蛋白質(zhì)組 ：樣本前處理秘籍之高豐度蛋白去除指南

導(dǎo)讀：

血清、血漿典型體液是否需要去高豐度？如何去除高豐度蛋白？不同去高豐度蛋白的優(yōu)劣勢？最常使用的去高豐度蛋白方法？

血清、血漿等典型體液是目前蛋白質(zhì)組學(xué)研究領(lǐng)域中的�？�，這類樣本含有種類豐富的蛋白質(zhì)，其中高豐度蛋白比例達(dá)到97%~99%，且其中蛋白豐度跨越12個(gè)數(shù)量級(jí)，包括白蛋白、IgG、IgA、纖維蛋白原、轉(zhuǎn)鐵蛋白、觸珠蛋白、抗胰蛋白酶等。

在質(zhì)譜系統(tǒng)中對(duì)于信號(hào)的檢測是有傾向性的，往往是相對(duì)強(qiáng)度高的信號(hào)才更容易被檢測到。在目前研究中，由于低豐度蛋白才往往是疾病特異性生物標(biāo)志物。如果不將高豐度蛋白質(zhì)在檢測之前去除，低豐度蛋白質(zhì)在其信號(hào)壓制下很難檢測。因此從復(fù)雜樣品中將高豐度蛋白質(zhì)去除是檢測低豐度蛋白質(zhì)的一個(gè)前提條件。

如何去除高豐度蛋白？目前常用的去除高豐度蛋白的方法有哪些？最常用的方法是什么？針對(duì)這一熱點(diǎn)，開發(fā)的技術(shù)研究也是層出不窮。部分熱點(diǎn)類的方法您將在這篇文章中尋找到答案...

01,ProteoExtract™高豐度蛋白去除試劑盒（德國默克公司）

該試劑盒提供了一種快速、可重現(xiàn)且高度特異性的方法，可同時(shí)去除血漿或血清等體液樣本中的血清白蛋白和IgG，使樣品復(fù)雜性顯著降低，可檢測低豐度蛋白。該試劑盒中每個(gè)柱子含有親和樹脂混合物，該樹脂混合物能與血清白蛋白和IgG高度特異性結(jié)合，與其他血清蛋白的結(jié)合度非常低。每根柱子能去除血漿中80%的血清白蛋白和IgG，每個(gè)柱子吸附量高達(dá)2mg白蛋白和0.7mgIgG。

該試劑盒已針對(duì)從人類樣品中去除白蛋白進(jìn)行了優(yōu)化，結(jié)合其他物種的白蛋白。下表顯示了將試劑盒用于不同物種樣品的一些指南：
 

02,多重親和去除系統(tǒng)（安捷倫公司）

圖1 | 多重親和去除系統(tǒng)

該系統(tǒng)中以Human 14最為常用，H14多重親和去除柱與多重親和去除系統(tǒng)一同使用時(shí)，可去除約 94% 的總蛋白（血清蛋白、IgG、抗胰蛋白酶、IgA、轉(zhuǎn)鐵蛋白、觸珠蛋白、纖維蛋白原、α2-巨球蛋白、α1-酸性糖蛋白、IgM、載脂蛋白 AⅠ、載脂蛋白 AⅡ、補(bǔ)體 C3 和甲狀腺素運(yùn)載蛋白），去除這些蛋白質(zhì)可有效擴(kuò)展分析的動(dòng)態(tài)范圍，改善隨后進(jìn)行的 LC-MSMS 和電泳樣品分析。經(jīng)過優(yōu)化可用于分析人體生理體液樣品，與大多數(shù) LC 或 HPLC 泵或儀器兼容。

圖2 | 高豐度蛋白親和去除原理
 

03，Proteominer(bio-rad公司)
Proteominer(bio-rad公司)原理是：通過一個(gè)六肽配基與高豐度蛋白結(jié)合，從而進(jìn)行去除。這種方法是非抗體型的，沒啥特異性，它不受物種限制和樣品類型限制。當(dāng)樣品進(jìn)來時(shí)，六肽配基會(huì)優(yōu)先結(jié)合豐度高的蛋白質(zhì)，豐度低的結(jié)合的機(jī)會(huì)小很多，于是就達(dá)到了分離去除的目的。

通過這個(gè)辦法處理后，最終能鑒定到的蛋白也是比較多的，從鑒定的數(shù)量上看，與安捷倫的特異性試劑盒差不多。但如果要發(fā)高分的文章，用這種方法容易受到質(zhì)疑，也是因?yàn)樗�的特異性不�?qiáng)，去高豐度有一定的隨機(jī)性，高分雜志不太接受這種隨機(jī)的方法。但如果樣品體積特別大，可以先試著用Proteominer做一次，接下來再使用一些特異性的去高豐度蛋白的方法�；蛘吣�的樣品沒有特異性抗體柱可以用的話，也可以考慮這種方法。

04，基于IgY多克隆抗體蛋白去除產(chǎn)品（Seppro）

該類產(chǎn)品以抗人血漿HAP的IgY組合抗體為配基，與HAP的親和力更強(qiáng)，可去除樣品中占其整個(gè)蛋白質(zhì)組97% 的14種、20 種甚至50種高豐度蛋白質(zhì)，去除效率>95%，產(chǎn)品形式多樣，包括離心柱、色譜柱、個(gè)性定制等，可重復(fù)利用。

05，其他方法

有機(jī)溶劑沉淀法以及超濾離心法，是運(yùn)用分子量進(jìn)行選擇，去除掉樣本中部分大分子高豐度蛋白。該方法操作相對(duì)簡便，成本也比較低廉，并且該方法沒有物種的限制性，基本上的物種都可以嘗試。不過，這種方法相對(duì)比較簡單，去除高豐度蛋白質(zhì)的效果并不是非常理想，同時(shí)某些種類低豐度蛋白質(zhì)丟失也比較嚴(yán)重。目前，該方法在人、大、小鼠等模式生物的研究中已經(jīng)很少應(yīng)用。

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以上方法是最常用的高豐度去除方法，對(duì)于方法的不同以及物種的限制，所去除的高豐度蛋白種類以及效果也各不相同，每種產(chǎn)品能夠去除的高豐度蛋白質(zhì)種類有差異，相應(yīng)的成本也有所有不同，希望各位”看官“根據(jù)自己的研究需求、經(jīng)費(fèi)預(yù)算以及物種去選擇合適的方法喲~

文末看點(diǎn)｜lumingbio
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