De novo組裝和轉(zhuǎn)錄組表征在東方田鼠原發(fā)性卵巢癌機(jī)制新見(jiàn)解中的應(yīng)用
2022年，中南大學(xué)湘雅醫(yī)學(xué)院周智君教授團(tuán)隊(duì)在Mol Med Rep發(fā)表了題為" De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the mechanisms of primary ovarian cancer in Microtus fortis "的研究論文，該研究利用De novo轉(zhuǎn)錄組組裝和RNA-seq揭示了東方田鼠原發(fā)性卵巢癌機(jī)制的新見(jiàn)解。
摘要
東方田鼠（Microtus fortis）中某些品系成年雌性田鼠的原發(fā)性上皮性卵巢癌（ovarian cancer，OVC）自然發(fā)病率相對(duì)較高。東方田鼠OVC與人上皮性O(shè)VC有些病理學(xué)相似之處，因此東方田鼠可以用于研究人OVC的動(dòng)物模型。東方田鼠由于缺乏可用的遺傳信息，限制了常用免疫學(xué)方法的使用，因而本研究使用高通量測(cè)序技術(shù)來(lái)揭示東方田鼠中原發(fā)性O(shè)VC發(fā)病機(jī)制，通過(guò)組織病理學(xué)蘇木精-伊紅染色法來(lái)診斷癌癥患者。本研究以東方田鼠為樣本對(duì)短reads組裝軟件Trinity產(chǎn)生的339830個(gè)單基因（unigenes）進(jìn)行De novo轉(zhuǎn)錄組組裝。使用RNA-seq分析對(duì)OVC和健康卵巢組織（OV）以及輸卵管癌（FTC）和健康輸卵管（FT）組織之間的差異基因進(jìn)行比較。通過(guò)EM(Expectation Maximization, EM)算法使用RNA-seq，結(jié)果顯示：與OV組織相比，在OVC組織中鑒定出3434個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs），其中1950個(gè)基因顯著上調(diào)、1484個(gè)基因顯著下調(diào)。與FT組織相比，F(xiàn)TC組織中鑒定出2817個(gè)DEGs，其中1762個(gè)基因顯著上調(diào)，1055個(gè)基因顯著下調(diào)。KEGG通路富集分析顯示，OVC組和OV組中上調(diào)的轉(zhuǎn)錄本參與細(xì)胞生長(zhǎng)和增殖相關(guān)通路，而OVC組和OV組中下調(diào)的DEGs則在類固醇生物合成相關(guān)通路中富集。此外，與FT和OV組相比，F(xiàn)TC和OVC組的腫瘤抑制基因p53均下調(diào)；而促進(jìn)細(xì)胞遷移的基因（如Ras相關(guān)蛋白R(shí)ap-1b、RHOA和RAC1）均被上調(diào)�？傊�，本研究對(duì)東方田鼠的OV和FT組織de novo轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行表征，并對(duì)卵巢組織和輸卵管組織在健康和癌性中的差異進(jìn)行RNA-seq分析。結(jié)果鑒定出東方田鼠在健康組織和癌性組織中的通路差異，對(duì)這些通路的分析可能有助于揭示原發(fā)性卵巢癌在東方田鼠中的發(fā)病機(jī)制。
2、樣品制備與方法
實(shí)驗(yàn)室繁育東方田鼠，在溫度為22±1.5°C、相對(duì)濕度為50±5%的籠子中飼養(yǎng)，標(biāo)準(zhǔn)配制飼料和無(wú)菌水喂食。家系繁育過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)東方田鼠的 OVC 或 FTC 比例不穩(wěn)定（~4%）。本研究共繁衍110只雌性東方田鼠，其中4只患有癌癥。被發(fā)現(xiàn)患有癌癥的動(dòng)物平均年齡為1 年，平均壽命為 3-4 年，患有癌癥的動(dòng)物有腹水和行動(dòng)遲緩癥狀。
對(duì)4只患有卵巢癌和2只健康的東方田鼠進(jìn)行安樂(lè)死，收集癌組織和健康組織，樣本存儲(chǔ)在-80℃的超低溫冷凍柜中。對(duì)樣本進(jìn)行病理學(xué)觀察及RNA-seq實(shí)驗(yàn)分析。
3、實(shí)驗(yàn)結(jié)果
健康與癌性卵巢和輸卵管組織之間的DEGs
與癌癥發(fā)展相關(guān)的DEG的小提琴圖
小結(jié)
本研究對(duì)東方田鼠De novo轉(zhuǎn)錄組表征并進(jìn)行RNA-seq分析，以確定OVC、OV、FTC和FT組織之間的遺傳差異。結(jié)果表明，癌組織和健康組織之間生物學(xué)通路富集不同。未來(lái)對(duì)這些通路的分析將有助于進(jìn)一步揭示東方田鼠原發(fā)性卵巢癌的發(fā)病機(jī)制。本研究中的一些DEGs也被報(bào)道為與人OVC相關(guān)的標(biāo)記基因，如CYR61、RAP1B、RHOA、RAC1和BTG3。因此，東方田鼠或許可以用來(lái)更好地研究人卵巢癌。
參考資料：
Hu Q, Gao M, Zhang D, Leng B, Wang J, Liu Q, He S, Zhi W, Zhou Z. De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the mechanisms of primary ovarian cancer in Microtus fortis. Mol Med Rep. 2022 Feb;25(2)
摘要
東方田鼠（Microtus fortis）中某些品系成年雌性田鼠的原發(fā)性上皮性卵巢癌（ovarian cancer，OVC）自然發(fā)病率相對(duì)較高。東方田鼠OVC與人上皮性O(shè)VC有些病理學(xué)相似之處，因此東方田鼠可以用于研究人OVC的動(dòng)物模型。東方田鼠由于缺乏可用的遺傳信息，限制了常用免疫學(xué)方法的使用，因而本研究使用高通量測(cè)序技術(shù)來(lái)揭示東方田鼠中原發(fā)性O(shè)VC發(fā)病機(jī)制，通過(guò)組織病理學(xué)蘇木精-伊紅染色法來(lái)診斷癌癥患者。本研究以東方田鼠為樣本對(duì)短reads組裝軟件Trinity產(chǎn)生的339830個(gè)單基因（unigenes）進(jìn)行De novo轉(zhuǎn)錄組組裝。使用RNA-seq分析對(duì)OVC和健康卵巢組織（OV）以及輸卵管癌（FTC）和健康輸卵管（FT）組織之間的差異基因進(jìn)行比較。通過(guò)EM(Expectation Maximization, EM)算法使用RNA-seq，結(jié)果顯示：與OV組織相比，在OVC組織中鑒定出3434個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs），其中1950個(gè)基因顯著上調(diào)、1484個(gè)基因顯著下調(diào)。與FT組織相比，F(xiàn)TC組織中鑒定出2817個(gè)DEGs，其中1762個(gè)基因顯著上調(diào)，1055個(gè)基因顯著下調(diào)。KEGG通路富集分析顯示，OVC組和OV組中上調(diào)的轉(zhuǎn)錄本參與細(xì)胞生長(zhǎng)和增殖相關(guān)通路，而OVC組和OV組中下調(diào)的DEGs則在類固醇生物合成相關(guān)通路中富集。此外，與FT和OV組相比，F(xiàn)TC和OVC組的腫瘤抑制基因p53均下調(diào)；而促進(jìn)細(xì)胞遷移的基因（如Ras相關(guān)蛋白R(shí)ap-1b、RHOA和RAC1）均被上調(diào)�？傊�，本研究對(duì)東方田鼠的OV和FT組織de novo轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行表征，并對(duì)卵巢組織和輸卵管組織在健康和癌性中的差異進(jìn)行RNA-seq分析。結(jié)果鑒定出東方田鼠在健康組織和癌性組織中的通路差異，對(duì)這些通路的分析可能有助于揭示原發(fā)性卵巢癌在東方田鼠中的發(fā)病機(jī)制。
2、樣品制備與方法
實(shí)驗(yàn)室繁育東方田鼠，在溫度為22±1.5°C、相對(duì)濕度為50±5%的籠子中飼養(yǎng)，標(biāo)準(zhǔn)配制飼料和無(wú)菌水喂食。家系繁育過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)東方田鼠的 OVC 或 FTC 比例不穩(wěn)定（~4%）。本研究共繁衍110只雌性東方田鼠，其中4只患有癌癥。被發(fā)現(xiàn)患有癌癥的動(dòng)物平均年齡為1 年，平均壽命為 3-4 年，患有癌癥的動(dòng)物有腹水和行動(dòng)遲緩癥狀。
對(duì)4只患有卵巢癌和2只健康的東方田鼠進(jìn)行安樂(lè)死，收集癌組織和健康組織，樣本存儲(chǔ)在-80℃的超低溫冷凍柜中。對(duì)樣本進(jìn)行病理學(xué)觀察及RNA-seq實(shí)驗(yàn)分析。
3、實(shí)驗(yàn)結(jié)果
轉(zhuǎn)錄組和單基因圖譜
健康與癌性卵巢和輸卵管組織之間的DEGs
與癌癥發(fā)展相關(guān)的DEG的小提琴圖
DEG的KEGG富集分析
小結(jié)
本研究對(duì)東方田鼠De novo轉(zhuǎn)錄組表征并進(jìn)行RNA-seq分析，以確定OVC、OV、FTC和FT組織之間的遺傳差異。結(jié)果表明，癌組織和健康組織之間生物學(xué)通路富集不同。未來(lái)對(duì)這些通路的分析將有助于進(jìn)一步揭示東方田鼠原發(fā)性卵巢癌的發(fā)病機(jī)制。本研究中的一些DEGs也被報(bào)道為與人OVC相關(guān)的標(biāo)記基因，如CYR61、RAP1B、RHOA、RAC1和BTG3。因此，東方田鼠或許可以用來(lái)更好地研究人卵巢癌。
參考資料：
Hu Q, Gao M, Zhang D, Leng B, Wang J, Liu Q, He S, Zhi W, Zhou Z. De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the mechanisms of primary ovarian cancer in Microtus fortis. Mol Med Rep. 2022 Feb;25(2)
標(biāo)簽：
RNA甲基化
- MeRIP-seq等揭示m6A甲基化及調(diào)控因子在食管胃結(jié)合部腺癌中的作用
- 單細(xì)胞甲基化多組學(xué)分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對(duì)子代的跨代傳遞
- WGBS在揭示主動(dòng)DNA去甲基化缺失植物的DNA甲基化跨代增加中的應(yīng)用
- SNP分型常見(jiàn)問(wèn)題及解決方案
- ACE等揭示產(chǎn)前不良環(huán)境暴露通過(guò)DNA羥甲基化變化介導(dǎo)子代自閉癥
- 文獻(xiàn)解讀：DNA甲基化保護(hù)早期胚胎線粒體基因組穩(wěn)定性
- 血液Target-BS揭示靶向DNA甲基化標(biāo)記水平與患者乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
- 多組學(xué)測(cè)序分析揭示m5C甲基化上調(diào)E2F1表達(dá)以促進(jìn)卵巢癌腫瘤進(jìn)展
- 怡美通德推出成本價(jià)體驗(yàn)單細(xì)胞測(cè)序（FFPE或全血）
- 伯豪生物2024系列培訓(xùn)班（陜西站）報(bào)名開(kāi)啟
- 伯豪單細(xì)胞Flex年中巨惠，1.1W/樣本活動(dòng)價(jià)即將截止
- 伯豪生物2024單細(xì)胞空轉(zhuǎn)生信培訓(xùn)8月直播課開(kāi)啟報(bào)名
- 中生柏奧成為德國(guó)LenioBio中國(guó)區(qū)合作伙伴
- 伯豪生物與騰云生物達(dá)成戰(zhàn)略合作共推科技服務(wù)新發(fā)展
- 云平臺(tái)賦能，伯豪單細(xì)胞分析云流程正式上線
- 伯豪生物直播預(yù)告：?jiǎn)渭?xì)胞技術(shù)在臨床科研中的應(yīng)用
Copyright(C) 1998-2024 生物器材網(wǎng) 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com