454測(cè)序識(shí)別早期HIV耐藥性突變—低水平突變對(duì)臨床結(jié)果意義重大

 

 

回顧性研究分析表明即使最低水平的耐藥性突變也會(huì)導(dǎo)致早期治療失敗

 

2月17日《傳染病雜志》（Journal of Infectious Disease）在線公布的一項(xiàng)研究稱HIV病毒群體中少至1％的HIV耐藥性突變會(huì)對(duì)臨床結(jié)果產(chǎn)生顯著影響。這篇論文由羅氏旗下454生命科學(xué)公司與耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院研究人員合作完成，文章利用454測(cè)序系統(tǒng)對(duì)一個(gè)早期進(jìn)行的臨床試驗(yàn)FIRST Study（1）中獲得研究樣品進(jìn)行分析，以鑒別之前無(wú)法檢測(cè)到的耐藥性HIV變異。

這項(xiàng)研究由耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院以及VA康涅狄格醫(yī)療保健體系（VA Connecticut Health Care System）的Michael Kozal醫(yī)學(xué)博士領(lǐng)導(dǎo)完成，研究人員在研究目的藥物治療之前，對(duì)264個(gè)來(lái)自HIV感染個(gè)體的血液樣品進(jìn)行了盲回溯性（blinded-retrospectives）分析。研究人員利用可靈敏檢測(cè)低頻突變的Genome Sequencer FLX系統(tǒng)對(duì)FIRST Study樣品進(jìn)行超深度測(cè)序分析。令人驚訝的是，結(jié)果表明攜帶耐藥性突變的病人是原本預(yù)期的兩倍。這項(xiàng)研究回答的第二個(gè)問(wèn)題就是現(xiàn)有方法未檢測(cè)到的低水平突變是否會(huì)影響病患治療結(jié)果。顯然，研究顯示從統(tǒng)計(jì)學(xué)角度看，耐藥病毒株水平低至1％都會(huì)造成早期抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療失敗。

文章的通訊作者M(jìn)ichael Koza醫(yī)學(xué)博士表示，“現(xiàn)有臨床技術(shù)僅能檢測(cè)到占病人循環(huán)體系中病毒水平20%或以上的耐藥性突變株。因此，現(xiàn)有臨床檢測(cè)很可能遺漏了許多低水平耐藥性HIV株，這些病毒突變株在藥物選擇性壓力下會(huì)快速生長(zhǎng)，最終導(dǎo)致治療失敗”，“這一回顧性研究表明即使耐藥性突變株的水平低至1％都會(huì)導(dǎo)致早期治療失敗”，“將來(lái)，臨床醫(yī)師有望利用這一研究結(jié)果來(lái)選擇更好的抗逆轉(zhuǎn)錄病毒藥物組合，從而抑制這些耐藥性HIV株，以求在病人體內(nèi)獲得更好的臨床效果�！�

雖然在過(guò)去的十年當(dāng)中，HIV病人存活率大幅度增加，但也有許多病人在開始治療之后不久就有了耐藥性。這一點(diǎn)在抗逆轉(zhuǎn)錄病毒藥物被廣泛應(yīng)用多年的發(fā)達(dá)國(guó)家尤其如此。隨著更多治療進(jìn)入HIV感染高度流行的發(fā)展中國(guó)家，耐藥性也越來(lái)越引起關(guān)注。已進(jìn)行了5年的FIRST Study獲得的長(zhǎng)期臨床數(shù)據(jù)能建立起序列信息和病患治療結(jié)果之間的關(guān)聯(lián)。文章的共同通訊作者，454生命科學(xué)公司技術(shù)總監(jiān)Michael Egholm博士表示，“我們發(fā)展的超深度測(cè)序方法正是為解決此類問(wèn)題而設(shè)，對(duì)于該技術(shù)在這項(xiàng)研究中所展示的實(shí)力我們也十分滿意”，“HIV耐藥性僅僅是我們利用這種有力工具可解決一個(gè)現(xiàn)實(shí)世界問(wèn)題的例子�！�

作為羅氏應(yīng)用科學(xué)卓越成員的454 Life Sciences公司，研究發(fā)展了用于超高通量DNA測(cè)序的創(chuàng)新454測(cè)序系統(tǒng)并將其推向市場(chǎng)。其應(yīng)用領(lǐng)域包括對(duì)基因組進(jìn)行重測(cè)序及再測(cè)序，宏基因組學(xué)、RNA分析以及目標(biāo)DNA區(qū)域測(cè)序。454測(cè)序系統(tǒng)的特點(diǎn)在于其簡(jiǎn)便一致的樣品制備方法，以及包括paired-end讀取在內(nèi)的高度準(zhǔn)確的長(zhǎng)測(cè)序結(jié)果。454測(cè)序系統(tǒng)能夠滿足不同領(lǐng)域的數(shù)百種同行評(píng)審研究需要，包括癌癥及感染疾病研究、藥物發(fā)現(xiàn)、海洋生物學(xué)、人類學(xué)、古生物學(xué)以及更多領(lǐng)域的研究。