Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組研究

4.應(yīng)用方向

 

• 臨床生物學(xué)及藥理學(xué)應(yīng)用方向

生物疾病標(biāo)志物研究；生物疾病發(fā)生發(fā)展過程分子機(jī)制研究；化學(xué)或生物藥物作用靶點研究；化學(xué)或生物藥物作用機(jī)理信號轉(zhuǎn)導(dǎo)研究。

 

• 農(nóng)林業(yè)等應(yīng)用方向

畜牧業(yè)領(lǐng)域：提高肉類品質(zhì)和飼養(yǎng)條件；農(nóng)業(yè)領(lǐng)域：農(nóng)作物發(fā)育機(jī)制的研究；食品科學(xué)領(lǐng)域：提高食品安全，改善口感和營養(yǎng)程度的研究；病毒領(lǐng)域：新型病毒抑制因子的挖掘研究。

 

5.案例分享

 

上皮蛋白質(zhì)組分析顯示干擾素誘導(dǎo)蛋白在過敏性鼻炎患者中的重要作用

Epithelial proteome profiling suggests the essential role of interferon-inducible proteins in patients with allergic rhinitis

 

季節(jié)過敏性鼻炎（SAR）是由間歇性接觸季節(jié)性花粉會引起鼻癢充血，反復(fù)打噴嚏，影響生活質(zhì)量、工作效率和學(xué)習(xí)成績。與過敏性鼻炎發(fā)病相關(guān)的分子基礎(chǔ)還不完全清楚。本文作者對29例SAR患者和31例對照組花粉季節(jié)期間和之后的受試者進(jìn)行了樣本收集，采用label free非標(biāo)定量蛋白組方法進(jìn)行了蛋白組研究，通過差異蛋白富集、pathway等生信分析以及WB驗證，最終確定了1型干擾素調(diào)節(jié)蛋白作為SAR患者的生物標(biāo)志物，可能在其發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。此外，與SAR患者相比，健康受試者表現(xiàn)出跨季節(jié)的拮抗性蛋白質(zhì)組反應(yīng)，這可能會成為疾病預(yù)防的治療靶點。

 

研究路線：

生信分析：

 

部分應(yīng)用文獻(xiàn)：

[1] Ndika Joseph,Airaksinen Liisa,Suojalehto Hille et al. Epithelial proteome profiling suggests the essential role of interferon-inducible proteins in patients with allergic rhinitis.[J] .J. Allergy Clin. Immunol., 2017, 140: 1288-1298.

[2] de Boer Bauke,Prick Janine,Pruis Maurien G et al. Prospective Isolation and Characterization of Genetically and Functionally Distinct AML Subclones.[J] .Cancer Cell, 2018, 34: 674-689.e8.

[3] Eckert Mark A,Coscia Fabian,Chryplewicz Agnieszka et al. Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts.[J] .Nature, 2019, 569: 723-728.

[4] Hammond Michael J,Nenarokova Anna,Butenko Anzhelika et al. A Uniquely Complex Mitochondrial Proteome from Euglena gracilis.[J] .Mol. Biol. Evol., 2020, 37: 2173-2191.

 

6.百趣協(xié)助客戶發(fā)表文獻(xiàn)

（可點擊標(biāo)題或圖片閱讀原文）

 

1. 高靜水壓力（HHP）對亞麻籽膠（PG）糖化大豆分離蛋白溶解度和構(gòu)象變化的影響

 

發(fā)表期刊：Food Chemistry

發(fā)表時間：2020

影響因子：6.306

作者單位：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)

涉及的百趣服務(wù)產(chǎn)品：Label free定量蛋白組學(xué)

樣本類型：大豆粉末

主要研究內(nèi)容：

大豆蛋白由于其具有較高的商業(yè)價值和營養(yǎng)價值，常被作為食品行業(yè)的配料或添加劑使用，現(xiàn)有的加工方法限制了大豆分離蛋白（SPI）在食品加工中的功能特性。文章使用label free定量蛋白組等方法研究了HHP對濕法加熱SPI和FG之間美拉德反應(yīng)的影響及SPI溶解度和構(gòu)象的變化。結(jié)果表明，與FG糖基化后SPI的溶解度提高。SPI-FG糖基化的發(fā)生、程度和位點表明，中等壓力（100 MPa）顯著促進(jìn)美拉德反應(yīng)，而較高壓力（大于200 MPa）則抑制美拉德反應(yīng)。總的來說，HHP代表了一種控制糖基化以改善蛋白質(zhì)加工性能并擴(kuò)大其在食品工業(yè)中的適用性的潛在方法。

 

2. 山奈酚預(yù)處理對脫氧雪腐鐮刀菌烯醇誘導(dǎo)的Caco-2細(xì)胞腸道屏障功能障礙的保護(hù)作用機(jī)制研究

 

發(fā)表期刊：Food & Function

發(fā)表時間：2020

影響因子：4.171/中科院SCI期刊1區(qū)

作者單位：江南大學(xué)

涉及的百趣服務(wù)產(chǎn)品：Label free定量蛋白組學(xué)

樣本類型：細(xì)胞

主要研究內(nèi)容：

脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON）是食物鏈中常見的真菌毒素之一，有較多證據(jù)表明其對腸道穩(wěn)態(tài)的毒性有影響。山奈酚（KAM）是一種廣泛存在于水果和蔬菜中的天然多酚抗氧化劑，在預(yù)實驗中發(fā)現(xiàn)KAM是防止DON暴露時Caco-2細(xì)胞單層屏障功能失調(diào)的最有效試劑。本文采用label free蛋白質(zhì)組學(xué)方法研究了 KAM預(yù)處理對Caco-2細(xì)胞模型中由DON誘導(dǎo)的屏障功能障礙的保護(hù)作用，結(jié)果表明KAM預(yù)處理通過PKA通路和MAPK/ERK通路影響緊密連接和粘附連接蛋白的表達(dá)和組裝，從而提高Caco-2細(xì)胞單層屏障的完整性，為降低DON毒性效應(yīng)的策略的發(fā)展提供理論基礎(chǔ)。

 

3. 褪黑激素提高油菜菌核病的抗性機(jī)制研究

Melatonin elevated Sclerotinia sclerotiorum resistance via modulation of ATP and glucosinolate biosynthesis in Brassica rapa ssp. pekinensis

發(fā)表期刊：Journal of Proteomics

發(fā)表時間：2021

影響因子：3.509

作者單位：浙江農(nóng)林大學(xué)

涉及的百趣服務(wù)產(chǎn)品：Label free定量蛋白組學(xué)、GC-TOF-MS代謝組學(xué)

樣本類型：葉片

主要研究內(nèi)容：

油菜菌核病是一種常見的油菜病害，由植物壞死病原菌核盤菌引起。褪黑激素（MT）具有已知的生物活性，能有效緩解油菜的這種菌核病。文章采用蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)技術(shù)研究MT誘導(dǎo)的油菜菌核病菌抗性的分子機(jī)制。結(jié)果表明，油菜葉片促進(jìn)硫胺素的形成，以抵御核盤菌感染。此外，金屬硫蛋白有助于以三磷酸腺苷依賴的方式進(jìn)一步誘導(dǎo)油菜中的抗氧化劑活化，并刺激谷胱甘肽生物合成以很好地抑制核盤菌感染。研究結(jié)果將為MT誘導(dǎo)的抗真菌機(jī)制提供見解，并為減輕這種疾病提供新的治療策略，從而提高植物產(chǎn)量，減少經(jīng)濟(jì)損失。