2019年云序RNA甲基化修飾領域文章匯總
文章導讀
感恩有你，一路同行！2019年末，云序生物攜全體員工對一直以來關心和支持公司發(fā)展的廣大新老客戶致以最誠摯的問候！光陰如梭，一年轉瞬又將成為歷史，新的一年意味著新的起點、新的機遇、新的挑戰(zhàn)，決心再接再厲，更上一層樓。回首即將過去的2019，云序生物不斷創(chuàng)新，碩果累累；展望2020，任重道遠卻信心倍增！
回顧云序生物的2019，云序客戶在RNA修飾領域發(fā)表多篇文章，請參考往期回顧：
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近年來，表觀轉錄組學已經成為一個熱門話題。在150多種不同的RNA修飾中，以m6A為代表的RNA修飾是近幾年的最熱點的研究方向。臨近年末，云序客戶頻頻又傳喜訊！于2019年12月23日，云序客戶上海市第十人民醫(yī)院孫奮勇團隊關于m6A在肝母細胞癌中的分子機制研究發(fā)表在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）。在本研究中，作者通過對肝母細胞癌（HB）組織和癌旁組織進行m6A MeRIP-seq（云序生物提供此項服務）并分析，發(fā)現m6A主要富集在終止密碼子和CDS區(qū)。KEGG預測分析發(fā)現，發(fā)生m6A修飾的mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路。而且，m6A修飾水平降低會導致CTNNB1表達和穩(wěn)定性下降。本篇文章表明 mRNA發(fā)生m6A修飾是HB的一種致癌機制，并鑒定CTNNB1是HB中METTL3介導的m6A修飾的靶點基因。
發(fā)表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
實驗方法：m6A MeRIP-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平
實驗樣本：人肝母細胞癌組織vs癌旁組織（5 vs 5）
文獻鏈接：http://sci-hub.shop/10.1186/s12943-019-1119-7
文章內容
1、m6A修飾異常及METTL3、WTAP、FTO和YTHDF2在HB細胞中的功能
為了探究m6A在HB中的潛在角色，作者首先在HB組織和鄰近組織中檢測整體m6A修飾水平（云序生物提供此項服務）和m6A writers、erasers和 readers酶的表達情況。結果顯示HB組織m6A的整體水平升高，METTL3、 WTAP、FTO 和 YTHDF2表達顯著上調，METTL14、KIAA1429 和ALKBH5表達不變。然后作者在HB中下調METTL3、WTAP、 FTO和YTHDF2以探究其在HB細胞中的功能。結果顯示下調這些酶能夠顯著抑制HB細胞增殖、克隆形成能力，促進凋亡。考慮到這些基因的催化功能和m6A修飾的上調水平，作者最終選擇METTL3作為研究對象。
圖注：METTL3、WTAP、FTO、YTHDF2在HB細胞中的功能作用
2、METTL3可作為HB患者潛在的診斷和預后生物標志物
作者在25對HB病人樣本中檢測METTL3的表達，并進行了生存曲線分析和ROC曲線分析。生存曲線分析顯示METTL3的表達的高表達與復發(fā)頻繁、存活率低相關。ROC曲線分析進一步證實了METTL3具有較高的臨床診斷價值(AUC = 0.8928；P<0.0001)。
圖注：METTL3可作為HB患者潛在的診斷和預后生物標志物
3、METTL3在體內促進HB腫瘤生長
為了進一步驗證METTL3對HB的致癌潛能，作者在裸鼠體內進行皮下成瘤實驗，以檢測METTL3在HB成瘤中的功能。結果顯示METTL3可以顯著降低腫瘤的大小和重量。
圖注：METTL3在體內促進HB腫瘤生長
4、HB腫瘤中m6A修飾的mRNA的重要生物學通路
作者通過對m6A MeRIP-seq（云序生物提供此項服務）數據進行分析，在檢測到的所有1089個基因中，其中525個基因共同存在于正常組織與腫瘤組織中。作者還分析了正常組織和腫瘤組織中m6A峰值與基因數量之間的可能關系和共有motif基序，基因偏好性（主要富集在終止密碼子區(qū)和CDS區(qū)）。通過m6A MeRIP-seq和mRNA-seq（云序生物提供此項服務）進行關聯分析，結果顯示m6A修飾能夠導致基因表達上調。為了探究m6A對HB的影響，作者篩選與基因表達相關性比較強的m6A上調的基因進行KEGG預測分析，顯示主要與病毒致癌、腫瘤中蛋白多糖、內質網蛋白加工、Wnt信號通路等。由于Wnt /β-catenin信號通路能夠促使腫瘤惡化，因此作者假設上調m6A甲基化可能通過激活Wnt/β-catenin促進腫瘤的生長。其中，CTNNB1、CCND1和NKD1參與Wnt /β-catenin信號通路。其中CTNNB1的m6A豐度是最顯著的。因此作者選擇CTNNB1作為后續(xù)靶點，進行功能機制實驗。
圖注：m6A修飾的mRNA的重要生物學通路
5、m6A調控CTNNB1的活化
幾乎50-90%的HB疾病都會發(fā)生CTNNB1的突變，且CTNNB1是Wnt/β-catenin信號通路的關鍵基因，因此作者選擇CTNNB1作為后續(xù)的研究對象。發(fā)現CTNNB1在HB中顯著上調；下調CTNNB1能夠降低HB細胞的活力，促進HB細胞的凋亡。作者還發(fā)現CTNNB1和METTL3在表達上呈顯著正相關，且下調METTL3能夠降低CTNNB1的表達。m6A MeRIP-PCR（云序生物提供此項服務）結果顯示，下調METTL3能夠降低CTNNB1的甲基化水平，同時降低的m6A甲基化能降低CTNNB1的穩(wěn)定性。
圖注：m6A調控CTNNB1的活化
總結
RNA 甲基化修飾依然將會是2020年國自然科研熱點。從文章來看，作者巧妙利用m6A MeRIP-seq和mRNA-seq（云序生物提供此項服務）等技術手段，探究了癌癥細胞中的m6A修飾分布情況，找到了既發(fā)生m6A修飾，又顯著高表達的下游靶基因。這種方法能夠快速鎖定m6A調控的下游靶基因并進行分子機制探究，也是云序一直推薦的研究思路。相信許多研究者關注到m6A對于癌癥的發(fā)展具有密切聯系，也是眾多科研學者競相追逐的熱點。
云序生物甲基化高通量測序產品覆蓋面廣，無論是編碼RNA還是非編碼RNA分子的修飾檢測應有盡有，除此外公司長期致力于提供優(yōu)質前沿表觀研究測序產品，結合最新科研熱點繼m6A、m5C、m1A之后，隆重推出多款RNA新修飾，不僅有m7G測序，還包括m3C測序、ac4C RNA乙酰化測序、2'-O-甲基化測序產品，打造了全修飾和全分子覆蓋的研究平臺。更多咨訊請電話熱線直撥，云序RNA甲基化修飾專家給您全方位解答。
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利用m6A特異性抗體，通過免疫共沉淀技術（MeRIP方法）特異性富集發(fā)生甲基化修飾的RNA，與不處理組做對比（Input），檢測發(fā)生甲基化RNA。
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