LncPath™芯片技術(shù)服務(wù)

 LncPathTM 芯片技術(shù)服務(wù)

   長鏈非編碼RNA (LncRNA) 是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200nt的RNA，它們本身并不編碼蛋白，而是以RNA的形式在多種層面上（表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等）調(diào)控基因的表達(dá)水平。近年來的研究表明：LncRNA廣泛參與各種信號通路，LncRNA的異常表達(dá)與包括癌癥在內(nèi)的多種疾病密切相關(guān)。迄今為止，研究得比較透徹的LncRNA還很少，超過99%的LncRNA的功能和調(diào)控機(jī)制尚不清楚。為了促進(jìn)LncRNA的研究，Arraystar公司開發(fā)了LncPathTM 疾病/信號通路特異性LncRNA芯片。LncPathTM 芯片可以同時(shí)檢測與特定疾病或信號通路相關(guān)的LncRNA以及相應(yīng)的靶基因，幫助客戶快速的將LncRNA的調(diào)控機(jī)制與其在特定的信號通路或疾病中的生物學(xué)功能聯(lián)系起來。
 

 
LncPathTM 疾病/信號通路特異性LncRNA芯片產(chǎn)品列表

LncPathTM疾病/信號通路特異性LncRNA芯片特色 
•  對疾病/信號通路特異性LncRNA可靠的收集
•  快速的建立LncRNA調(diào)控機(jī)制與其生物學(xué)功能之間的聯(lián)系
•  圖形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
•  創(chuàng)新性的探針設(shè)計(jì)
•  高效、穩(wěn)定的標(biāo)記系統(tǒng)
•  可靠的芯片性能
•  聚焦于與疾病或信號通路相關(guān)的少量LncRNA和mRNA，使得數(shù)據(jù)分析流程更加快速，精準(zhǔn)。

對疾病/信號通路特異性LncRNA可靠的收集
    LncPathTM芯片通過整合權(quán)威數(shù)據(jù)庫，經(jīng)典文獻(xiàn)和Arraystar LncRNA數(shù)據(jù)庫等資源，對疾病/信號通路特異性的LncRNA進(jìn)行了全面，可靠的收集，涵蓋的LncRNA主要有：1）疾病/信號通路特異性蛋白編碼基因的鄰近LncRNAs； 2） 疾病/信號通路特異性蛋白編碼基因的長鏈非編碼ceRNAs； 3） 已知的與特定疾病或信號通路相關(guān)的LncRNAs。

圖1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。

快速的建立LncRNA調(diào)控機(jī)制與其生物學(xué)功能之間的聯(lián)系
    LncPathTM芯片可以同時(shí)檢測與特定疾病或信號通路相關(guān)的LncRNA以及相應(yīng)的靶基因，并且對LncRNA和靶基因的關(guān)系進(jìn)行了詳細(xì)的注釋，能夠幫助客戶快速的將LncRNA的調(diào)控機(jī)制與其在特定的信號通路或疾病中的生物學(xué)功能聯(lián)系起來。

圖2. 通過LncPathTM芯片建立LncRNA的調(diào)控機(jī)制與其生物學(xué)功能之間的聯(lián)系。

圖形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
    LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的圖形化展示，通過圖形化展示客戶可以迅速了解LncRNA及其靶基因的關(guān)系（圖3），方便后續(xù)的機(jī)制和功能研究，這些圖形化展示結(jié)果都可以通過Arraystar網(wǎng)站免費(fèi)獲得。

圖3. 可能調(diào)控WNT信號通路中的關(guān)鍵基因CCND2的LncRNAs詳細(xì)信息。

創(chuàng)新性的探針設(shè)計(jì)
    LncPathTM芯片采用了創(chuàng)新性的探針設(shè)計(jì)：針對每個(gè)LncRNA設(shè)計(jì)轉(zhuǎn)錄本特異的LncRNA探針，保證對LncRNA的準(zhǔn)確檢測。針對每個(gè)蛋白編碼基因設(shè)計(jì)兩種探針：基因探針和轉(zhuǎn)錄本特異性探針�；�因探針用于檢測基因水平的表達(dá)情況，它的信號可以用來表征鄰近LncRNA或其它LncRNA通過轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制對此蛋白編碼基因的影響。轉(zhuǎn)錄本特異性探針用于檢測此基因的經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)，它的信號可以用來表征長鏈非編碼ceRNA或其它LncRNA通過轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制對此蛋白編碼基因的影響（圖4）。

圖4. LncRNA探針：轉(zhuǎn)錄本特異性探針，可以準(zhǔn)確的檢測LncRNA；
      基因探針：用于檢測蛋白編碼基因在基因水平的表達(dá)情況。它的信號可以用來表征鄰近LncRNA或其它LncRNA通過轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制對此蛋白編碼基因的影響。
      轉(zhuǎn)錄本特異性探針：用于檢測蛋白編碼基因在轉(zhuǎn)錄本水平的表達(dá)情況。它的信號可以用來表征長鏈非編碼ceRNA或其它LncRNA通過轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制對此蛋白編碼基因的影響。

高效、穩(wěn)定的標(biāo)記系統(tǒng)
    LncPathTM芯片采用了一種高效，靈活的標(biāo)記系統(tǒng)（圖5）。這種標(biāo)記方法不但可以同時(shí)標(biāo)記帶PolyA尾巴和不帶PolyA尾巴的轉(zhuǎn)錄本，還可以極大的增加低豐度RNA和降解RNA的cRNA產(chǎn)率，靈敏度比常規(guī)標(biāo)記方法高100倍以上。

圖5. 高效，靈活的標(biāo)記系統(tǒng)。

可靠的芯片性能
高靈敏度：能準(zhǔn)確檢測跨域5個(gè)數(shù)量級的低豐度RNA （圖6）

圖6. LncPathTM芯片具有跨越超過5個(gè)數(shù)量級的檢測范圍。橫軸代表Spike-in濃度的log值，縱軸表示Spike-in芯片信號（log2轉(zhuǎn)化后）。

高重復(fù)性：Arraystar circRNA 芯片實(shí)驗(yàn)的技術(shù)重復(fù)組之間具有很好的相關(guān)性（R2>0.9）（圖7）

圖7. LncPathTM芯片技術(shù)重復(fù)間的散點(diǎn)圖。分別用同樣的樣品在不同兩天進(jìn)行芯片標(biāo)記和雜交反應(yīng)，并根據(jù)芯片信號做出散點(diǎn)圖，從圖中可以看出：芯片間的相關(guān)性非常高（R2>0.9），說明LncPathTM芯片平臺重復(fù)性很好，非常穩(wěn)定。

LncPathTM疾病/信號通路特異性LncRNA芯片應(yīng)用思路

 康成生物疾病/信號通路特異性LncRNA芯片技術(shù)服務(wù)流程

1. 樣品總RNA抽提

   若實(shí)驗(yàn)對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），勻漿后抽提RNA。

   若實(shí)驗(yàn)對象為細(xì)胞樣品，每份樣品取1×106~1×107細(xì)胞，完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。

2. RNA質(zhì)量檢測

   使用Nanodrop測定RNA在分光光度計(jì)260nm、280nm和230nm的吸收值，以計(jì)算濃度并評估純度。

   使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度及完整性

3. 加入Spike-in內(nèi)參

4. cDNA樣品合成和標(biāo)記

5. 標(biāo)記效率質(zhì)量檢測

   使用Nanodrop檢測熒光標(biāo)記效率，以保證后續(xù)芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。

6. 芯片雜交

   在標(biāo)準(zhǔn)條件下將標(biāo)記好的探針和高密度芯片進(jìn)行雜交。

7. 圖像采集和數(shù)據(jù)分析

   使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強(qiáng)度，并將實(shí)驗(yàn)結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析運(yùn)算。

8. 提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告

   芯片掃描圖

   實(shí)驗(yàn)方法中英文報(bào)告

   RNA質(zhì)檢報(bào)告

芯片數(shù)據(jù)結(jié)果報(bào)告，包括差異表達(dá)LncRNA列表，差異表達(dá)基因列表，差異LncRNA與相應(yīng)靶基因的詳細(xì)注釋

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