基因/蛋白文獻(xiàn)挖掘服務(wù)（NLP)

NLP

針對(duì)客戶提供的關(guān)鍵詞，利用NLP方法從PubMed文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫中查找到與之相關(guān)的所有基因或蛋白、小RNA、SNP、化合物等信息，并進(jìn)行基因互作及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	3262
最后更新：	2014-4-1	半年訪問：	32
參考報(bào)價(jià)：	詢021-31523052
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服務(wù)商：上海敏芯信息科技有限公司

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公司簡(jiǎn)介

基因/蛋白文本挖掘（NLP）數(shù)據(jù)分析方案

一、項(xiàng)目目標(biāo)：

利用NLP(Natural Language Processing)方法從PubMed文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫中分析A（某基因、蛋白、microRN或其他）調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并對(duì)互作的基因進(jìn)行GO、pathway分析。

用途：

構(gòu)建基因-基因互作網(wǎng)絡(luò)、基因-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、基因-microRNA互作網(wǎng)絡(luò)、蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、microRNA-microRNA互作網(wǎng)絡(luò)。

二、項(xiàng)目方案

2.1. 基本流程

1）利用關(guān)鍵詞進(jìn)行文檔搜索，并將文檔整理成XML格式。

2）將摘要文本分離成單個(gè)句子。后續(xù)的分析是以句子為基本單位的。

3）利用B軟件進(jìn)行人類基因的描述的定位，提取基因。

4）基因符號(hào)以NCBI的entrez gene數(shù)據(jù)庫為準(zhǔn)�；蚧プ麝P(guān)系由B軟件繪制為網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。

5）建立一個(gè)基因互作的verb詞典，分離句子中基因互作的verb。

6）生成A基因同義詞字典，分離句子中A基因的描述。

7）統(tǒng)計(jì)分析基因名、互作verb和A基因同時(shí)出現(xiàn)(co-occurrence)的句子。整理列表。

8）基因互作關(guān)系由B軟件繪制為網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。

2.2. 分析結(jié)果

互作基因列表：

基因名	匹配的文章數(shù)	與目標(biāo)基因的關(guān)系	文章摘要中出現(xiàn)的句子
HNF4A	75	target	HNF4A is an target gene with A gene
APC	56	associate	…….
EGFR	24	associate	……….
Mir-122	22	Associate	…………
。。。。	。。。。。。。	。。。。。。。。。	。。。。。。。

2.3. 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

將文章篇數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，最終發(fā)現(xiàn)與A互作的基因共有n個(gè)，其中與A可能形成復(fù)合體的(互作關(guān)系為associate、bind等)的基因共有m個(gè)，這些基因可能形成復(fù)合體。

2.4基因功能性分析

2.4.1. pathway分析

將與A互作的n個(gè)基因?qū)?yīng)到KEGGpathway數(shù)據(jù)庫中，并計(jì)算每個(gè)pathway的富集p-value。挑選p-value<0.01的pathway。

2.4.2.GO分析

將與A互作的n個(gè)基因?qū)?yīng)到GO數(shù)據(jù)庫中，并計(jì)算每個(gè)GO節(jié)點(diǎn)的富集p-value。GO有以下三種分類：

biological process分類

cellular component分類

molecular function分類

＊所有解釋權(quán)歸上海敏芯信息科技有限公司所有；根據(jù)客戶的要求可以繼續(xù)進(jìn)行其他的深入分析。

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上海敏芯信息科技有限公司

上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是國內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴(kuò)展，公司已經(jīng)發(fā)展成為國內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè)，提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗(yàn)證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點(diǎn)企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認(rèn)證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項(xiàng)國家及省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)。

具體業(yè)務(wù)包括：

-基因芯片：表達(dá)譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 高通量測(cè)序：miRNA測(cè)序、mRNA測(cè)序、基因組重測(cè)序、甲基化測(cè)序、ChIP-Seq等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

-蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)芯片（SELDI）、細(xì)胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代謝組學(xué)：液質(zhì)聯(lián)用（LC-MS）、氣質(zhì)聯(lián)用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 文獻(xiàn)挖掘：提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)

- 生物信息培訓(xùn)：定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班，并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班

u 專利代理：提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤(rùn)色及專利申請(qǐng)服務(wù)

- 實(shí)驗(yàn)服務(wù)：引物設(shè)計(jì)、RT-PCR、3730測(cè)序、Western Blot、2D-MS等

目前，公司國內(nèi)外客戶已超過500家，合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計(jì)超過100分)，并參與多項(xiàng)國家科研項(xiàng)目的申請(qǐng)與實(shí)施。

售后服務(wù)

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