云序生物為你解密ATAC-seq研究方案
ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測序技術。那ATAC-seq技術到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運用測序手段研究轉座酶可接近的染色質的一種技術。該技術通過轉座酶對某種特定時空下開放的核染色質區(qū)域進行切割，進而獲得在該特定時空下基因組中所有活躍轉錄的調控序列。這項技術僅需少量細胞便可獲得實時全基因組活性調控序列信息，廣泛應用于轉錄因子結合分析、核小體定位、活性調控元件分布等研究，在表觀遺傳機制研究領域有廣闊的應用前景。
那么對ATAC-seq研究到底火爆到什么程度呢？我們通過ATAC-seq技術相關的文章來看看。根據(jù)最新統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)：利用ATAC-seq技術發(fā)表的文章的數(shù)量呈現(xiàn)出指數(shù)性增長；其中Cell以及旗下雜志302篇、Nature以及旗下雜志215篇、Science及其旗下雜志82篇�？上攵�，ATAC-seq技術到底有多火。在這一大的研究背景下，我們云序生物作為一家專業(yè)的測序服務公司，又提供什么樣的ATAC-seq服務呢？
ATAC-seq相關文章發(fā)表數(shù)量
云序生物 - ATAC-seq一站式服務
1. 一站式服務流程
2.技術優(yōu)勢
快速：實驗流程精簡，耗時短
微量：細胞量少，適用于臨床樣本
準確：重復性好，與同類技術及同類測序平臺一致性高
全面：獲取信息量大（全基因組調控活性圖譜、全轉錄因子結合圖譜）
3. ATAC-seq信息分析
標準分析：Peak檢測、Peak長度檢測、Peak深度分布、Peak相關基因、樣本間差異peak檢測、樣品間差異peak相關基因、樣品間差異peak相關基因的GO和KEGG富集分析
高級信息分析：核小體定位分析、轉錄因子結合分析（需客戶提供感興趣的TF名稱）、全基因組活性圖譜
聯(lián)合分析：ATAC-Seq與RNA-Seq關聯(lián)分析、ATAC-Seq與ChIP-Seq關聯(lián)分析
云序生物-ATAC-seq相關文章思路總結
1. ATAC-Seq與RNA-Seq關聯(lián)分析
ATAC-seq結果，研究了該時空條件下發(fā)生轉錄的基因以及順勢調控元件的一些序列，那么我們就可以對這些基因進行分析。聯(lián)合RNA-seq結果，看ATAC上測到的一些豐度高的DNA序列區(qū)域，是否對應的轉錄本表達量也有增加，也可以找到對應的轉錄本相關基因的上游調控序列，從而整體分析從DNA到RNA的轉錄過程，進而對基因功能分析，再結合實驗表型進行討論，從而理清楚表觀調控-表達-功能-表型這樣一個過程。
案例解析：
EGRINs (EnvironmentalGene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments OPEN.The Plant Cell,IF：8.228
本篇文章是利用ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析的經典案例。作者選擇5個不同的水稻品種，對它們分別進行熱處理和干旱處理以模擬高溫和缺水這2種脅迫環(huán)境。進一步通過對這種脅迫處理的5個水稻品種進行RNA-seq檢測RNA的表達差異和ATAC-seq檢測染色質開放區(qū)域差異。最后聯(lián)合ATAC-seq數(shù)據(jù)和RNA-seq數(shù)據(jù)，以及轉錄因子的motif信息。構建植物應激的轉錄因子-靶基因的調控網絡圖，并尋找關鍵的轉錄因子-靶基因模塊，預測了關鍵轉錄因子活性。完成植物在應**況下反應相關的轉錄因子的研究。
ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析
2.ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析
在ChIP實驗中，好多時候我們是用以研究轉錄因子所調控的那些基因。那么ATAC測序之后是否就不需要做ChIP實驗了呢？其實并不是，就像做轉錄組測序，可以知道基因表達量的上下調情況，但是我們仍然需要通過qPCR來進行分子生物學驗證一樣。ATAC測序之后也需要做ChIP-seq來做進一步的驗證，通過ChIP的測序結果，來進一步對ATAC所預測到的一些轉錄因子結合區(qū)域進行驗證。
案例解析：
Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility.Cell，IF:31.398
該文章是通過比較原發(fā)性和肝轉移性的小細胞肺癌細胞之間的差異，從而研究人小細胞肺癌促進癌癥擴散轉移的背景機制。首先利用ATAC-seq，發(fā)現(xiàn)NFI家族轉錄因子富集在具有差異的染色質開放位點中，預示著NFI家族轉錄因子在調控腫瘤細胞轉移中扮演著重要角色。進一步進行ChIP-seq，通過2種測序結果聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)在染色質高開放性位點區(qū)域伴隨著Nfib拷貝數(shù)量增多，且Nfib在侵襲性原發(fā)性腫瘤和轉移性腫瘤內高表達，Nfib表現(xiàn)出維持染色質及遠端調控區(qū)域開放和促進神經基因表達的功能，說明Nfib對促進癌細胞增殖和遷移具有重要的作用。
ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析
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