llumina高通量測(cè)序平臺(tái)的應(yīng)用

4、 數(shù)據(jù)分析

    自動(dòng)讀取堿基，數(shù)據(jù)被轉(zhuǎn)移到自動(dòng)分析通道進(jìn)行二次分析。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

★ 新穎的測(cè)序化學(xué)技術(shù)

    Genome Analyzer利用新穎的可逆熒光標(biāo)記終止子，可以在DNA鏈延伸的過程中檢測(cè)單個(gè)堿基摻入。由于四個(gè)可逆終止子dNTP在每個(gè)測(cè)序循環(huán)都存在，自然競(jìng)爭(zhēng)減少了摻入的誤差。

★ 可擴(kuò)展的高通量

    Genome Analyzer系統(tǒng)每次配對(duì)末端運(yùn)行后可以得到超過20Gb的高質(zhì)量過濾數(shù)據(jù)。這個(gè)技術(shù)的可擴(kuò)展性保證了更高的數(shù)據(jù)密度和輸出，能用更少的經(jīng)費(fèi)完成更復(fù)雜的項(xiàng)目。

★ 需要樣品量少

    Genome Analyzer系統(tǒng)需要的樣品量低至100ng，能應(yīng)用在很多樣品有限的實(shí)驗(yàn)中，如免疫沉淀、顯微切割等。

★ 簡(jiǎn)單、快速、自動(dòng)化

    Genome Analyzer系統(tǒng)提供了最簡(jiǎn)單和簡(jiǎn)潔的工作流程。樣品文庫(kù)制備可以在幾小時(shí)內(nèi)完成，一個(gè)星期內(nèi)就能獲得高精確度的數(shù)據(jù)。由獨(dú)立軟件控制的自動(dòng)生成DNA簇的過程可以在5h之內(nèi)（30min手工操作）完成。自動(dòng)化的流程不需要進(jìn)行油包水PCR，減少了手工操作誤差和污染的可能性，不需要機(jī)器人操作或潔凈室。快速地實(shí)驗(yàn)流程使Genome Analyzer的能力增至最大，而自動(dòng)化降低了項(xiàng)目的時(shí)間和費(fèi)用。

★ 單個(gè)或配對(duì)末端支持

    Genome Analyzer系統(tǒng)支持單個(gè)片段或配對(duì)末端文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建過程簡(jiǎn)單，減少了樣品分離和制備的時(shí)間。制備基因組DNA的單個(gè)片段或配對(duì)末端文庫(kù)需要6h，手工操作只需3h。

平臺(tái)優(yōu)勢(shì)

★ 靈活的平臺(tái)

    針對(duì)不同的應(yīng)用，可選擇是否將不同的讀取長(zhǎng)度和對(duì)讀測(cè)序技術(shù)相結(jié)合。

★ 高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)

    在每個(gè)流動(dòng)槽中對(duì)數(shù)百億到數(shù)千億堿基進(jìn)行準(zhǔn)確的堿基識(shí)別。

★ 應(yīng)用廣泛

    SNP和結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)、(de novo)組裝、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、甲基化檢測(cè)。

★ 高效的樣本制備

    高速自動(dòng)化工作流程以及低樣品量要求，可在不到一周的時(shí)間內(nèi)生成數(shù)據(jù)。

技術(shù)應(yīng)用

Ø 轉(zhuǎn)錄分析

l mRNA測(cè)序(RNA-Seq)

 一次mRNA測(cè)序實(shí)驗(yàn)即能快速生成以完整poly-A為尾的RNA完整序列信息，并分析基因表達(dá)、cSNPs、全新的轉(zhuǎn)錄、全新的異構(gòu)體、剪接位點(diǎn)、等位基因特異性表達(dá)和罕見轉(zhuǎn)錄。

l Small RNA深度測(cè)序

 Small RNA測(cè)序能夠測(cè)定來自不同有機(jī)體任意大小的小RNA序列，在一份樣品中能同時(shí)分析4百萬小RNA，是目前可應(yīng)用的最廣泛且最具深度的小RNA檢測(cè)方法。Small RNA測(cè)序記錄了文庫(kù)群體中序列的數(shù)字頻率，因此消除了本底信號(hào)。

l 數(shù)字化基因表達(dá)譜分析

 數(shù)字化基因表達(dá)譜通過高通量測(cè)序代表每個(gè)基因的21bp標(biāo)簽(tag)來快速、全面的檢測(cè)一個(gè)物種特定組織在特定條件下的基因表達(dá)情況。因?yàn)闃?biāo)簽測(cè)序無須測(cè)定表達(dá)基因的總長(zhǎng)度，其總讀取更少，敏感的更高，研究人員可在近乎不受限制的范圍內(nèi)調(diào)節(jié)覆蓋的深度，完成罕見的轉(zhuǎn)錄識(shí)別和定量。

Ø 基因調(diào)控和控制

 Illumina ChIP-Seq整合了染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)和海量平行DNA測(cè)序技術(shù)，可準(zhǔn)確且低成本的識(shí)別和蛋白結(jié)合的DNA位點(diǎn)，ChIP-Seq技術(shù)為ChIP蛋白和修飾的研究提供了強(qiáng)大的技術(shù)支持。

 ChIP法利用抗體中特定的蛋白，特異富集性交聯(lián)的DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體。然后將寡核苷酸接頭與特異性蛋白結(jié)合的DNA延伸拼接，從而可進(jìn)行海量平行測(cè)序，按照片段大小進(jìn)行選擇后，使基因分析儀和Illumina測(cè)序技術(shù)對(duì)生成的ChIP DNA片段測(cè)序，與低分辨率的ChIP芯片技術(shù)不同，ChIP-Seq經(jīng)一次測(cè)序就準(zhǔn)確的進(jìn)行全基因組的關(guān)聯(lián)分析。

Ø 多重測(cè)序

        Illumina提供多重樣本制備寡核苷酸試劑盒、多重測(cè)序引物和PhiX對(duì)照試劑盒，能在DNA片段中引入標(biāo)記序列(tag)，從而實(shí)現(xiàn)在一個(gè)流動(dòng)槽上對(duì)96種不同的樣本同時(shí)進(jìn)行測(cè)序。在保證低錯(cuò)誤率和讀取長(zhǎng)度條件下，極大地提高了實(shí)驗(yàn)的可拓展性。尤其在研究某段區(qū)域或小基因組時(shí)，多重測(cè)序更具價(jià)值。