SNP芯片數(shù)據(jù)分析服務(wù)

SNP chip

敏芯科技為您提供SNP芯片數(shù)據(jù)分析服務(wù)

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	3985
最后更新：	2014-4-1	半年訪問：	33
參考報(bào)價：	021-31523052
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服務(wù)商：上海敏芯信息科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

SNP 芯片數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)分析方案

一、基本分析

1、芯片原始數(shù)據(jù)的處理和基因分型，我們給出有統(tǒng)計(jì)意義的SNP列表。

2、描述性統(tǒng)計(jì)，如minor allele frequency，Hardy-Weinberg equilibrium等。

3、顯著性檢驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)組與對照組的差異，假陽性率（FDR）的計(jì)算等。

4、 SNP的關(guān)聯(lián)分析，建立線性模型或logistic回歸模型等 (所有的統(tǒng)計(jì)可以選擇由SAS，SPSS，或S-Plus/R給出)。

二、genotyping分析

利用Genotyping Console 3.0.1軟件進(jìn)行g(shù)enotyping分析，統(tǒng)計(jì)出既有差異的SNP（p<0.01）。

三、CN與LOH分析

我們利用CNAG Version 3.3.0.0 beta 軟件進(jìn)行CN與LOH分析。統(tǒng)計(jì)方法利用Cochran-Armitage trend test統(tǒng)計(jì)CN在組份中g(shù)ain/loss分布的差異。對于LOH，我們利用chi-test統(tǒng)計(jì)其在組份中LOH值的差異。

四、連鎖不平衡圖譜分析（LD-map）

分別構(gòu)建病例組和對照組的連鎖不平衡（linkage disequilibrium）圖譜，能判斷出兩組之間LD存在差異的染色體區(qū)域，并且該區(qū)域SNP等位基因頻率和單倍型頻率在兩組間分布存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異或差異趨勢。

五、SNP生物學(xué)意義發(fā)掘

通過SNP在染色體上的位置，利用尋找SNP可能影響的基因( or EST)。我們也可以對相應(yīng)基因進(jìn)行功能的注釋（gene ontology ， pathway和轉(zhuǎn)錄因子分析等），進(jìn)而解釋SNP可能的作用機(jī)理。該部分可以參考常規(guī)表達(dá)譜芯片的分析。

六、基于模式識別的SNP挖掘

傳統(tǒng)的SNP挖掘使用統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法來進(jìn)行，往往在敏感性與特異性上有一定的限制。利用一些模式識別/機(jī)器學(xué)習(xí)的方法可以更好解決SNP篩選問題。我們提供基于決策樹等SNP挖掘算法。

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上海敏芯信息科技有限公司

上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是國內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴(kuò)展，公司已經(jīng)發(fā)展成為國內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè)，提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)檢測、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗(yàn)證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動計(jì)劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點(diǎn)企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認(rèn)證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項(xiàng)國家及省部級獎勵。

具體業(yè)務(wù)包括：

-基因芯片：表達(dá)譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 高通量測序：miRNA測序、mRNA測序、基因組重測序、甲基化測序、ChIP-Seq等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

-蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)芯片（SELDI）、細(xì)胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代謝組學(xué)：液質(zhì)聯(lián)用（LC-MS）、氣質(zhì)聯(lián)用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 文獻(xiàn)挖掘：提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)

- 生物信息培訓(xùn)：定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班，并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班

u 專利代理：提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤色及專利申請服務(wù)

- 實(shí)驗(yàn)服務(wù)：引物設(shè)計(jì)、RT-PCR、3730測序、Western Blot、2D-MS等

目前，公司國內(nèi)外客戶已超過500家，合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計(jì)超過100分)，并參與多項(xiàng)國家科研項(xiàng)目的申請與實(shí)施。

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