lncRNA啟動子DNA甲基化/羥甲基化測序分析綜述

●   專注非編碼RNA領(lǐng)域，完善的lncRNA啟動子分析流程

●   可與lncRNA表達(dá)譜芯片聯(lián)合應(yīng)用，實(shí)現(xiàn)平臺間無縫對接

●   可視化數(shù)據(jù)展示，提供paper級結(jié)果圖表

●   優(yōu)化的IP實(shí)驗(yàn)方法，可信賴的檢測平臺及數(shù)據(jù)結(jié)果

 

介紹：
      人類基因組中僅有約2%的DNA序列最終編碼生成蛋白質(zhì)，其余絕大部分區(qū)域轉(zhuǎn)錄形成長鏈非編碼RNA。隨著lncRNA的生物學(xué)功能的發(fā)現(xiàn)，這些原先被認(rèn)為是“junk DNA”的區(qū)域的其eferenceseq研究地位上升為“暗物質(zhì)”。lncRNA的轉(zhuǎn)錄受到嚴(yán)格的調(diào)控，其表達(dá)譜細(xì)胞特異性和組織特異性甚至高于蛋白編碼基因。尋找和發(fā)現(xiàn)疾病過程中LncRNA表達(dá)變化的原因，了解lncRNA上游調(diào)控機(jī)制，是lncRNA研究領(lǐng)域重要組成部分，而表觀遺傳學(xué)正是從基因組層面研究RNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要領(lǐng)域。

 

      啟動子區(qū)域的DNA的甲基化對RNA的轉(zhuǎn)錄起抑制作用。研究發(fā)現(xiàn)，在肝癌以及精神分裂患者樣品中轉(zhuǎn)錄形成LncRNA MEG3的基因組區(qū)域發(fā)生DNA甲基化修飾程度的異常改變；食管癌具有特征性lncRNA啟動子DNA甲基圖譜，其區(qū)分癌與癌旁組織的效果要優(yōu)于mRNA啟動子；乳腺癌中高達(dá)57.18%的lncRNA發(fā)生啟動子DNA甲基化水平的改變，lncRNA啟動子的甲基化程度和lncRNA的表達(dá)水平顯著相關(guān)。

 

      康成生物在MeDIP-seq數(shù)據(jù)中加入lncRNA啟動子DNA甲基化分析，客戶可以同時(shí)得到lncRNA，mRNA的DNA甲基化相關(guān)數(shù)據(jù)，可與Arraystar lncRNA芯片聯(lián)合應(yīng)用，實(shí)現(xiàn)兩個平臺的無縫對接。lncRNA啟動子分析同樣適用于hMeDIP-seq平臺，可以快速便捷地確定DNA羥甲基化修飾在lncRNA啟動子區(qū)域的分布。

                   圖1. 甲基化/羥甲基化測序lncRNA啟動子分析流程

 

      康成生物使用最新軟件分析兩組/個樣品間的差異(羥)甲基化區(qū)域。與傳統(tǒng)的先合并reads，再計(jì)算差異富集區(qū)，或者先分別計(jì)算差異富集區(qū)，再合并的方法相比，這種方法更加穩(wěn)健，能夠更好地利用重復(fù)數(shù)據(jù)內(nèi)的變異，獲得更好的統(tǒng)計(jì)結(jié)果。根據(jù)基因組坐標(biāo)，利用UCSC RefSeq數(shù)據(jù)庫對位于lncRNA啟動子區(qū)（TSS - 2000 bp到TSS + 2000 bp）的差異（羥）甲基化區(qū)域進(jìn)行注釋。

                      表1：lncRNA啟動子差異甲基化區(qū)域列表

 

      甲基化測序/羥甲基化測序數(shù)據(jù)和lncRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)結(jié)合分析，可繪制差異（羥）甲基化情況聚類熱圖。

 

               圖2. DNA羥甲基化測序與LncRNA 表達(dá)譜聯(lián)合分析聚類圖