SBC lncRNA芯片

       長鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類長度大于200nt的非編碼RNA，其在轉(zhuǎn)錄沉默、轉(zhuǎn)錄激活、染色體修飾、核內(nèi)運輸?shù)染�具有重要的功能。lncRNA曾被比喻為宇宙的暗物質(zhì)，最近幾年的研究發(fā)現(xiàn)它參與多種生物學(xué)過程，是維持基因功能的重要基礎(chǔ)，與多種復(fù)雜疾病相關(guān)。但仍有大量lncRNA的具體作用機(jī)制尚不清楚，這也使得lncRNA成為當(dāng)前的科研熱點。
       基因芯片作為一個成熟的技術(shù)平臺，二十幾年來被廣泛用于基因表達(dá)譜的檢測。對于lncRNA基因表達(dá)譜檢測，基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優(yōu)勢：
1、芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達(dá)豐度。與RNA測序相比，芯片檢測的準(zhǔn)確性受低豐度轉(zhuǎn)錄本的影響更小，更適合檢測整體表達(dá)豐度低的lncRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機(jī)率，提高測序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置，RNA測序?qū)�lncRNA轉(zhuǎn)錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進(jìn)行特異性設(shè)計，檢測更特異。
      SBC是國內(nèi)最早從事基因芯片研發(fā)，也是最早的基因芯片外包服務(wù)商之一。SBC根據(jù)多年基因芯片開發(fā)、設(shè)計及對外服務(wù)經(jīng)驗，結(jié)合lncRNA分子特點，專門針對lncRNA研究設(shè)計了可同時檢測lncRNA和mRNA的lncRNA+ 芯片產(chǎn)品以滿足科學(xué)家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技術(shù)生產(chǎn)，技術(shù)重復(fù)性高于99%。

芯片設(shè)計策略
       設(shè)計收錄了相關(guān)數(shù)據(jù)庫信息和高質(zhì)量文獻(xiàn)報道的lncRNA，去除冗余，并通過嚴(yán)格的生物信息學(xué)方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通過CAGE-seq，RNA-seq數(shù)據(jù)鑒定具有高可信度5’TSS及在多種組織或細(xì)胞中表達(dá)的lncRNA，HGNC收錄及l(fā)ncRNAdb收集的實驗驗證功能性的lncRNA作為高可信度lncRNA�；�于earray軟件設(shè)計探針，并利用SBC自有分析流程對探針進(jìn)行double-check，保證探針高特異性區(qū)分mRNA和lncRNA。

Human lncRNA芯片設(shè)計流程圖
 

 

芯片特點
1、lncRNA檢測技術(shù)成熟、靈敏度高，芯片比測序更適合檢測低表達(dá)量的lncRNA
2、收錄lncRNA全面、可靠，并及時更新；lncRNA注釋全面、實用
3、實驗周期短，數(shù)據(jù)分析方法成熟、快速
4、功能機(jī)制預(yù)測，為深入研究lncRNA生物學(xué)功能提供參考，包括：
· 高保守lncRNA
· lncRNA結(jié)合蛋白預(yù)測
· lncRNA生物學(xué)功能預(yù)測
· lncRNA亞細(xì)胞定位
· 疾病相關(guān)lncRNA預(yù)測
· super enhancer lncRNA
· enhancer lncRNA

芯片技術(shù)參數(shù)

樣本要求：RNA≥200 ng ； 物種：人、小鼠