear RNA sequencing of the mouse erythroid cell transcriptome. PLoS One, 2012, 7:e49274.

[2] Zong W, Zhong X, You J, Xiong L, et al.Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress. Plant MolBiol, 2012, [Epub ahead of print]

[3] WarrenA.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.

晶能生物技術(shù)（上海）有限公司（簡(jiǎn)稱“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以來，高速發(fā)展，成為中國生物技術(shù)服務(wù)行業(yè)領(lǐng)先地位的公司。

晶能生物專注健康醫(yī)療產(chǎn)品和生命科學(xué)領(lǐng)域科技服務(wù)，抓住了中國健康醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的巨大機(jī)遇和生命科學(xué)市場(chǎng)的快速成長(zhǎng)勢(shì)頭，形成了以產(chǎn)品研發(fā)和科技服務(wù)為核心，涉足生命科學(xué)，臨床疾病、人類健康等領(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)化服務(wù)體系，在產(chǎn)品研發(fā)、人才建設(shè)、市場(chǎng)營銷、銷售渠道、專業(yè)服務(wù)等方面形成極具競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的中國知名的高新技術(shù)企業(yè)。

晶能生物注重產(chǎn)品開發(fā)，成立創(chuàng)新健康醫(yī)療研究中心，資深的專家團(tuán)隊(duì)、國際先進(jìn)的儀器設(shè)備，完善的管理和研發(fā)體系，讓中心成為一個(gè)充滿激情、力量雄厚、極具發(fā)展?jié)摿Φ难邪l(fā)機(jī)構(gòu)。

晶能生物通過ISO9001:2008質(zhì)量體系認(rèn)證, 并率先成為illumine CsPro和BioNano官方認(rèn)證服務(wù)商。主要技術(shù)平臺(tái)有BioNano單分子光學(xué)圖譜平臺(tái)、Illumina-Hiseq3000高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq2500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq1500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Miseq高通量測(cè)序平臺(tái)，Illumina-iScan基因芯片平臺(tái)、Illumina-ECO Real Time PCR平臺(tái)、Sequenome-質(zhì)譜分析平臺(tái)、曙光高性能服務(wù)器平臺(tái)以及各種配套設(shè)備，完成項(xiàng)目達(dá)到近2000個(gè)，完成專利達(dá)到近10項(xiàng)，合作客戶發(fā)表文章影響因子超過400。晶能生物已取得國內(nèi)二代測(cè)序，基因芯片等市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，成為這個(gè)行業(yè)的領(lǐng)先者。

晶能生物奉行客戶第一、共享快樂、共同成長(zhǎng)、持續(xù)發(fā)展的原則，始終懷著感恩的心態(tài)，努力做一個(gè)讓社會(huì)、客戶、員工和股東滿意的企業(yè)，并成為提供健康醫(yī)療產(chǎn)品和科技服務(wù)的領(lǐng)導(dǎo)性公司。

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