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作為一種新型的tRNA來源的非編碼小RNA，tRF& tiRNA由精確調(diào)控的生物發(fā)生過程所產(chǎn)生，參與行使多種生物學功能: 作為microRNA參與RNA干擾；調(diào)節(jié)靶向mRNA的穩(wěn)定性；
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作為一種新型的tRNA來源的非編碼小RNA，tRF& tiRNA由精確調(diào)控的生物發(fā)生過程所產(chǎn)生，參與行使多種生物學功能: 作為microRNA參與RNA干擾；調(diào)節(jié)靶向mRNA的穩(wěn)定性；在細胞應激條件下促進應激顆粒(SG)的組裝；調(diào)控細胞凋亡；作為表觀遺傳因子在世代間傳遞。tRFs& tiRNA的組成和含量高度依賴于細胞類型，并且與多種病理狀態(tài)密切相關。它們在生物體液中廣泛存在，含量遠超microRNA，使之有望成為極佳的分子標志物。
Arraystar公司最新發(fā)布的 nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185類來自權威數(shù)據(jù)庫收錄和最新文獻報道的tRF或tiRNA，方便客戶對tRF & tiRNA進行簡單快捷地表達譜分析。
nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片服務列表
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服務 |
芯片 |
規(guī)格 |
描述 |
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NEW nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array Service |
NEW nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array |
384-well (2*192) plate |
包含了185類來自權威數(shù)據(jù)庫收錄和最新文獻報道的tRF或tiRNA |
芯片特點
• 前沿—近年來tRF & tiRNA研究呈井噴式的增長
• 專注—專注于出現(xiàn)頻次高、生理病理關聯(lián)性強的tRF&tiRNA類群
• 嚴謹—每一對qPCR引物都經(jīng)過精心地優(yōu)化和嚴格地測試
• 便捷—隨取隨用，極致便捷；標準qPCR板型直接測樣，無需預擴增
康成tRF&tiRNA PCR芯片服務實驗流程
1. RNA抽提與質(zhì)量檢測
進行RNA常規(guī)抽提，使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度，使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結(jié)果見Arraystar服務報告。
2. 雙端接頭連接與cDNA合成
每樣本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 試劑盒進行接頭連接和反轉(zhuǎn),合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產(chǎn)品操作手冊。
3. Real-time PCR擴增
將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
4. 熔解曲線分析與原始數(shù)據(jù)導出
PCR擴增完成后，進行熔解曲線分析，使用PCR儀自帶軟件導出原始數(shù)據(jù)。出具Raw Data文件夾，包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。
康成tRF&tiRNA PCR芯片服務數(shù)據(jù)分析流程
1. PCR芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控
質(zhì)控參數(shù)：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。數(shù)據(jù)QC結(jié)果見Arraystar服務報告。
2. 數(shù)據(jù)校正與△Ct值計算
板間校正：使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
內(nèi)參校正與△Ct值計算：挑選最優(yōu)內(nèi)參，使用內(nèi)參均值計算△Ct值。
3. 差異倍數(shù)計算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數(shù)。
4. P值計算
對樣本組進行t檢驗，計算P值。
5. 其他常規(guī)數(shù)據(jù)分析
散點圖分析；火山圖分析；TOP20表達上調(diào)和下調(diào)tRF&tiRNA柱形圖分析
6. 提供服務報告與數(shù)據(jù)分析結(jié)果
a. Arraystar服務報告（包括RNA樣本QC、qPCR數(shù)據(jù)QC和詳細實驗數(shù)據(jù)分析步驟）
b. Excel芯片結(jié)果匯總表（包括tRF&tiRNA列表，數(shù)據(jù)分析結(jié)果和各類圖表）
c. Raw Data文件夾 (包含原始數(shù)據(jù)、擴增曲線圖和熔解曲線圖)
康成tRF&tiRNA PCR芯片服務部分數(shù)據(jù)分析結(jié)果展示
1. 差異表達tRF & tiRNA列表（默認篩選參數(shù)：差異倍數(shù)>2；P<0.05，客戶可指定篩選參數(shù)值）
2. 散點圖 (黑色斜線代表差異倍數(shù)為1，紅色斜線代表差異倍數(shù)為2)
3. 火山圖（黑色垂線代表差異倍數(shù)為1；粉色垂線代表上調(diào)或下調(diào)倍數(shù)為2；藍色水平線代表P值為0.05）
4. TOP20表達上調(diào)tRF & tiRNA柱狀圖
5. TOP20表達下調(diào)tRF & tiRNA柱狀圖
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