環(huán)狀RNA芯片技術(shù)服務(wù)

    環(huán)狀RNA（circRNA）是一類由特殊剪接機制形成的、具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)、大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中的非編碼RNA；也是目前生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究熱點分子。circRNA分子的組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征，使得circRNA作為臨床疾病的biomarker具有明顯的優(yōu)勢。近來研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用，稱之為競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA），即能競爭性結(jié)合miRNA。而與疾病關(guān)聯(lián)性miRNA的相互作用說明環(huán)狀RNA對疾病的調(diào)控起著非常重要的作用。此外，一些內(nèi)含子類型的環(huán)狀RNA（ciRNA）會促進宿主基因的轉(zhuǎn)錄。
    為了能夠更好地研究circRNA，美國Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基礎(chǔ)上迅即升級版本為V2.0。其circRNA來源融合了環(huán)狀RNA研究的最新頂尖文獻，所有cicrRNA都經(jīng)過了嚴謹?shù)膶嶒烌炞C，以便于對不同生理及病理條件下的circRNA進行系統(tǒng)的研究。同時我們對所有差異表達的circRNA用高匹配值的miRNA靶標位點進行了標注，這將有利于對circRNA作為天然miRNA海綿功能的進行研究。
 

Arraystar環(huán)狀RNA芯片產(chǎn)品列表

Arraystar環(huán)狀RNA芯片特點

   
*圖釋：circRNA芯片實驗大體流程（上圖）及詳細的circRNA注釋（下圖）：1）與circRNA對應(yīng)的線性mRNA信息；2）circRNA上匹配度比較好的保守miRNA的結(jié)合位點。

               
*圖釋：定量可靠的轉(zhuǎn)錄本比例與測序深度關(guān)系圖。RNA測序一般產(chǎn)生低于30M mRNA reads（藍圈），低于0.5M circular junction reads（紅圈），真正得到有效檢測的circular junctions低于5%。（Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics [PMID 21685096].）

康成生物環(huán)狀RNA芯片技術(shù)服務(wù)主要實驗流程
    1. 樣品RNA抽提
   • 實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），勻漿后抽提RNA。
   • 實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×106～1×107細胞，完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑TRIzol，裂解后抽提RNA。
    2.  RNA質(zhì)量檢測
  • 使用Nanodrop測定RNA 在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
  • 用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。
  • 提供RNA QC報告。
    3. RNase R處理
    4. cDNA/aRNA樣品合成和標記
    5. 標記效率質(zhì)量檢測
  • 使用Nanodrop檢測熒光標記效率，標記效率合格以保證后續(xù)芯片實驗結(jié)果的可靠性。
    6. 芯片雜交
  • 在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進行雜交。
    7. 圖像采集和數(shù)據(jù)分析
  • 使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度，并將實驗結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進行分析運算。
    8. 提供實驗報告：
  • Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像；
  • Scatter Plot: 散點圖，X軸為Control信號值，Y軸為Experiment信號值，表示信號數(shù)據(jù)總體分布趨勢；
  • Raw Data: 探針的掃描熒光信號強度原始數(shù)據(jù)；
  • Normalized Data: 經(jīng)過統(tǒng)計學(xué)方法標準化后數(shù)值；
  • P–value: T-test統(tǒng)計分析顯著差異表達的基因，p-value越小，該circRNA在兩組樣本間差異表達越顯著；
  • Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 顯著差異表達的circRNA列表包含F(xiàn)old Change, p-value以及circRNA的詳細注釋信息（相應(yīng)的線性mRNA和miRNA結(jié)合位點）。

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