Functional LncRNA PCR芯片服務(wù)

    Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array，可同時(shí)檢測(cè)372個(gè)功能已知或疾病相關(guān)的金標(biāo)準(zhǔn)lncRNA。這些lncRNA精心挑選于科學(xué)文獻(xiàn)和最新數(shù)據(jù)庫(kù)。與大部分功能未知、序列殘缺的lncRNA相比，產(chǎn)品中的lncRNA特征明確、信息完善。Arraystar為這些lncRNA提供了詳細(xì)的注釋信息，包括生物學(xué)功能（干細(xì)胞分化、胚胎發(fā)育、心血管發(fā)育、造血系統(tǒng)與免疫、內(nèi)分泌系統(tǒng)……）和作用機(jī)制（基因表達(dá)調(diào)控、表觀遺傳、基因組印記、染色體修飾……）等。lncRNA表達(dá)失調(diào)還與和神經(jīng)退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌癥等病理特征緊密相關(guān)。另外，LncRNA在表達(dá)分布和組織/疾病特異性上高于mRNA，已有不少已知或未知功能的lncRNA被認(rèn)為具有分子標(biāo)志物潛能。比如，PCA3已通過(guò)FDA認(rèn)證，應(yīng)用于前列腺癌的臨床診斷。

    Arraystar功能性lncRNA PCR芯片不僅含有最佳的內(nèi)容，而且具有最優(yōu)的技術(shù)表現(xiàn)。通過(guò)靶向特定的外顯子或可變剪接位點(diǎn)，每對(duì)lncRNA引物可以檢測(cè)到特定的轉(zhuǎn)錄本，從而區(qū)分同一lncRNA基因的不同轉(zhuǎn)錄本亞型。“機(jī)智”的cDNA合成策略保證了從完整或降解的RNA樣本檢測(cè)多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。嚴(yán)格的外參、內(nèi)參設(shè)置以及可信度高的均一化策略，保證了高質(zhì)量的qPCR結(jié)果及其精確定量，可充分滿足臨床診斷應(yīng)用或分子標(biāo)志物鑒定所需。
 

nrStar™ Human Functional LncRNA PCR芯片服務(wù)列表

芯片特點(diǎn)
• 覆蓋最新最全的已知功能lncRNA：從最新數(shù)據(jù)庫(kù)和科研文獻(xiàn)中收集了372個(gè)與生物學(xué)過(guò)程和疾病明確相關(guān)的LncRNA轉(zhuǎn)錄本。PCR芯片包含目前市場(chǎng)上最新最全的已知功能LncRNA。

• 強(qiáng)效檢測(cè)：無(wú)論樣本是否降解，lncRNA是否有Poly(A)尾，都可被Arraystar“機(jī)智”的流程所檢測(cè)，得到高質(zhì)量的數(shù)據(jù)結(jié)果。

• 最可靠和最精準(zhǔn)的lncRNA定量檢測(cè)：通過(guò)使用一系列嚴(yán)格的外參和內(nèi)參，芯片中的每個(gè)LncRNA轉(zhuǎn)錄本都能被準(zhǔn)確和可靠的定量檢測(cè)。與常規(guī)使用一個(gè)內(nèi)參基因不同，Arraystar公司產(chǎn)品使用生物信息學(xué)方法從多個(gè)候選內(nèi)參基因中挑選出最適的內(nèi)參基因進(jìn)行數(shù)據(jù)均一化。

• 轉(zhuǎn)錄本特異性檢測(cè)：通過(guò)靶向特異性的外顯子或可變剪接位點(diǎn)，芯片中的PCR引物準(zhǔn)確有效的檢測(cè)每個(gè)LncRNA轉(zhuǎn)錄本。

• 穩(wěn)定有效的PCR引物： 所有LncRNA引物均經(jīng)過(guò)精心優(yōu)化，并在多種細(xì)胞和組織中通過(guò)驗(yàn)證。

• 簡(jiǎn)單便捷： 384孔板，即拆即用。只需將反轉(zhuǎn)好的cDNA與qPCR Master Mix混合，加入到384孔板，即可進(jìn)行qPCR反應(yīng)。所有流程可在4小時(shí)內(nèi)完成。

康成Functional LncRNA PCR芯片服務(wù)實(shí)驗(yàn)流程

1.RNA抽提與質(zhì)量檢測(cè)
進(jìn)行RNA常規(guī)抽提，使用NanoDrop ND-1000檢測(cè)RNA濃度和純度，使用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA純度和完整性。詳細(xì)的樣品QC結(jié)果見(jiàn)Arraystar服務(wù)報(bào)告。

2.cDNA合成
每樣本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 試劑盒進(jìn)合成cDNA第一鏈。詳細(xì)步驟參照Arraystar產(chǎn)品操作手冊(cè)。

3.Real-time PCR擴(kuò)增
將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR儀上進(jìn)行Real-time PCR擴(kuò)增。

4.熔解曲線分析與原始數(shù)據(jù)導(dǎo)出
PCR擴(kuò)增完成后，進(jìn)行熔解曲線分析，使用PCR儀自帶軟件導(dǎo)出原始數(shù)據(jù)。出具Raw Data文件夾，包含原始Ct值、PCR擴(kuò)增曲線圖和熔解曲線圖。

康成Functional LncRNA PCR芯片服務(wù)數(shù)據(jù)分析流程

1.PCR芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控
質(zhì)控參數(shù)：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進(jìn)入下一步分析。數(shù)據(jù)QC結(jié)果見(jiàn)Arraystar服務(wù)報(bào)告。

2.數(shù)據(jù)校正與△Ct值計(jì)算
板間校正：使用Ct(PPC)對(duì)不同PCR板進(jìn)行板間校正。
內(nèi)參校正與△Ct值計(jì)算：挑選最優(yōu)內(nèi)參，使用內(nèi)參均值計(jì)算△Ct值。

3.差異倍數(shù)計(jì)算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法計(jì)算不同樣品組之間的表達(dá)差異倍數(shù)。

4.P值計(jì)算
對(duì)樣本組進(jìn)行t檢驗(yàn)，計(jì)算P值。

5.其他常規(guī)數(shù)據(jù)分析
散點(diǎn)圖分析；火山圖分析；TOP20表達(dá)上調(diào)和下調(diào)LncRNA柱形圖分析

6.提供服務(wù)報(bào)告與數(shù)據(jù)分析結(jié)果
    a.Arraystar服務(wù)報(bào)告（包括RNA樣本QC、qPCR數(shù)據(jù)QC和詳細(xì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析步驟）
    b.Excel芯片結(jié)果匯總表（包括tRNA列表，數(shù)據(jù)分析結(jié)果和各類圖表）
    c.Raw Data文件夾 (包含原始數(shù)據(jù)、擴(kuò)增曲線圖和熔解曲線圖)

康成Functional LncRNA PCR芯片服務(wù)部分?jǐn)?shù)據(jù)分析結(jié)果展示

1.差異表達(dá)LncRNA列表（默認(rèn)篩選參數(shù)：差異倍數(shù)>2；P<0.05，客戶可指定篩選參數(shù)值）
 

2.散點(diǎn)圖 (黑色斜線代表差異倍數(shù)為1，紅色斜線代表差異倍數(shù)為2)
 

3.火山圖（黑色垂線代表差異倍數(shù)為1；粉色垂線代表上調(diào)或下調(diào)倍數(shù)為2；藍(lán)色水平線代表P值為0.05）
 

4.TOP20表達(dá)上調(diào)LncRNA柱狀圖
 

5.TOP20表達(dá)下調(diào)LncRNA柱狀圖