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敏芯科技提供專業(yè)文獻挖掘分析服務，您只需要提供一個或一組關鍵詞，我們將為您自動搜索相關的文獻資料并加以提煉，找出您感興趣的生物信息
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文獻挖掘服務（NLP）
利用NLP(Natural Language Processing)方法從PubMed文獻摘要數(shù)據(jù)庫中分析與A（某關鍵詞，可以是疾病，基因，細胞、組織名稱等）相關的基因/蛋白/miRNA，形成相關的基因/蛋白/miRNA列表，通過人工篩查刪補后，建立與A相關的基因/蛋白/miRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡。最后對與A相關的基因/蛋白進行功能性分析（TF、KO、GO分析等），以尋找已知基因/蛋白的未知功能。
該平臺用途相當廣泛，例如：
1、可以對研究的相關領域有一個宏觀了解，是一個一勞永逸的工作。
2、運用于基金申請的項目立項、研究背景，舉例說明等方面。有助于提高各類科學基金申請的成功率。
3、分析的基因一般都是專業(yè)的明星分子，可以為深入研究提供信息；
4、構(gòu)建一個宏觀的分子線路圖，適用于信號通路分析；
5、分析了低通量篩選出來的基因，可以用于和芯片、solexa等數(shù)據(jù)分析的比較；
6、通過構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡，可以揭示目標基因之間的相互作用關系；
1、對于基因和關鍵詞的關系，是由計算機的相關算法自動處理的結(jié)果，我們還提供文章摘要中的關鍵句子作為佐證。
2、所有涉及的文章的Pubmed ID號、基因別名等信息均存在放附表中，以供客戶查閱及驗證。
3、基因互作數(shù)據(jù)取自專業(yè)數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)準確可靠。
4、所有的信息都要經(jīng)過人工的檢查，保證數(shù)據(jù)準確可靠，并具有代表性和完整性（需要公司及客戶對結(jié)果進行人工增刪）。
從PubMed中查找到與A相關的文獻一共有n篇，n需達到可以構(gòu)建基因/蛋白網(wǎng)絡圖標準。
2.1. 基本流程
1） 文檔搜索及格式化，利用關鍵詞進行文檔搜索，并將文檔整理成XML格式。
2） 利用軟件進行基因的描述的定位。
3） 基因符號以NCBI的entrez gene數(shù)據(jù)庫為準。
4） 利用關鍵詞搜索，獲得相關文獻的摘要。
5） 對于每個基因，統(tǒng)計該基因出現(xiàn)的頻率。
6） 提取出相關基因及摘要中提及的語句。
7） 人工核對查證糾錯（敏芯公司負責進行初篩，客戶進行細篩）。
8） 對篩選的基因進行功能及網(wǎng)絡分析
2.2. 分析結(jié)果
2.2.1. 找到相關的生物信息
2.2.2. 構(gòu)建基因/蛋白網(wǎng)絡
通過整合PubMed text mining，同源預測，基因neighbor，蛋白-蛋白相互作用，基因融合等數(shù)據(jù)，建立一個all differentially expressed genes in a single plot的調(diào)控網(wǎng)絡。這是一種已有知識驅(qū)動的網(wǎng)絡構(gòu)建。 其中連接邊pink=experiments，blue=database，yellow=text mining。其中Experiments(pink)和database(blue)的證據(jù)較為可靠。連接度p<0.01的基因在網(wǎng)絡圖中使用紅色方塊標記。
2.2.43 基因/蛋白功能性分析
對獲得的基因/蛋白進行KO、GO等功能性分析。
Gene Ontology（簡稱GO）是基因功能國際標準分類體系。研究基因/蛋白在Gene Ontology中的分布狀況將闡明與A(關鍵詞)相關的基因/蛋白在功能上的體現(xiàn)。
利用matlab軟件，將與A相關的基因?qū)紾O數(shù)據(jù)庫中，并計算每個GO節(jié)點的富集p-value。
我們利用matlab軟件，將與A(關鍵詞)相關的基因?qū)終EGG pathway數(shù)據(jù)庫中，并計算每個pathway的富集p-value。挑選p-value<0.01的pathway。
與客戶發(fā)表的相關SCI論文：
南京醫(yī)科大學
Wen Gao, Jing Xu, Lingxiang Liu, et al., A Systematic-analysis of Predicted MiR-21 Targets Identifies a Signature For Lung Cancer,Biomedicine & Pharmacotherapy, IF=2.20
天津醫(yī)科大學總醫(yī)院
Kai Huang, Jun-Xia Zhang, Lei Han, Yong-Ping You, Tao Jiang, Pei-Yu Pu, Chun-Sheng Kang, MicroRNA roles in beta-catenin pathway, Molecular Cancer. 2010 9 21;9:252.IF=4.16
天津醫(yī)科大學總醫(yī)院
Xiao Yue, FengMing Lan, Weidong Yang, Yang Yang,Lei Han ,Anling Zhang, Jilong Liu, Huazong Zeng, Tao Jiang, Peiyu Pu, Chunsheng Kang, Interruption of β-catenin supresses the EGFR pathway by blocking multiple oncogenic targets in human glioma cells, Brain research.2010,10,032.IF=2.463
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