轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析服務(wù)

RNA-Seq

敏芯科技提供基于各種測(cè)序系統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	4158
最后更新：	2014-4-1	半年訪問：	13
參考報(bào)價(jià)：	021-31523052
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服務(wù)商：上海敏芯信息科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析方案

一、基因組定位（推薦）

數(shù)據(jù)處理由原始fastq文件開始。數(shù)據(jù)首先將含有Q<20的堿基替換為N。然后使用MAQ（）軟件將fastq轉(zhuǎn)換為Fasta。然后去掉3’-adaptor。然后序列數(shù)據(jù)通過MAQ軟件將序列向基因組比對(duì)。生成覆蓋度數(shù)據(jù)。

二、轉(zhuǎn)錄本定量（推薦）

MAQ比對(duì)的結(jié)果用于基因定量，對(duì)于每個(gè)基因進(jìn)行基因定量，定量方法采用 reads per kilobase of exon per million mapped sequence reads (RPKM)反映表達(dá)量。

三、可變剪切預(yù)測(cè)（推薦）

我們使用TopHat（Cole Trapnell et al. 2009）軟件進(jìn)行進(jìn)行可變剪切的分析。

四、反義轉(zhuǎn)錄本的尋找

五、新轉(zhuǎn)錄本的尋找：

我們利用同源預(yù)測(cè)或者從頭預(yù)測(cè)程序進(jìn)行基因預(yù)測(cè)。一般來講，同源預(yù)測(cè)的可靠性較高。而從頭預(yù)測(cè)算法假陽(yáng)性較高。

六、GO(gene ontology)分析（推薦）

對(duì)于每一種表達(dá)趨勢(shì)的基因，選擇性的進(jìn)gene ontology功能分析。將差異表達(dá)的所有基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫(kù)的各節(jié)點(diǎn)映射。計(jì)算每個(gè)節(jié)點(diǎn)的基因數(shù)目，并結(jié)合整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的基因作為背景分部，對(duì)于每個(gè)節(jié)點(diǎn)，得到一個(gè)2x2的表格，使用超幾何分布檢驗(yàn)基因在每個(gè)GO節(jié)點(diǎn)的富集或貧乏程度。

七、pathway分析（推薦）

與GO分析類似，我們同樣將差異基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway和BioCarta數(shù)據(jù)庫(kù)映射。通過統(tǒng)計(jì)方案，找到統(tǒng)計(jì)上最有意義的pathway

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上海敏芯信息科技有限公司

上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是國(guó)內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴(kuò)展，公司已經(jīng)發(fā)展成為國(guó)內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè)，提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗(yàn)證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國(guó)家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點(diǎn)企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認(rèn)證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項(xiàng)國(guó)家及省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)。

具體業(yè)務(wù)包括：

-基因芯片：表達(dá)譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 高通量測(cè)序：miRNA測(cè)序、mRNA測(cè)序、基因組重測(cè)序、甲基化測(cè)序、ChIP-Seq等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

-蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)芯片（SELDI）、細(xì)胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代謝組學(xué)：液質(zhì)聯(lián)用（LC-MS）、氣質(zhì)聯(lián)用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析

- 文獻(xiàn)挖掘：提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫(kù)的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)

- 生物信息培訓(xùn)：定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班，并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班

u 專利代理：提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤(rùn)色及專利申請(qǐng)服務(wù)

- 實(shí)驗(yàn)服務(wù)：引物設(shè)計(jì)、RT-PCR、3730測(cè)序、Western Blot、2D-MS等

目前，公司國(guó)內(nèi)外客戶已超過500家，合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計(jì)超過100分)，并參與多項(xiàng)國(guó)家科研項(xiàng)目的申請(qǐng)與實(shí)施。

售后服務(wù)

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