KEGG Pathway 功能繪制通路圖

KEGG全稱為Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，它是日本京都 Kanehisa Laboratories閱讀文獻(xiàn)手工整理的一個(gè)龐大的數(shù)據(jù)庫，始建于1995年。其中包括文獻(xiàn)報(bào)道過的信號(hào)通路、基因、疾病、藥物等信息，是國際上常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫之一，以"理解生物系統(tǒng)的高級(jí)功能和實(shí)用程序資源庫"著稱。

在分子實(shí)驗(yàn)過程中，KEGG Pathway的分析是其中的研究重點(diǎn)，那么繪制一張跟實(shí)驗(yàn)相關(guān)的核心通路圖就成為很多研究者頭疼的事情了，今天小編就帶大家使用KEGG Pathway功能繪制通路圖。

為了幫助大家更好的理解操作過程，小編在在這里以cell apoptosis為例來制作相關(guān)的信號(hào)通路圖。假設(shè)研究人員通過western blot或者質(zhì)譜的檢測手段，發(fā)現(xiàn)在某種處理情況下，幾個(gè)與cell apoptosis密切相關(guān)的蛋白質(zhì)的表達(dá)水平發(fā)生了明顯的變化，因此研究人員想要進(jìn)一步繪制這幾個(gè)蛋白質(zhì)在apoptosis信號(hào)通路中具體上下游關(guān)系圖，便可以使用KEGG Pathway功能來操作。

１.首先打開KEGG主頁：http://www.kegg.jp/，點(diǎn)擊下圖框中的KEGG PATHWAY鏈接。

KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物

2. 在搜索框內(nèi)輸入關(guān)鍵詞cell apoptosis，對KEGG整理的cell apoptosis信號(hào)通路相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行查詢。

KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物

3. 在KEGG查詢結(jié)果中，選擇cell apoptosis 相近的選項(xiàng)，即apoptosis。點(diǎn)擊apoptosis對應(yīng)的Entry－map04210

 

4. 結(jié)果顯示了所有與apoptosis相關(guān)的研究內(nèi)容，包括對apoptosis的描述，參與apoptosis代謝通路的蛋白質(zhì)，以及與apoptosis相關(guān)的疾病等。

 

5. 點(diǎn)擊上圖代謝通路下面的ortholog table，可以進(jìn)一步獲得所有代謝通路中描繪的蛋白質(zhì)的信息，結(jié)果如下。其中包括了TNFSF10，TNFRSF0，TNF等蛋白，除此之外，每個(gè)蛋白質(zhì)都有對應(yīng)的K打頭的編號(hào)，這些編號(hào)都是KEGG對每個(gè)蛋白質(zhì)的特定編號(hào)。例如蛋白BID對應(yīng)的編號(hào)是K04726，BAX對應(yīng)的編號(hào)是K02159。我們可以根據(jù)這些編號(hào)可以一一查找對應(yīng)各個(gè)蛋白，并對蛋白進(jìn)行編輯。這些編號(hào)在接下來的工作中也會(huì)再次用到。

 

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6. 回到圖4的通路圖，點(diǎn)擊map04210，會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)的信號(hào)通路機(jī)制圖。這個(gè)機(jī)制圖標(biāo)注apoptsis相關(guān)的蛋白質(zhì)，以及蛋白質(zhì)之間的上下游調(diào)控關(guān)系，我們可以根據(jù)之前western blot或質(zhì)譜檢測的蛋白質(zhì)水平結(jié)果，在這幅圖上用不同的顏色對相應(yīng)蛋白進(jìn)行標(biāo)注。

首先, 點(diǎn)擊下圖方框中的User data mapping，在出現(xiàn)的新窗口中，按照指示輸入蛋白編號(hào)加上添加的顏色，例如，輸入BID blue指令，可以把信號(hào)通路中所有的BID標(biāo)記成藍(lán)色（在這里藍(lán)色代表蛋白水平下降）。當(dāng)然，也可以使用紅色代表蛋白水平上調(diào)，或者其他顏色來代表不同種類的蛋白翻譯后修飾等。

 

 

 

信號(hào)通路中所有的BID蛋白都被標(biāo)記為藍(lán)色，BID在這里只是作為一個(gè)例子，同理，我們也可以對通路中其他蛋白進(jìn)行相應(yīng)的標(biāo)記，便可以制作完成一張完整的動(dòng)態(tài)調(diào)控的信號(hào)通路圖！

百泰派克技術(shù)平臺(tái)

檢測分析平臺(tái)：多臺(tái)高分辨率質(zhì)譜儀、高效液相色譜、氣相色譜，NMR。

蛋白質(zhì)組分析平臺(tái)：Label-free、iTRAQ、SILAC、SWATH、MRM；蛋白質(zhì)定性定量鑒定、蛋白質(zhì)差異分析、發(fā)現(xiàn)疾病標(biāo)記物、發(fā)現(xiàn)藥物靶標(biāo)。

代謝組分析平臺(tái)：靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)分析；通量達(dá)1000種代謝分子、代謝通路分析、代謝靶標(biāo)鑒定。流式細(xì)胞多因子檢測平臺(tái)：CBA、FlowCytomix；微量樣品需求，分析多種細(xì)胞因子。

蛋白質(zhì)從頭測序平臺(tái)：Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀、PEAKS軟件分析；100%序列測定，精準(zhǔn)蛋白、抗體測序。

生物制藥分析平臺(tái)：生物藥物鑒定、變異性分析、純度分析。

流式細(xì)胞多因子檢測平臺(tái)：CBA、FlowCytomix；微量樣品需求，分析多種細(xì)胞因子。