人850K芯片

Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 芯片（850K 芯片），為研究者提供了一個(gè)可靠且經(jīng)濟(jì)高效的甲基化分析平臺(tái)。并為 FFPE 樣本的檢測改進(jìn)了 protocol，以獲得更可靠和穩(wěn)定的結(jié)果。廣泛應(yīng)用于干細(xì)胞研究、腫瘤和其他復(fù)雜疾病研究，是目前適合表觀基因組全關(guān)聯(lián)分析研究的全基因組 DNA 甲基化芯片。

850K 芯片可檢測人全基因組約 853,307 個(gè) CpG 位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，其中包含了原 450K 芯片 91% 的位點(diǎn)，并增加了 413,745 個(gè)位點(diǎn)。850K 芯片不但保持了對(duì) CpG 島，基因啟動(dòng)子區(qū)的全面覆蓋，還特別加強(qiáng)了增強(qiáng)子區(qū)（新增了 333,265 個(gè)探針覆蓋來自 ENCODE 及 FANTOM5 計(jì)劃的增強(qiáng)子）以及基因編碼區(qū)的探針覆蓋。

1、覆蓋全面：檢測 853,307 個(gè) CpG 位點(diǎn)；全面覆蓋 CpG 島、啟動(dòng)子、編碼區(qū)及增強(qiáng)子；

2、無需“甲基化 DNA 免疫共沉淀”，亞硫酸氫鹽處理基因組 DNA 即可進(jìn)行芯片實(shí)驗(yàn)；Infinium 探針設(shè)計(jì)，直接識(shí)別甲基化位點(diǎn)；

3、技術(shù)重復(fù)重現(xiàn)率 >98%；

4、操作簡單，無須 PCR 擴(kuò)增；模板量可低至 250ng；

5、適用于 FFPE 樣品。

1、流程簡單，無需進(jìn)行繁瑣的免疫共沉淀；

2、單堿基分辨率；

3、通量高，可一次性檢測 8 個(gè)以上樣品；

4、全基因組覆蓋，對(duì)于未知功能區(qū)域及增強(qiáng)子同樣覆蓋；

5、只針對(duì)人類樣本；

6、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確，與焦磷酸平臺(tái)吻合度高。

1、成熟的服務(wù)平臺(tái)：穩(wěn)定而系統(tǒng)的芯片實(shí)驗(yàn)全面解決方案，可為客戶提供總 DNA 抽提、樣品質(zhì)檢、RNA 標(biāo)記、雜交、洗脫、圖像掃描、數(shù)據(jù)分析。

2、多樣化的服務(wù)內(nèi)容：提供芯片和測序兩種高通量檢測技術(shù)以及低通量檢測技術(shù) RT-PCR。

3、專業(yè)的實(shí)驗(yàn)人員：從 DNA 抽提到芯片雜交均配有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)人員，豐富的芯片操作經(jīng)驗(yàn)，確保芯片實(shí)驗(yàn)順利完成。

4、專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì)：實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)豐富的分析團(tuán)隊(duì)，除能快速完成基礎(chǔ)分析外，還能根據(jù)客戶需求完成個(gè)性化分析，提供各類高大上的圖表。

樣品類型：組織、細(xì)胞、基因組 DNA；

樣品純度：OD 260/280 值應(yīng)在 1.7～2.0 之間；RNA 應(yīng)該去除干凈；不得有其它個(gè)體或其它物種的 DNA 污染；

樣品濃度：濃度不低于 50ng/μl；

樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于 500ng；

樣品溶劑：溶解在 TE 中；

樣品運(yùn)輸：DNA 低溫運(yùn)輸（-20℃）；在運(yùn)輸過程中請用 parafilm 將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。

在全世界分范圍內(nèi)，每年因肝癌死亡的病例超過 50 萬人，是主要因癌死亡的病因之一。在過去的十年中，隨著影像學(xué)的進(jìn)步以及健康體檢的普及，越來越多的肝癌病人在患病早期被發(fā)現(xiàn)。但由于肝臟捐贈(zèng)者的短缺，外科肝臟切除術(shù)仍然是治療早期肝癌病人的主要方法。本研究建立了一種預(yù)測早期肝癌病人術(shù)后復(fù)發(fā)的模型。

研究采用 450K 芯片檢測了 66 例病人樣本，過濾得到 2550 個(gè)差異位點(diǎn)。通過比較兩種算法得到的差異 CpG 位點(diǎn)，共篩選出 46 個(gè) CpG 位點(diǎn)。研究者隨后在一組內(nèi)部樣本和兩組外部樣本進(jìn)行了檢測。為了建立臨床上可用于預(yù)測個(gè)體復(fù)發(fā)的模型，綜合考慮了協(xié)變量后，研究者用諾模圖建立了可以用來預(yù)測的模型，三個(gè)矯正點(diǎn)的檢測均得到理想結(jié)果。研究者建立了一種諾模圖，用來預(yù)測早期肝癌患者的術(shù)后復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。

Qiu J, Peng B, Tang Y, et al. CpG methylation signature predicts recurrence in early-stage hepatocellular carcinoma: results from a multicenter study[J]. J Clin Oncol, 2017, 35(7): 734-42.

在中國華南地區(qū)，鼻咽癌有較高的發(fā)病率。目前，鼻咽癌病人的治療方案主要取決于病人的 TNM 分期。但是，約 30% 的鼻咽癌病人雖然處于相同的 TNM 分期，采用相同的治療方案，其結(jié)果也不盡相同。表觀層面的改變對(duì)于腫瘤起始和發(fā)展，發(fā)揮著重要的作用。目前，在鼻咽癌轉(zhuǎn)移發(fā)生過程中表觀的改變并不清楚，也沒有預(yù)測模型高精度的篩選出高轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)的鼻咽癌病人。中山大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院的科學(xué)工作者，采用甲基化芯片在全基因組范圍內(nèi)鑒定了鼻咽癌病人特異的轉(zhuǎn)錄因子 HOPX。該研究為鼻咽癌診斷提供了新的生物標(biāo)記，為鼻咽癌的治療提供了新的靶點(diǎn)。

鼻咽癌病人中 HOPX 啟動(dòng)子區(qū)高甲基化導(dǎo)致的其表達(dá)量降低，促進(jìn)了鼻咽癌細(xì)胞的遷移和侵襲。這一生物學(xué)進(jìn)程是由于 HOPX 在生物體內(nèi)與 HDAC2 結(jié)合，能夠抑制 SRF 依賴的 SNAIL 的轉(zhuǎn)錄。HOPX 的甲基化程度與臨床鼻咽癌病人的生存率高度相關(guān)。這一研究結(jié)果為鼻咽癌病人的惡性診斷提供了重要依據(jù)，豐富了鼻咽癌的治療靶點(diǎn)。

Ren X , Yang X , Cheng B , et al. HOPX hypermethylation promotes metastasis via activating SNAIL transcription in nasopharyngeal carcinoma[J]. Nature Communications, 2017, 8:14053.

系統(tǒng)性紅斑狼瘡，俗稱“蝴蝶病”，是一種以過量產(chǎn)生多種自身抗體和多器官受累為特征的慢性炎癥性自身免疫性疾病�；颊邇�(nèi)體存在多種自身抗體，抗體與抗原結(jié)合形成免疫復(fù)合物沉淀在靶組織中，引起一系列炎性介質(zhì)釋放，從而造成器官組織的損傷。SLE 的一個(gè)重要特征是自身抗體的存在，如 anti- 核抗體（ANAs)、anti- 雙鏈 DNA(dsDNA) 抗體、anti-smith (Anti-Sm) 抗體等，這些抗體已被作為 SLE 患者的常規(guī)血清學(xué)標(biāo)志物。然而，目前可用的 SLE 實(shí)驗(yàn)室標(biāo)記有明顯的局限性。由于該疾病的顯著異質(zhì)性，以及驗(yàn)證單個(gè)生物標(biāo)志物所需要的復(fù)雜而嚴(yán)格的過程，目前能夠幫助診斷 SLE 的共識(shí)生物標(biāo)志物數(shù)量非常有限。過去多想研究以表明在紅斑狼瘡患者中，SLE 呈現(xiàn)出全局的低甲基化，特別事咋 IFN（干擾素基因中也是顯著的低甲基化）。

研究人員利用 DNA 甲基化芯片篩選出在系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者外周血 DNA 中的差異甲基化位點(diǎn)，在中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院完成了 337 名系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者、353 名類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者以及 358 名正常人外周血 DNA 樣本檢測，篩選鑒定出 IF144L 基因甲基化水平可作為系統(tǒng)性紅斑狼瘡診斷的標(biāo)志物，并進(jìn)一步在 529 名系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者、426 名類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者、199 名干燥綜合征患者以及 569 名正常人中炎癥了該標(biāo)志物的特異性和敏感性。隨后，Amr H. Sawalha 教授在歐洲系統(tǒng)性紅斑狼瘡人群中進(jìn)行了相關(guān)炎癥。

該研究成果是基礎(chǔ)研究轉(zhuǎn)為臨床診療應(yīng)用的一項(xiàng)重大科技突破，對(duì)于展開系統(tǒng)性紅斑狼瘡的精準(zhǔn)治療、提高其臨床診療水平具有十分重要的意義，擁有巨大的臨床推廣應(yīng)有前景，也標(biāo)志著我國科學(xué)家已躋身自身免疫系統(tǒng)疾病研究領(lǐng)域的國際領(lǐng)先行列。

Zhao M , Zhou Y , Zhu B , et al. IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus[J]. Annals of the Rheumatic Diseases, 2016, 75(11):1998.