English | 中文版 | 手機(jī)版 企業(yè)登錄 | 個(gè)人登錄 | 郵件訂閱
當(dāng)前位置 > 技術(shù)服務(wù) > 生物研發(fā)服務(wù)> 芯片與生物信息學(xué) > microRNA數(shù)據(jù)分析服務(wù)
microRNA數(shù)據(jù)分析服務(wù)
針對(duì)microRNA，敏芯科技獨(dú)家推出全面且權(quán)威的分析服務(wù)
服務(wù)類別：芯片與生物信息學(xué)總訪問(wèn)：4280
最后更新：2014-4-1半年訪問(wèn)：30
參考報(bào)價(jià)：021-31523053
立即詢價(jià) 電話咨詢
[發(fā)表評(píng)論] [本類其他服務(wù)] [本類其他服務(wù)商]
服務(wù)商： 上海敏芯信息科技有限公司 查看該公司所有服務(wù) >>
  • 服務(wù)介紹
  • 公司簡(jiǎn)介

 

microRNA分析方案

 
一、microRNA轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析(推薦)
       
        為了探索目標(biāo)microRNA的上下游調(diào)控關(guān)系元件，對(duì)下載的目標(biāo)miRNA序列進(jìn)行基因組定位后，針對(duì)目標(biāo)microRNA，提取TSS上游4500bp序列和下游500bp序列作為轉(zhuǎn)錄因子（TF）預(yù)測(cè)的數(shù)據(jù)。使用轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)程序完成轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析。
 
 
二、microRNA靶基因分析
 
2.1. microRNA非編碼區(qū)靶基因預(yù)測(cè)項(xiàng)目(推薦)
      
       對(duì)于非編碼區(qū)靶基因的預(yù)測(cè)，采用多個(gè)軟件分別進(jìn)行預(yù)測(cè),對(duì)于有些無(wú)法對(duì)應(yīng)的目標(biāo)microRNA，可參考miRGator軟件。一般取幾種軟件預(yù)測(cè)結(jié)果的交集，即overlap部分做為最終預(yù)測(cè)結(jié)果。
 
2.2. microRNA編碼區(qū)靶基因預(yù)測(cè)項(xiàng)目(可選)
     
       對(duì)于編碼區(qū)靶基因的預(yù)測(cè)，提取目標(biāo)microRNA編碼區(qū)序之后做多物種比對(duì)，搜尋到保守區(qū)段后進(jìn)行靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)，整理保守的靶位點(diǎn)，并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。編碼區(qū)基因也是microRNA結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)已經(jīng)很多頂級(jí)文章報(bào)道。詳情請(qǐng)查看本公司網(wǎng)站相關(guān)內(nèi)容。
 
 
三、microRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（推薦）
       
     我們通過(guò)整合microRNA與靶基因之間的調(diào)控， microRNA靶基因之間的蛋白-蛋白相互作用。該網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，可以在全局的水平上直觀的反應(yīng)基因之間的相互關(guān)系，同時(shí)反映了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定性。網(wǎng)絡(luò)中連接度高的基因，稱為hub基因。Hub基因往往對(duì)網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定性起到重要作用。因?yàn)閔ub會(huì)影響大部分基因，是基因調(diào)控的核心，一般認(rèn)為其重要性要高于普通基因。一般來(lái)講，大部分hub基因都是轉(zhuǎn)錄因子。 
 
 
     
     對(duì)于一些轉(zhuǎn)錄因子，本身可以結(jié)合在microRNA的啟動(dòng)子區(qū)域，調(diào)控microRNA。而該microRNA同時(shí)又可能也結(jié)合在轉(zhuǎn)錄因子的3’ UTR下調(diào)該轉(zhuǎn)錄因子。這本身就是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)。方法是靶基因預(yù)測(cè)與啟動(dòng)子分析進(jìn)行綜合分析。
 
五、microRNA啟動(dòng)子甲基化分析(可選)
     
       為了探索甲基化對(duì)目標(biāo)microRNA的影響，下載目標(biāo)microRNA的啟動(dòng)子區(qū)域序列，并通過(guò)相關(guān)算法尋找目標(biāo)microRNA可能的甲基化位點(diǎn)(CpG island)，并設(shè)計(jì)四對(duì)引物：一對(duì)甲基化，一對(duì)未甲基化引物以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)（MSP-PCR的方法）驗(yàn)證。
 
 
六、microRNA 在不同組織、細(xì)胞中的表達(dá)分析（可選）
    
      為了考察microRNA在空間部位上的表達(dá)分布，利用在human不同組織、細(xì)胞中克隆測(cè)序數(shù)據(jù)，計(jì)算目標(biāo)miRNA 的相對(duì)表達(dá)量。表達(dá)量用測(cè)序miRNA copy數(shù)除以相應(yīng)組織中miRNA copy總數(shù)再乘以1000，即copies per kilo（CPK）。分析所有的組織、細(xì)胞系、腫瘤中microRNA 的表達(dá)。
 
 
     
      GO數(shù)據(jù)庫(kù)包含了基因參與的生物過(guò)程，所處的細(xì)胞位置，發(fā)揮的分子功能三方面功能信息，并將概念粗細(xì)不同的功能概念組織成DAG（有向無(wú)環(huán)圖）的結(jié)構(gòu)。Gene Ontology是一個(gè)使用有控制的詞匯表和嚴(yán)格定義的概念關(guān)系，以有向無(wú)環(huán)圖的形式統(tǒng)一表示各物種的基因功能分類體系，從而較全面地概括了基因的功能信息，糾正了傳統(tǒng)功能分類體系中常見的維度混淆問(wèn)題。在基因表達(dá)譜分析中，GO常用于提供基因功能分類標(biāo)簽和基因功能研究的背景知識(shí)。利用GO的知識(shí)體系和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，旨在發(fā)掘與基因差異表達(dá)現(xiàn)象關(guān)聯(lián)的單個(gè)特征基因功能類或多個(gè)特征功能類的組合。
 
 
     
      我們將靶基因基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway數(shù)據(jù)庫(kù)映射，并統(tǒng)計(jì)基因在每個(gè)pathway中的富集程度（enrichment p-value）

 

 

 

 

bio-equip.com
售后服務(wù)
快速詢價(jià) 請(qǐng) 登錄 或 注冊(cè)在線詢價(jià)　(請(qǐng)留下您的聯(lián)系方式，以便供應(yīng)商聯(lián)系您)
* 姓 　名：
* 地　 區(qū)：
* 單　 位：
職　 位：
* 手機(jī)/電話：
* E-mail：
請(qǐng)寄產(chǎn)品資料：
 需要 不需要
請(qǐng)報(bào)價(jià)格：
 需要報(bào)價(jià) 不需要報(bào)價(jià)
留 　言：
驗(yàn)證碼：
 換一張
發(fā)表評(píng)論在線評(píng)論（0條）
您最近瀏覽過(guò)的服務(wù)
關(guān)于我們 | 法律聲明 | 廣告報(bào)價(jià) | English | 網(wǎng)站地圖
Copyright(C) 1998-2024 生物器材網(wǎng) 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com
立即詢價(jià)