銳博生物 Cell：LincRNA-EPS如何通過轉(zhuǎn)錄制動來發(fā)揮抑制炎癥作用

麻省大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Katherine研究團(tuán)隊于6月16號在Cell上發(fā)表了lincRNA-EPS能夠抑制免疫炎癥反應(yīng)的研究成果，進(jìn)一步證明lincRNA在免疫系統(tǒng)中的重要性。

研究背景

基因間長鏈非編碼RNA （Long intergenic noncoding RNAs, LincRNAs）是基因表達(dá)的重要調(diào)節(jié)者，雖然lincRNAs在免疫細(xì)胞中表達(dá)，但是他們在免疫上的功能并未得到廣泛的研究。而先天免疫系統(tǒng)作為抗菌感染的防御第一線，依賴著動態(tài)的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)改變，在模式識別受體 (germline-encoded pattern-recognition receptors) ，如Toll-like受體（TLRs），檢測到微生物入侵時會發(fā)揮其應(yīng)有的作用。炎癥基因的表達(dá)在抗菌防御方面來說顯得極其關(guān)鍵，而信號依賴的轉(zhuǎn)錄因子的激活，轉(zhuǎn)錄共調(diào)節(jié)因子，染色質(zhì)修飾因子協(xié)同控制抗菌防御的炎癥反應(yīng)。

研究目的

探究lincRNA-EPS在細(xì)胞中對免疫反應(yīng)的作用

思路與方法

研究結(jié)果

1. 巨噬細(xì)胞中的lincRNA-EPS水平隨著對微生物與炎癥觸發(fā)物的應(yīng)答而動態(tài)調(diào)節(jié)，在暴露于微生物配體的巨噬細(xì)胞中l(wèi)incRNA-EPS受到抑制。

2. lincRNA-EPS導(dǎo)致IRGs的時序調(diào)控特殊方式，且其基因刪除增強(qiáng)了巨噬細(xì)胞中IRGs的表達(dá)，經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證lincRNA-EPS的異位表達(dá)阻止巨噬細(xì)胞中IRGs表達(dá)，即lincRNA-EPS在巨噬細(xì)胞中扮演著炎癥反應(yīng)抑制者的角色。

圖1 基因刪除增強(qiáng)了巨噬細(xì)胞中IRGs的表達(dá)

3.lincRNA-EPS在休眠的巨噬細(xì)胞中與核染色質(zhì)相關(guān)聯(lián)，實(shí)驗(yàn)證明lincRNA-EPS在轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)控IRGs的表達(dá)，并調(diào)控核小體定位。

圖2 lincRNA-EPS在休眠的巨噬細(xì)胞中與核染色質(zhì)相關(guān)聯(lián)

圖3 lincRNA-EPS在轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)控IRGs的表達(dá)，并調(diào)控核小體定位。

4.hnRNPL是lincRNA-EPS的結(jié)合蛋白，其結(jié)合序列為位于30-531區(qū)域的CANACA基序，該結(jié)合基序是抑制IRGs與結(jié)合hnRNPL蛋白的關(guān)鍵。

5.由于lincRNA-EPS缺陷細(xì)胞在基礎(chǔ)條件與TLR4刺激條件下都表現(xiàn)出IRGs表達(dá)增加，故他們假設(shè)lincRNA-EPS抑制體內(nèi)炎癥并通過實(shí)驗(yàn)得到證實(shí)。

圖4 lincRNA-EPS抑制體內(nèi)發(fā)炎

銳博小編：轉(zhuǎn)錄組測序可是長鏈非編碼RNA發(fā)現(xiàn)和表達(dá)豐度分析的“神器”，本文作者在本研究中多次通過轉(zhuǎn)錄組測序來進(jìn)行分析lincRNA-EPS功能與作用機(jī)理，并取得非常不錯的效果。銳博生物提供全面高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序服務(wù)、基于測序數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)和定制化的生物信息學(xué)分析服務(wù)。

相關(guān)會議推薦

2017第四屆非編碼RNA和表觀遺傳學(xué)研究經(jīng)驗(yàn)交流會

會議時間：2017.6.10 -6.11      會議地點(diǎn)：廣州·科學(xué)城

會議詳情： http://www.cnaf.org.cn/2017ncrna/