Arraystar snoRNA PCR芯片技術(shù)服務(wù)

近年來(lái)，snoRNA已成為疾病領(lǐng)域特別是癌癥領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。snoRNA在血液、痰液以及尿液中穩(wěn)定存在，是高潛能的疾病診斷分子標(biāo)志物。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問(wèn)：	1648
最后更新：	2018-11-26	半年訪問(wèn)：	46
參考報(bào)價(jià)：	請(qǐng)?jiān)儍r(jià)400-886-5058；800-820-5058
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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

近年來(lái)，snoRNA已成為疾病領(lǐng)域特別是癌癥領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。snoRNA在血液、痰液以及尿液中穩(wěn)定存在，是高潛能的疾病診斷分子標(biāo)志物。Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human snoRNA PCR Array，包含了359條從權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)SnoPY 與 snoRNA-LBME-db精心挑選的snoRNA，是目前市場(chǎng)上snoRNA覆蓋度最高的PCR芯片，是進(jìn)行snoRNA表達(dá)檢測(cè)與功能研究必不可少的工具。
核仁小RNA (snoRNA) 是一類中等長(zhǎng)度的非編碼小RNA分子，其長(zhǎng)度60-300 nt不等，是snoRNPs復(fù)合物的主要成員之一 ^[1] 。在snoRNP復(fù)合物中，snoRNA通過(guò)堿基互補(bǔ)原理識(shí)別rRNA上的特定位點(diǎn)，引導(dǎo)復(fù)合物對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行2＇-O甲基化和假尿嘧啶化修飾。在脊椎動(dòng)物中，核仁小RNA的編碼基因主要位于蛋白編碼基因的內(nèi)含子區(qū)，其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物經(jīng)轉(zhuǎn)錄后加工形成成熟的核仁小RNA^[2] 。snoRNA參與多種生物學(xué)過(guò)程，包括rRNA的加工處理，RNA剪接和翻譯，以及對(duì)氧化應(yīng)激反應(yīng)的調(diào)控^[3]。根據(jù)snoRNA結(jié)構(gòu)與功能的不同，可將snoRNA分為兩大類：負(fù)責(zé)2＇-O甲基化的box C/D snoRNA和負(fù)責(zé)假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA ^[1] 。另外，還存在一類比較特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特異表達(dá)于細(xì)胞核的Cajal小體，具有類似的C/ D box或H/ ACA box結(jié)構(gòu)^[4]。snoRNA還產(chǎn)生類似miRNA的短片段非編碼RNA，可與AGO蛋白結(jié)合并識(shí)別靶向mRNA序列，調(diào)控其翻譯過(guò)程^[5] 。
多項(xiàng)研究表明，snoRNA在腫瘤中異常表達(dá)，并在腫瘤轉(zhuǎn)移過(guò)程中扮演著重要角色。有些snoRNA可作為腫瘤促進(jìn)劑或抑制劑發(fā)揮功能^[6-7] 。例如，SNORD50A/B具有結(jié)合K-Ras并抑制其活性的功能，常在癌癥中發(fā)生缺失突變 ^[8] ；SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 與乳腺癌的不良預(yù)后有關(guān)^[9]；SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作為癌基因存在，抑制SNORA42的表達(dá)能夠產(chǎn)生明顯的抗癌作用 ^[10] 。C/D Box 類snoRNAs在癌癥中普遍高表達(dá) ^[11] 。此外，snoRNA在神經(jīng)退行性疾病的發(fā)生發(fā)展過(guò)程也發(fā)揮著關(guān)鍵作用。

nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array服務(wù)列表

服務(wù)名稱	芯片	規(guī)格	描述
nrStar™ Human snoRNA PCR Array Service	nrStar™ Human snoRNA PCR Array	384-well plate	359條snoRNA，7條snoRNA靶向snRNA和 4條snoRNPs復(fù)合物成員mRNA

芯片特點(diǎn)
• 最佳覆蓋范圍—同一塊384孔板上覆蓋了snoRNA，snoRNA靶向snRNA以及snoRNP復(fù)合物成員，是目前市場(chǎng)上覆蓋度最高的PCR芯片
• 無(wú)與倫比的靈敏度 –只需50 ng總RNA，無(wú)需擴(kuò)增
• 穩(wěn)定有效的PCR引物 – 所有引物均在不同的細(xì)胞組織樣本中通過(guò)嚴(yán)格驗(yàn)證
• 簡(jiǎn)單快速 –無(wú)需擴(kuò)增，只需將反轉(zhuǎn)好的cDNA與SYBR® Green master mix混合加入到板中，然后運(yùn)行qPCR, 4小時(shí)內(nèi)即能得到實(shí)驗(yàn)結(jié)果
• 疾病分子標(biāo)志物篩選 –高覆蓋度、靈敏度、準(zhǔn)確率以及高通量使其成為疾病分子標(biāo)志物篩選與驗(yàn)證的首選

PCR芯片所包含的snoRNA列表
SnoPY ：http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
snoRNA-LBME-db：https://www-snorna.biotoul.fr//

C/D BOX（213）

SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119;
SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127;SNORD1A;
SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103;SNORD103B;
SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13;SNORD14A;SNORD14B;
SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A;SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;
SNORD21;SNORD22;SNORD24;SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;
SNORD30;SNORD31;SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;
SNORD35B;SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B;
SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B;SNORD96A;
SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B;SNORD83A;SNORD117;
SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118;SNORD78;SNORD77;SNORD76;
SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B;SNORD61;SNORD60; SNORD59B;
SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;
SNORD53;SNORD52;SNORD51;SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47;
SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;
SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23;
SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;
SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87;SNORD90; SNORD91A; SNORD91B;
SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B;
SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;
SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4；SNORD113-5;
SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3;
SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13;
SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19;
SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30;
SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12;
SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36;
SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24;
SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26;
SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9;
SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2; SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14;SNORD3L3;SNORD118L11;
SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37;SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1

H/ACA BOX（122）

SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25; SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33; SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4; SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49; SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55; SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60; SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9; SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69; SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2; AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4

Cajal body-specific scaRNAs（24）

SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22

PCR芯片實(shí)驗(yàn)流程
1. RNA抽提與質(zhì)量檢測(cè)
進(jìn)行RNA常規(guī)抽提，使用NanoDrop ND-1000檢測(cè)RNA濃度和純度，使用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA純度和完整性。詳細(xì)的樣品QC結(jié)果見(jiàn)Arraystar服務(wù)報(bào)告。
2. cDNA合成
每樣本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 試劑盒合成cDNA第一鏈。詳細(xì)步驟參照Arraystar產(chǎn)品操作手冊(cè)。
3. Real-time PCR擴(kuò)增
將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR儀上進(jìn)行Real-time PCR擴(kuò)增。
4. 熔解曲線分析與原始數(shù)據(jù)導(dǎo)出
PCR擴(kuò)增完成后，進(jìn)行熔解曲線分析，使用PCR儀自帶軟件導(dǎo)出原始數(shù)據(jù)。出具Raw Data文件夾，包含原始Ct值、PCR擴(kuò)增曲線圖和熔解曲線圖。

PCR芯片數(shù)據(jù)分析流程
1. PCR芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控
質(zhì)控參數(shù)：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進(jìn)入下一步分析。
2. 數(shù)據(jù)校正與△Ct值計(jì)算
板間校正：使用Ct(PPC)對(duì)不同PCR板進(jìn)行板間校正。
內(nèi)參校正與△Ct值計(jì)算：挑選最優(yōu)內(nèi)參，使用內(nèi)參均值計(jì)算△Ct值。
3. 差異倍數(shù)計(jì)算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法計(jì)算不同樣品組之間的表達(dá)差異倍數(shù)。
4. P值計(jì)算
對(duì)樣本組進(jìn)行t檢驗(yàn)，計(jì)算P值。
5. 其他常規(guī)數(shù)據(jù)分析
散點(diǎn)圖分析；火山圖分析；TOP20表達(dá)上調(diào)和下調(diào)snoRNA柱形圖分析
6. 提供服務(wù)報(bào)告與數(shù)據(jù)分析結(jié)果
a. Arraystar服務(wù)報(bào)告（包括RNA樣本QC和詳細(xì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析步驟）
b. Excel芯片結(jié)果匯總表（包括snoRNA列表，數(shù)據(jù)分析結(jié)果和各類圖表）
c. Raw Data文件夾 (包含原始數(shù)據(jù)、擴(kuò)增曲線圖和熔解曲線圖)

Arraystar snoRNA PCR芯片服務(wù)部分結(jié)果展示
1. 差異表達(dá)snoRNA列表（默認(rèn)篩選參數(shù)：差異倍數(shù)>2；P<0.05，客戶可指定篩選參數(shù)值）

2. 散點(diǎn)圖 (黑色斜線代表差異倍數(shù)為1，紅色斜線代表差異倍數(shù)為2)

3. 火山圖（黑色垂線代表差異倍數(shù)為1；粉色垂線代表上調(diào)或下調(diào)倍數(shù)為2；藍(lán)色水平線代表P值為0.05）

4. TOP20表達(dá)上調(diào)snoRNA柱狀圖

5. TOP20表達(dá)下調(diào)snoRNA柱狀圖

參考文獻(xiàn)

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上�？党缮锕こ逃邢薰咀�2002年起專注于生物科研技術(shù)服務(wù)，是國(guó)內(nèi)最早一批專業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進(jìn)一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度，向多譜領(lǐng)域發(fā)展，重塑品牌 Aksomics（數(shù)譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測(cè)方向的核心技術(shù)，依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營(yíng)銷和服務(wù)團(tuán)隊(duì)，憑借國(guó)際領(lǐng)先的技術(shù)平臺(tái)和高標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)控體系，形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個(gè)研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺(tái)。

【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測(cè)序、DNA羥甲基化測(cè)序、染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測(cè)序、RNA m6A甲基化測(cè)序、small RNAs測(cè)序系列（microRNA測(cè)序、tRF&tiRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、piRNA測(cè)序等）、LC-MS tRNA修飾檢測(cè)、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，F(xiàn)unctional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實(shí)時(shí)定量PCR、環(huán)狀RNA實(shí)時(shí)定量PCR、tRF&tiRNA實(shí)時(shí)定量PCR、microRNA實(shí)時(shí)定量PCR、mRNA實(shí)時(shí)定量PCR

【蛋白組學(xué)平臺(tái)】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙酰化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)

【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)

【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國(guó)際知名品牌提供技術(shù)服務(wù)�？党煽蛻舨捎酶黝惣夹g(shù)服務(wù)發(fā)表的SCI論文已超560篇。康成生物將持續(xù)聚焦生命科學(xué)發(fā)展的挑戰(zhàn)，提供有競(jìng)爭(zhēng)力的產(chǎn)品和服務(wù)，持續(xù)為客戶創(chuàng)造最大價(jià)值。

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