Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可檢測人全基因組近450,000個甲基化位點,具有單堿基的分辨率。
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Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可檢測人全基因組近450,000個甲基化位點,具有單堿基的分辨率。全面覆蓋了96%的CpG島,并根據(jù)需求加入了CpG島以外的CpG位點、人類干細胞非CpG甲基化位點、正常組織與腫瘤(多種癌癥)組織差異甲基化位點、編碼區(qū)以外的CpG島、miRNA啟動子區(qū)域和GWAS疾病相關(guān)區(qū)域的位點,同時覆蓋了Human Methylation27 BeadChip的90%的位點。每張芯片可平行進行12個樣本的檢測。Illumina Human 甲基化450K芯片集合了覆蓋全面、高通量、高分辨率和高性價比等優(yōu)點,廣泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他疾病研究。
技術(shù)優(yōu)勢
★覆蓋全面:可以檢測≧485,000個甲基化位點,覆蓋了99%的RefSeq Genes,96%的CpG islands。設(shè)計的位點包括CpG島或CpG shores位點,CpG島外的CpG位點,在人類干細胞中觀察到的非CpG島甲基化位點,腫瘤與正常組織相異的甲基化位點,包括多腫瘤及不同的組織類型,非編碼區(qū)CpG島位點,miRNA啟動子區(qū)域以及由GWAS發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)區(qū)域位點,這些位點覆蓋了絕大多數(shù)研究者的需求。
★分辨率高:單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的準確位點
★操作簡單:無需進行煩瑣的“甲基化DNA免疫共沉淀”,亞硫酸氫鹽處理基因組DNA即可進行芯片檢測
★可重復性高:技術(shù)重復相關(guān)系數(shù)R2 ≈0.99
★可靠性高:與“全基因組亞硫酸氫鹽-測序”相關(guān)系數(shù)R2>0.9597
★價格相對全基因組Bisulfite甲基化測序便宜
技術(shù)路線
生物信息分析
Illumina Human 甲基化450K芯片分析生物信息分析流程
研究內(nèi)容
l 標準信息分析
1. 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、質(zhì)量控制及過濾
2. 計算可檢測位點的甲基化水平
3. Copy Number分析
4. 甲基化區(qū)域識別(兩組以上樣本)
5. 差異甲基化基因鑒定(兩組以上樣本)
6. 差異甲基化基因GO富集分析
7. 差異甲基化基因KEGG pathway分析
l 高級信息分析
1. 450K芯片數(shù)據(jù)與小RNA聯(lián)合分析
2. 450K芯片數(shù)據(jù)與mRNA表達數(shù)據(jù)聯(lián)合分析