轉錄組是特定物種、組織或細胞在特定生理狀態(tài)下轉錄的所有 RNA 的集合，包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA（long non-coding RNA）是一類長度超過 200nt 的 ncRNA，通過多種方式在表觀遺傳、轉錄及轉錄后水平發(fā)揮調控作用。全轉錄組測序在研究 mRNA 的同時，能夠發(fā)現大量的 lncRNA，并對其表達水平和轉錄本結構進行分析。當進一步開展 lncRNA 與 mRNA 的關聯分析時，就可以深入研究 lncRNA 的調控網絡。
樣本處理：超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗；易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案；
文庫構建：兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力；
質控管理：ISO9001 認證，Illumina CSPro 認證；
數據分析：學術界權威的算法和流程；針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析；靈活的定制分析。
樣本類型：total RNA
樣本總量：≥2μg
樣本濃度：≥50 ng/ul
肝細胞癌（HCC）是人類惡性腫瘤常見且具侵襲性的疾病之一。HCC 細胞會侵入靜脈系統，進而引發(fā)門靜脈腫瘤血栓疾病 PVTT。有研究表明 lncRNA 與 HCC 的發(fā)生相關，但目前缺乏 lncRNA 與 HCC 轉移機制的關聯綜合分析。
清華大學聯合上海東方肝膽醫(yī)院對 20 個肝癌病人的 60 個臨床樣本進行了 RNA-Seq 分析，共鑒定到了 8603 個新的 lncRNA。其中 917 個 lncRNA 在 TCGA 數據庫以及發(fā)表的肝癌數據庫中找到相關信息，235 個 lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。利用統計學的方法對腫瘤與 PVTT 的 lncRNA 表達模式進行了統計，結果發(fā)現，原發(fā)灶的 lncRNA 和正常組織相比表達量遠比轉移組織 lncRNA 的差異大得多，且與 lncRNA 共表達的基因大多富集在細胞粘著、免疫反應以及代謝過程等通路上。研究人員通過對肝癌細胞的 lncRNA 轉錄組測序，CNV 分析及甲基化檢測，確認了在肝癌細胞中新的 lncRNA 同樣具有作為生物標志物的潛在價值。
Yang Yang, Chen Lei, Gu Jin et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma.[J] .Nat Commun, 2017, 8:14421.
哺乳動物基因組中包含有約 23,000 個編碼基因，對這些相對有限的蛋白編碼基因進行選擇性剪切，能夠確保生成數量上至少 10 倍以上的蛋白質。通過改變 RNA 轉錄物的加工方式，將轉錄物的每個蛋白質編碼部分或是剪除或是留下，形成了不同的成熟信使 RNAs，也就是進行選擇性剪切可導致蛋白質的多樣性。因此，一個基因可以以一種組織特異性或發(fā)育階段特異性的方式生成多個蛋白質變異體（異構體）。了解腫瘤發(fā)生過程中的剪接因子及其剪接事件將有助于研發(fā)新的靶向治療方法。
研究人員采取傳統的反向遺傳學研究思路，首先對臨床肝癌病人的生存率和 mbnl3 表達量進行了關聯分析。對 MBNL3 在肝癌細胞中的表達機制進行研究，結果發(fā)現肝癌細胞系以及臨床樣本中 MBNL3 的高表達是由 OCT4，SOX2 以及 NANOG 這三個轉錄因子調控的。對 MBNL3 的表型進行研究，結果顯示 MBNL3 敲降的肝癌細胞系癌細胞的生長顯著受到抑制。利用 RNA-seq 等技術對 MBNL3 調控肝癌發(fā)生的具體分子機制進行了深入研究，結果發(fā)現 MBNL3 的過表達會導致 lncRNA-PXN-AS1 第四個外顯子顯著富集，lncRNA-PXN-AS1 不同的剪切體 PXN-AS1- L 以及 PXN-AS1- S 對 PXN 具有相反的調控作用。該研究從性狀到基因定位，再到表型觀察繼而分子機制研究，完美地詮釋了反向遺傳學研究的精髓。
Yuan Ji-Hang, Liu Xiao-Ning, Wang Tian-Tian et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1.[J] .Nat. Cell Biol., 2017, 19: 820-832.
