空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不僅可以提供研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)信息，同時(shí)還能定位其在組織中的空間位置，對(duì)癌癥發(fā)病機(jī)制、神經(jīng)科學(xué)、發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域的研究來說都具有重要意義。目前該技術(shù)主要適用于新鮮冷凍組織樣本，臨床通常使用的 FFPE（福爾馬林固定石蠟包埋）樣本資源無法得到更加有效的應(yīng)用。目前針對(duì) FFPE 樣本的空間基因表達(dá)解決方案，可以從 FFPE 樣本中以高靈敏度和高特異性分析相關(guān)基因的空間表達(dá)信息。
1、打破對(duì)新鮮冰凍樣本的局限性，使臨床上大量的 FFPE 樣本得到更加有效的利用；
2、RNA 模板連接（RTL) 探針集，具有高靈敏性和特異性，且探針集覆蓋了人和小鼠超過 18000 個(gè)基因；
3、可以結(jié)合更廣泛的病理信息和預(yù)后信息，篩選生物標(biāo)記物、進(jìn)行回顧性和縱向研究，揭示更廣泛更深入的生物學(xué)問題。
1、滿足組織貼片實(shí)驗(yàn)（不脫片）；
2、RNA 完整性：DV200>50%。
通過生物信息分析直觀地展示 spot 分群和 spot 亞群在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。此外，還提供個(gè)性化需求分析等豐富的分析內(nèi)容，包括單細(xì)胞數(shù)據(jù)與空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析等。
圖 基于 spot 的 cluster 分類（t-sne 圖）和 cluster 在切片上的分布
圖 海馬 marker HCPA 基因在切片上的表達(dá)分布（紅色區(qū)域表達(dá)量高）
圖 根據(jù)病理信息選擇特定區(qū)域進(jìn)行分析（或者多個(gè)區(qū)域進(jìn)行比較分析）
圖 不同細(xì)胞類群映射到切片上的結(jié)果
文章名稱：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer
發(fā)表時(shí)間：2022 年 3 月
發(fā)表期刊：Immunity
影響因子：31.428
發(fā)表單位：法國索邦大學(xué) Cordeliers 研究院
